Haploview导入数据的格式.docVIP

不要haploview在线生成的那种，这个我也会。谁能发个从excel-text-ped 到 input 的图呢？ 回复我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式，你可以参照一下：回复我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式，你可以参照一下：从excel转换成text文本回复我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式，你可以参照一下：回复我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式，你可以参照一下：回复我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式，你可以参照一下：回复缺失的基因型怎么表示，没缺失的怎么表示Haploview需要导入数据的格式（linkage格式）Haploview的第一个主界面的linkage格式需要输入两个文件，点击左侧的Linkage Fofmat就会看到有两个导入文件的地方，一个是Data File，另一个是Locus Information File。下面详细的介绍一下这两个数据的格式，我们以Haploview自带的数据文件为例。在haploview安装的目录下（一般为C:Program FilesHaploView）有两个数据文件：（1）sample.ped (2)。具体就是Data File处导入sample.ped文件，Locus Information File处导入数据。当然两个文件的扩展名你可以自己随意的起，Haploview有一个默认关联，即：如果你的两文件主要名称一样（比如chrom），扩展名分别为ped (chrom.ped)和info ()，则只要导入ped文件，haploview会自动导入info文件。下面以sample.ped和为例介绍一下Data File和Locus Information File需要输入文件格式。一、Data File需输入文件格式Data File处应当导入的文件格式同sample.ped显示的一样，下面列出sample.ped文件sample.ped文件部分内容：IBD054 430 0 0 1 0 13 31 41IBD054 412 430 431 2 2 13 13 41IBD054 431 0 0 2 0 33 33 11IBD058 438 0 0 1 0 33 33 11IBD058 470 438 444 2 2 33 33 11IBD058 444 0 0 2 0 33 33 11IBD069 543 0 0 1 0 33 33 11IBD069 516 543 513 1 2 33 33 11IBD069 513 0 0 2 0 33 33 11IBD076 573 0 0 1 0 00 31 41IBD076 565 573 574 1 2 00 33 11IBD076 574 0 0 2 0 00 33 11IBD092 1011 0 0 1 0 33 33 11IBD092 639 1011 641 1 2 33 33 11在这个文件中，每一行代表一个样本个体，前六列是表头，从第七列开始每2列代表一个SNP位点(当然这个SNP位点叫什么，在那条染色体上，Haploview用另一个文件给出，比如sample.ped这个文件对应的SNP描述的信息在中)。有多少个位点后面就是位点数的2倍的列数。sample.ped文件的总列数为总列数=6+2*位点数下面具体解释一下每一列：1、第一列：代表的是家系的ID，如果你做的是家系的研究，那么你的数据家系的编号应该放到第一位。如果你分析的是无关个体，则第一列不能用同一个ID，建议用自然序号1,2,3.来替代。2、第二列表示个体的ID，就是你研究的所有个体的编号。在同一个家系内不可以重复，不同的家系间可以重复。如果做无关个体的研究则每个个体的编号不能重复。3、第三列和第四列代表同第二列个体之间的家系关系，第三列代表父亲的ID，第四列代表母亲的ID，如果个体的父亲、母亲中某一个没有测到样本的话，则标记为0，如果你做无关个体的研究，则第三列，第四列都赋值为0。例：一个核心家系的数据，来自于sample.ped文件的前三行IBD054 430 0 0 1 0 13 31 41IBD054 412 430 431 2 2 13 13 41IBD054 431 0 0 2 0 33 33 11表示家系编号为IBD054，这个家系中有三个个体430,412,和431。第一个个体430的父亲的信息没有检测到，所以第一行第三列用0表示，他的母亲的信息也没测到，所以第一行第四列用0表示。第二个个体412的父亲为430，母亲为431，所以第二行第三列为430，第二行第四列为431。.第三个个体431的父亲的信息没有检测到，所以第三行第三列用0表示，他的母亲的信息也没测到，所以第三行第四列用0表示。4、第五列表示对应第二列个体的性别信息。1代表男性，2代表女性。5、第六列表示第二列个体的患病状态。0表示疾病状态未知；1表示个体未患病，2代表个体患病。6、第七列以后，每两列代表一个SNP位点(由于是二倍体，所以同一个位置有两个值)，1代表碱基A；2代表碱基C；3代表碱基G；4代表碱基T。缺失数据用0表示。当然你也不用这个编码，可以自己任意的定义（比如每个位点都是二态的，就可以用1,2分别代表该位点的2个等位，但需要用额外的文件记录好你每个位点1代表什么，2代表什么）实例详解：IBD054 430 0 0 1 0 13 31 41IBD054 412 430 431 2 2 13 13 41IBD054 431 0 0 2 0 33 33 11总的来说，以上面三行数据为例，第一行：表示，个体430是IBD054中的一个个体，父亲未知，母亲未知，是个男性，疾病状态未知，第一个SNP位点的两个等位为1,3（也可以写为3,1）；第二个SNP位点的两个等位为3,1（也可以写为1,3）；第三个SNP位点的两个等位为4,1（也可以写为1,4）。