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文档简介

甲基化芯片数据分析应用 1 DNA甲基化 2 研究DNA甲基化的意义 3 DNA甲基化与肿瘤发生 4 高效液相色谱重亚硫酸盐测序甲基化特异性PCR焦磷酸测序甲基化DNA免疫共沉淀 常用的检测手段 5 Affymetrix甲基化芯片实验 HumanPromoter1 0RHumanTiling1 0R 2 0R 6 甲基化实验流程 7 利用甲醛对样品进行固定 使蛋白与染色质进行交联 样品交联 8 超声波打断染色质 染色质片段化 9 特异性MBD2抗体结合 免疫共沉淀 CHIP 10 对CHIP染色体进行进行纯化 并对DNA进行琼脂糖凝胶电泳检测CHIP效率 洗涤纯化 11 利用随机引物扩增CHIP和对照组DNA片段 PCR扩增 12 使用DNA末端标记试剂盒将PCR扩增产物打断成碎片DNA 并进行标记 片段化 标记 13 杂交洗脱扫描 14 甲基化芯片数据分析及应用 15 甲基化芯片数据类型 16 单通道甲基化芯片数据分析 17 数据解析 18 数据质控 信号分布 19 数据质控 MA图 20 散点图 21 GC含量及ATCG位置信号分布 22 标准化 23 标准化 24 标准化 25 双通道甲基化芯片数据分析 26 每个样本的信号值和Input信号值的比值 原始数据 27 AMS 绝对甲基化水平 染色体区域范围内探针所代表的甲基化水平RMS 相对甲基化水平 探针所代表的相同数量CpG的甲基化水平 RMS AMS计算 MEDME MEDME对smoothedlog Ratio进行处理 使用全甲基化数据构建出log Ratio对AMS的模型 再代入待测样本的log Ratio数据计算出RMS 28 探针filter完全相同值的探针Peakfilter没有peak的区域 FILTER 29 差异甲基化探针筛选 30 差异甲基化基因注释 31 全基因组展示 32 差异甲基化聚类 33 ThankYouForYourAttention 施沫全国统一服务电话 40030 40060公司电话 0
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