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文档简介

【一】多序列比对的可视化显示可能因为毕业论文内容论文需要，最近很多人都找我帮忙将clustal的序列比对文件结果可视化，现将TEXshade软件包能做出来的可视化效果分享给各位同学，因为使用TEXshade涉及到了一些LATEX知识，所以需要更深入的了解如何运作请给我留言或者私聊，此文仅将软件能做出的效果展示，虽然其实软件很简单，但不做具体使用说明，我的风格通常是授人以鱼，不授人以渔，嘻嘻。最简单的莫过于纯粹的多序列比对排版，跟某些同学论文里面用Word排版的效果类似（word里面需要用等宽字体），效果类似如下：如果稍微加点效果可能就变成了如下的样子，我们将相同的氨基酸标记出来：当然，TEXshade能做的不仅仅是这些，下面这张图我们标记了其中的几个关键位置，去掉了右侧的“ruler”好像这个样子就有点乱了下面这幅就更详细一点了，我用不同的颜色代表了不同的conservation很多情况下，我们只想呈现多序列中的某些突变位点，其实也可以很好的表达如果将T-Coffee 的score_ascii 文件一并输入TEXshade，效果我觉得很帅气我遇到过很多可视化表达各种结构域的例子，下面的表示是不是很帅呢？下面是另外的一些功能实例下面的被称为Sequence fingerprints，其实加上fingerprint命令就可以直接出图了。很早的时候，看到序列的LOGO图觉得很帅气，下面的Logo图你见过么？下面再给大家分享几个例子，其实TEXshade能做的很多，要靠大家的想象，我一向认为，只要人能想得出，数据可视化就能做得到。所属相册：数据可视化其实很多人都会觉得这么漂亮的图肯定做出来很复杂，其实TEXShade需要的很简单，输出上面的结果其实也就是几分钟的事情，前提是需要你准备好需要展示的序列，记录好要标注的位置就OK！例如：对于下面这个看似复杂的可视化结果，其实我们需要的代码很少，只需要5行代码就足够了！上图对应的TEX代码：第一行指定了我们的输入文件，通常是比对的结果文件第二行是指定了TEXshade的显示模式，这里用根据不同 functionalgroups的chemical properties标注颜色第三行是表示只显示第
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