第二行：表示，个体412是IBD054中的一个个体，父亲是439，母亲是431，是个女性，疾病状态为患病个体，第一个SNP位点的两个等位为1,3；第二个SNP位点的两个等位为1,3；第三个SNP位点的两个等位为4,1。.这样，就得到了每个个体的详细的SNP等位的信息。但是我们仍然不知道每个SNP位点在染色体的什么位置，这就需要另外一个专门描述信息的文件，也就是Locus Information File需要输入文件格式。二、Locus Information File需要输入文件格式Locus Information File处应当导入的文件格式同显示的一样，下面列出sample.ped文件：IGR1118a_1 274044IGR1119a_1 274541IGR1143a_1 286593IGR1144a_1 287261IGR1169a_2 299755IGR1218a_2 324341IGR1219a_2 324379IGR1286a_1 358048TSC0101718 366811IGR1373a_1 395079这个文件包含两列，第一列为SNP的名字，第二列为SNP的物理位置（bp）。很多情况下我们使用的SNP的名字为dbSNP中的名字，是用rs#表示的。因此第一列很多情况下rs开头的名称。第二列一般都是从小到大的。这个文件的行数必须和sample.ped文件中的第七列以后的SNP数目相同，并且一一对应，千万不能错。下面再展示一个以rs开头的文件。rs13434344 274044rs234524345 274541rs24552352 286593rs245435545 287261rs534534534 299755rs5345345345324341rs6456454555324379有了这两个文件，我们就可以知道每个个体的，家系情况，性别，患病情况，测量了那些SNP位点（SNP名和染色体上的物理位置）还有每个SNP位置的同源染色提上的2个等位的详细信息。可以利用这些基本的信息进行后续的分析。第1步,制备基因型的文档,我用的是EXCEL,如图,从左至右依次为:pedigree/sample name,individual ID,Fathers ID,Mothers ID,sex(M=1,F=2),Affection status(0=UNKNOWN, 1=UNAFFECTED,2=AFFECTED).然后是每个SNP的基因型.第2步:由于软件无法识别ATCG,需要将其转化一下,一般为:A=1,C=2,G=3,T=4.I=1,D=2,分别为insertion and deletion.直接CTRL+H就行了.无基因型的以(0 0)表示,注意,两数字中间有一个空格.（4.2以上的版本可以识别ATCG滴，不需要分成2列吗）第3步,制备样品LOCUS的位置文档. 也就是以第一个SNP为1,第2个SNP与第1个相差N个bp,N=两个SNP的position之差.制备成如下的表格.(postion可以用BLAST得到其物理地址) 此图A列为SNP_ID,B列为相对位置.(注意：只有2列，一个为SNP，一个为locus)然后将制备好的表格另存为.txt.注意:两文档必须是一一对应的,也就是SNP的数目要一致. 然后分别上传.第一个文档至DATA FILE.完成,你不光会得到图,还会得到其它信息. 你也可以根据一些设置调整图的算法或色彩.以下是一些步骤图片：第一步示意图 （不要表头的）第二步示意图 （4.2版本滴就不需要转换了）第三步示意图 （只有2列，这个SNP的locus可以用相对距离，也可以用绝对距离）第四步示意图第五步示意图看到有朋友发了利用HAPMAP制备HAPLOVIEW分析.我顺便发一下,如何利用试验获得的数据制备HAPLOVIEW,请大家讨论.第1步,制备基因型的文档,我用的是EXCEL,如图,从左至右依次为:pedigree/sample name,individual ID,Fathers ID,Mothers ID,sex(M=1,F=2),Affection status (0=UNKNOWN, 1=UNAFFECTED,2=AFFECTED). 然后是每个SNP的基因型. 查看原图投票 14 收藏 146 回帖 85 浏览 7675 向左向右推荐帖 prevnext 【求助】什么叫基因单倍型，如何分析（是不是太弱了) 【求助】haploview数据输入 【资源】SNP单体型分析软件PHASE和fastPHASE免费下载地址 【求助】如何将实验中所得的SNP数据用Haploview进行分析 【求助】关于挑选tag snps和分析单体型前先做LD分析的困惑 【求助】求助 高手指点haploview结果分析 【求助】分别使用SHEsis 和haploview分别单体型结果怎么不一致 【求助】haploview单倍型分析后怎么做case-control 【求助】haploview和hapstat分析单倍型的疑惑 【求助】关于haploview LD结果的问题draco603 edited on 2009-11-24 02:17 举报 draco603常驻站友 3积分 26得票 45粉丝加关注 2009-11-24 02:02 消息 引用 分享 分享到哪里？ 复制网址 新浪微博 腾讯微博 人人网 丁香客2楼 第2步:由于软件无法识别ATCG,需要将其转化一下,一般为:A=1,C=2,G=3,T=4.I=1,D=2,分别为insertion and deletion.直接CTRL+H就行了.无基因型的以(0 0)表示,注意,两数字中间有一个空格. 查看原图投票 2 收藏 4 举报 承德医学院真火了 draco603常驻站友 3积分 26得票 45粉丝加关注 2009-11-24 02:05 消息 引用 分享 分享到哪里？ 复制网址 新浪微博 腾讯微博 人人网 丁香客3楼 第3步,制备样品LOCUS的位置文档.也就是以第一个SNP为1,第2个SNP与第1个相差N个bp,N=两个SNP的position之差.制备成如下的表格.(postion可以用BLAST得到其物理地址)此图A列为SNP_ID,B列为相对位置. 投票 1 收藏 2 draco603 edited on 2009-11-24 02:13 举报 draco603常驻站友 3积分 26得票 45粉丝加关注 2009-11-24 02:08 消息 引用 分享