基于第二代测序技术的hla高分辨分型检测标准.doc

深圳市标准化指导性技术文件 基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测标准编 制 说 明（征求意见稿）基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测标准编制组2013- 4一、任务来源深圳市标准化指导性技术文件基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测标准由深圳市市场监督管理局2013年批准立项，由深圳华大基因健康科技有限公司和深圳华大临床检验中心联合起草。本项任务由深圳市卫生和人口计划生育委员会归口。二、目的和意义HLA高分辨分型技术是世界卫生组织（WHO）认定的HLA分型标准。基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测技术，只需通过一次实验就能够读取约16000份样本的HLA序列数据，并一次性达到HLA分型的最高分辨率，同时还可发现新的等位基因。在检测通量、数据质量、成本控制等方面都有质的飞跃。为使基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测技术更广泛地推广使用，深圳华大基因健康科技有限公司和深圳华大临床检验中心联合起草本标准，以期规范基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测，更好地服务社会。同时，采用第二代测序技术进行HLA高分辨分型检测，可带来显著的经济和社会效益。近年来随着新一代测序技术快速发展，测序成本不断降低而测序通量大大提高。基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测技术，是一种值得推广的技术。其通量高、成本低、配型精确且快速，真正做到了“低分价格，高分数据”，可从根本上减少患者家庭和社会的经济负担，同时也可为治疗争取宝贵的时间，为家庭稳定、社会和谐提供良好保障。三、编制原则及技术依据(一) 编制原则充分考虑基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测的技术水平及发展趋势，既要突出体现标准的“科学性”、“前瞻性”和“先进性”，也要结合深圳本地实际情况，考虑标准的“适用性”和“通用性”。(二) 技术依据1. 按照GB/T 1.1-2009 标准化工作导则 第一部分：标准的结构和编写规则及GB/T 1.2-2002标准化工作导则 第二部分：标准中规范性技术要素内容的确定方法的要求进行编写。2. 参考了以下文献作为技术依据：（1） U. Shankarkumar. The Human Leukocyte Antigen (HLA) System. Int J Hum Genet, 4(2): 91-103 (2004)（2） G. Bentley, R. Higuchi, B. Hoglund. High-resolution, high-throughput HLA genotyping by next-generation sequencing. Tissue Antigens,2009,3403（3） Chunlin Wang. et al. High-throughput, high-delity HLA genotyping with deep sequencing（4） C. L. Holcomb. et al. A multi-site study using high-resolution HLA genotyping by next generation sequencing. Tissue Antigens. 77, 206217(2011)（5） Steven G.E.Marsh. Peter Parham.Linda D.Barber HLA factsbook 四、标准制订过程(一) 前期准备2013年3月，深圳华大基因健康科技有限公司和深圳华大临床检验中心开展了对本标准的前期研究工作，探讨本标准立项和结构要点，为本标准的起草打下了很好的基础。(二) 标准立项2013年4月，深圳华大基因健康科技有限公司与深圳华大临床检验中心经过协商后，把本标准的名称确定为基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测标准，并根据项目的需要，联合成立了标准编制组，确定了本标准的主要关键技术和拟采取的技术路线。同时，深圳华大基因健康科技有限公司完成了深圳市标准化指导性技术文件基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测标准的立项书填写和申报工作。2013年5月，深圳市市场监督管理局正式批准该标准立项。(三) 确定标准编制的原则编制组充分研究了基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测的技术要求及发展趋势，在比较准确和充分地掌握了有关信息后，确定了本标准的制修订原则：既要保证标准的“科学性”、“前瞻性”和“先进性”，也要结合深圳本地实际情况，考虑标准的“适用性”和“通用性”。(四) 提出标准草案2013年7月，按照标准制修订原则，在进行文献调研的基础上，基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测标准编制组提出了标准草案（征求意见稿）。 (五) 完成编制说明2013年8月，在上述工作的基础上，编制组完成了编制说明。五、标准的主要内容本标准对开展基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测的整个工作流程，包括检测对象、受检者资料和样本的收集、运输和保存、实验室工作程序、检测报告、受检者资料和样本的保存、质量控制等内容进行了详细规定，以期对基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测技术在深圳的推广提供指导。(一) 关于标准的适用范围本标准适用于利用第二代测序技术进行HLA高分辨分型检测的机构，对外周血、脐血、口腔拭子或全基因组DNA进行基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测。(二) 关于标准的属性本标准为深圳市标准化指导性技术文件。(三) 有关条款的说明1. 术语和定义根据对相关标准、文献的研究，本标准确定了HLA基因、HLA高分辨分型、第二代测序技术、碱基对、覆盖深度值等定义，为下一步的研究制订工作奠定了基础。2. 缩略语根据标准内容，明确了HLA、bp、DNA、PCR、Q-PCR、SSP、SBT、NGS、SNP九个缩略语。3. 检测工作程序通过讨论，确定基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测的工作流程包括：确定检测对象、规定受检者资料和样本的采集、运输与保存、实验室工作程序、出具检测报告、受检者资料和样本的保存以及质量控制等。（1） 检测对象规定了适合检测的对象。（2）受检者资料采集规定了资料收集的具体内容，包括基本资料、共患关系、检测项目及既往病史等，为检测结果提供一定的参考依据。（3）样本的采集、运输与保存分别规定了外周血样本、口腔拭子、DNA样本、脐带血样本和其他样本的具体运输和保存条件，并给出外周血样本和口腔拭子的取样具体操作和注意事项，以确保样本的合格，保障检测结果的准确性。 （4）实验室工作程序对样本接收、DNA提取、目的片段PCR扩增、文库构建与DNA测序、数据分析、实验室要求等方面作了具体要求，确保检测结果的准确性，为基于第二代测序技术的HLA高分辨分型检测技术在深圳的推广实施提供指引。（5）检测报告规定了检测报告应包括受检者基本信息、送单位信息、检测结果和检测方法等内容，以及规定检测结果为4位数字HLA高分辨分型结果，型别命名方法遵循世界卫生组织命名委员会对HLA系统的命名规则。（6）受检者资料和样本的保存规定受检者资料和样本的保存条件和年限，确保检测情况与结果可追溯。（7）质量控制从实验室工作、人员和环境等方面明确质量控制方法，确保检测结果准确、质量可控。(四) 贯彻标准的要求和措施建议标准宣贯的目的在于使相关人员能更好地学习、理解本标准，推进标