「miRNA命名规范[特选材料]」.doc

资料类miRNA命名规范一、miRNA的定义miRNA(microRNA)是一组由基因组编码的长度约2023个核苷酸的非编码RNA，通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或阻碍其翻译。miRNA在物种进化中相当保守，在植物、动物和真菌中发现的miRNA大部分在特定的组织和发育阶段表达。miRNA的组织特异性和时序性，决定组织和细胞的功能特异性，表明miRNA在细胞生长和发育过程的调节过程中起多种作用。二、miRNA数据库miRBase序列数据库是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一，提供公布的miRNA序列及注释信息。目前miRBase(Release 18.0)记录了18226个miRNA。三、miRNA名称与编号1) miRNA成熟体命名规则(以动物miRNA为例)确定命名规则之前发现的miRNA，则保留原来名字，如hsa-let-7。miRNA成熟体简写成miR，再根据其物种名称，及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字，如hsa-miR-122；高度同源的miRNA在数字后机上英文小写字母(a,b,c,)，如hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等；由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA，则在后面机上阿拉伯数字以示区分，如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2；通常一个miRNA前体长度大约为7080nt，很可能两个臂分别产生miRNA。以前的做法是：表达水平较高的miRNA后面不加任何符号，而表达水平较低的miRNA后面加上*号，如rno-miR-9*。有时带“*”的miRNA就根本不出现。而如果没有明显的表达差异，则以“-5p”和“-3p”分别命名。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p，分别表明从hsa-mir-26b前体的5端臂和3端臂加工而来的。在以前的命名中，有时也会以“-s”和“-as”来命名，但现在已经取消了这种命名方式。注意：miRBase 18.0对miRNA成熟体的名称进行了大量的修改，很多带“*”的miRNA都变成了“-5p”或“-3p”。当然，新名称下面对应有其原来的名称。案例请见：/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI00004422) miRNA编号及名称(以动物miRNA为例)miRBase记录了miRNA前体序列及miRNA成熟体序列，其中： miRNA前体发夹状结构的miRNA前体转录本以“mir”命名，其编号以“MI”编号，如人的miRNA 122的前体ID为hsa-mir-122，Accession为MI0000442。 miRNA成熟体大约2023nt的miRNA成熟体以“miR”命名，其编号以“MIMAT”编号，如人的miR-122有两个成熟体，其中之一ID为hsa-miR-122-5p ，Accession为 MIMAT0000421;另一个为ID为hsa-miR-122-3p ，Accession为 MIMAT000 4590。案例请见：/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI00004423) 不同物种命名方式差别动物：miRNA前体：以动物物种缩写+“-”+ mir+“-”+命名顺序，如hsa-mir-122；miRNA成熟链：以动物物种缩写+“-”+ miR+“-”+命名顺序，如hsa-miR-122-5p；植物：miRNA前体：以植物物种缩写+“-”+ MIR+命名顺序，如ath-MIR156a。注意：MIR是大写，并与命名顺序之间没有“-”；miRNA成熟链：以植物物种缩写+“-”+ miR+命名顺序，如ath-miR156a。注意：miR是小写，并与命名顺序之间没有“-”； 病毒：miRNA前体：以病毒物种缩写+“-”+ mir+命名顺序，如bhv1-mir-B1；miRNA成熟链：以病毒物种缩写+“-”+ miR+命名顺序，如bhv1-miR-B1。四、miRNA加工及作用机制(以动物为例)miRNA是一类基因组转录出来的基因表达调控元件编码基因，在动物中多位于基因间隔区及基因内含子。1) 绝大多数miRNA基因在RNA聚合酶的作用下形成较长的茎环结构，称为初级miRNA(primary miRNA，pri- miRNA)。2) Pri-miRNA在Drosha-DGCR8复合体的作用下形成长度约60-70个核苷酸的发夹状RNA，成为前体miRNA(precursor miRNA，pre-miRNA)。3) 随后，pre-miRNA在Exprotin-5复合物2的作用下被转运出胞核，在胞浆中由Dicer剪切成为miRNA复合体，miRNA复合物(RNA-induced silencing comlex，RISC)与该miRNA的3翻译区(3UTR)结合到位于胞浆的P-body(processing bady)中。4) 作用方式与匹配程度有关：如果miRNA与靶mRNA匹配完全，则该复合体降解mRNA；若两者序列部分匹配，尤其是miRNA的5端2-8个被称为种子序列(seed sequence)的核苷酸与靶mRNA完全匹配，则通过抑制靶mRNA的翻译来沉默特定基因。有报道指出，有些miRNA可以通过与DNA匹配的方式进而调控表观遗传学变化。