哈佛大学公开课程——蛋白质和DNA的关系.ppt

免疫学信息网 Protein DNAInteractions EquilibriaandfreeenergiesEstimatebindingsiteoccupancyForcesdrivingprotein DNAinteractionsLambdarepressorMethodstostudyprotein DNAinteractions 免疫学信息网 A A A A D D H 1 免疫学信息网 A A D M Major A T A A D M T A Minor A T T A A A A A A A D H G C C G G C C G Major H D A A A A D A A D Minor The4MajorGroovePatternsAreDistinct 2 免疫学信息网 A A A A D D H 1 HyrdophobicGroupsonBases 免疫学信息网 3 Helix Turn HelixMotif 34A 免疫学信息网 3 4 1 2 5 N term 3 4 免疫学信息网 免疫学信息网 6 免疫学信息网 Gln33NetworkswithGln44 Ser G 4 5kcal Leu G 6 2kcal 7 免疫学信息网 Conclusion DNAbindingspecificityfrommajorgrooveinteractionsMutationinoneAAaffectsneighbors Protein DNAinterfacescontainanintricateNetworkofhydrogenbonds 免疫学信息网 BDNA 434Complex 9 4basesdon tcontactproteinButveryImportant 免疫学信息网 FilterBinding vacuum Bound Protein nM 020406080100 100 50 Kd 20nM 10 免疫学信息网 Immunoprecipitaiton Bound Protein nM 020406080100 100 50 Kd 20nM 10 A Sepharose 免疫学信息网 Gel Shift Shifted Protein nM 020406080100 100 50 Kd 20nM Protein 11 免疫学信息网 DNAseIFootprinting Protected Protein nM 020406080100 100 50 Kd 20nM Protein DNAseI 12 免疫学信息网 CooperativeDNAbindingBythe repressor 13 免疫学信息网 InterferenceFootprinting DNA MMS Saturating Protein GelShift 14 免疫学信息网 ElectronMicroscopy 15 免疫学信息网 YFP Tilt Roll Tilt Roll 19 Tilt Roll 免疫学信息网 InteractionofTBP TATABindingProtein WithDNA MajorGroove MinorGroove 17 免疫学信息网 Protein InducedDNABendingFromPositiveRoll 18 5 3 免疫学信息网 Pyrimidine PurineStepsHaveLittleBaseStacking 19A Lecture1 免疫学信息网 Foradvancedreading NucleicAcids Structures Properties an