PCR引物设计方法和原理.ppt_第1页
PCR引物设计方法和原理.ppt_第2页
PCR引物设计方法和原理.ppt_第3页
PCR引物设计方法和原理.ppt_第4页
PCR引物设计方法和原理.ppt_第5页
已阅读5页，还剩7页未读， 继续免费阅读

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

PCR引物设计方法和原理 一 引物设计的目的 获得目标片段DNA测序基因克隆体外转录突变探针设计分子标记 二 引物设计的类型 常规PCR引物PCR同源引物和简并引物探针 引物设计的步骤 下载DNA模板或蛋白质序列进行同源比较 找到保守同源序列设计引物 四 PCR引物设计的原则 引物长度 primerlength 18 27bpGC钳 GCclamp 引物3 端出现3个以上的连续碱基 如GGG或CCC 也会使错误引发机率增加3 末端碱基 3 EndSequence Tm值 meltingtemperature 52 60 GC含量 composition 40 60 四 PCR引物设计的原则 G值是指DNA双链形成所需的自由能 internalstability 用 G值反映 选用3 端 G值较低 绝对值不超过9 而5 端和中间 G值相对较高的引物引物二聚体 primerdimer 及发夹结构 duplexformationandhairpin 的能值 超过4 5kcal mol易导致产生引物二聚体带 并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行引物的修饰 一般是在5 端增加酶切位点 Breslauer 邻近法的相邻核苷酸的动力学数值 自由能 来预测双链稳定性 五 简并引物的设计 五 同源引物设计 六 网络免费在线引物设计软件 六 引物设计常用商业软件包 七 PrimerPremier和Oligo引物软件使用方法 常有引物设计软件的引物的自动搜索和评价分析软件的引物设计功能主要体现在两个方面 首先是引物分析评价功能 该功能只有少数商业版软件能够做到 其中以 Oligo6 最优秀 其次是引物的自动搜索功能 各种软件在这方面的侧重点不同 因此自动搜索的结果也不尽相同 据笔者的经验 自动搜索功能以 PremierPrimer 为最强且方便使用 Oligo6 其次 其他软件如 VectorNTISuit Dnasis Omiga 和 Dnastar 都带有引物自动搜索功能 但搜索结果不是十分理想 要想得到效果很好的引物 在自动搜索的基础上还要辅以人工分析 笔者认为引物设计软件的最佳搭配是 Oligo 和 Premier 软件合并使用
人人文库> 全部分类> 教育资料 > 课件下载

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论