英文医学数据库检索PPT课件.ppt

0 英文医学数据库检索 0 1 问题的提出 阿司匹林能否预防大肠癌 国内专业文献检索结果文献结论不一致很多国内文献摘译自国外专业文献 1 2 2 3 大纲 一 英文数据库概述 二 Pubmed文献检索系统 3 4 一 英文数据库概述 按专业可分为 综合性数据库和专业数据库 综合性数据库 三大索引 SCI科学引文索引 ISTP科技会议录索引 EI工程索引 WebofScience EngineeringVillages2 4 5 一 英文数据库概述 专业数据库 医学领域常用四大索引 SCI科学引文索引 WebofScience BA生物学文摘 BIOSISPreview CA化学文摘 CAPlus WebofKnowledge SciFinderScholar IM医学索引 Medline数据库 Pubmed Dialog联机检索系统 5 6 一 英文数据库概述 英文数据库按记录完整性可分为文摘数据库和全文数据库 前面提到的英文专业数据库刚开始都是文摘数据库 但随着信息技术的发展都开始提供全文 新出现的数据库大都提供全文 全文数据库大都需要付费访问 即使是全文数据库 也不是库中的每篇论文都能提供全文 6 7 一 英文数据库概述 按收费与否 可分为收费数据库与免费数据库 英文数据库大部分收费 免费数据库 Pubmed pubmed govmedscape medscapeGoogleScholar scholar google 7 8 GoogleScholar查找国外专业文献 检索提问式 colorectalcanceraspirin 时间限定在 2009年以来 获取结果16 900条结果 8 9 GoogleScholar查找国内专业文献 记录来源包括 维普 万方以及其他网页信息 9 10 二 Pubmed文献检索系统 10 11 一 Pubmed知识精要 11 12 1 Pubmed沿革 12 13 Medline是美国国立医学图书馆开发的生物医学文献数据库 可获取1950年以来80多个国家和地区5000多种生物医学期刊的文摘 2019年美国政府宣布Medline数据库免费向全世界开放 目前大多数收费的检索系统如WOK平台 Dialog检索系统 SciFinderScholar都可以检索Medline 13 14 Medline免费检索服务 Pubmed pubmed govMedscape search medscape medline searchHighwire highwire stanford edu 14 15 利用Medscape检索Medline 15 16 2 Pubmed可获取资源 Pubmed是美国国立医学图书馆 NLM 所属的国家生物技术信息中心 NationalCenterforBiotechnologyInformation NCBI 开发的生物医学文献检索系统 是Entrez集成检索系统的重要组成部分 访问途径 公共网 pubmed gov 16 17 2 Pubmed可获取资源 1 生物医学期刊论文线索MEDLINE 可获取1950年以来80多个国家的5000余种生物医学期刊中的文献线索 In processcitations 待标引的MEDLINE的前期数据库 Publishersuppliedcitation 出版商提供的文献 主要是MEDLINE选择性收录的期刊中超出收录范围的文献 OLDMEDLINE 1965年以前的记录 17 18 2 论文全文PubMedCentral开放存取期刊出版商提供的部分免费期刊链接到出版商网站 3 题录相关生物信息学数据 图书馆馆藏信息 消费者健康信息和研究工具等资源链接 18 19 Pubmed记录来源标识 1 PubMed indexedforMedline PubMed inprocess PubMed assuppliedbypublisher 19 20 Pubmed记录来源标识 2 免费全文 20 21 3 PubMed记录的主要字段 P85 字段标识 字段名称AB AbstractAD AffiliationALL AllFieldAU Authors1AU FirstAuthorFAU FullAuthorNamePMID PubMedUniqueIdentifierDP PublicationDate 字段标识 字段名称LA LanguageMH MeSHTermsMAJR MeSHMajorTopicSH MeSHSubheadingsPT PublicationTypeSO SourceTA JournalTitleTI TitleTW TextWords 21 22 4 PubMed检索途径 高级检索 基本检索 22 23 Pubmed高级检索 限定字段进行检索 利用索引选择提问词 查看并利用已有检索式进行检索 23 24 PubmedMeshDatabase 24 25 25 MeSHDatabase 查看并利用主题词检索 MeSH主题词检索是PubMed最具特色的检索功能之一 能保证较好的查全率和查准率主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范主题词组配副主题词 使检索结果更加专指主题词的树状结构表 可自由调整检索策略扩展检索 利用下位词同时进行检索 提高查全率限定检索 将检索结果限定在主要主题词 使检索结果更加准确注意 用MeSH词检索时 只检索来源于MEDLILNE的文献 不检索PubMed其他来源的文献 25 26 JournalsinNCBIDatabases 查找期刊详细信息并获取期刊论文 查找期刊详细信息并获取期刊论文 26 27 PubmedSingleCitationMatcher 准确查找指定论文 27 28 5 Pubmed特色 生物医学领域首选数据库收录期刊范围侧重生物医学领域检索免费 并可免费获取部分全文及相关生物信息学资源 文献报道速度快收录文献加工质量高 经Mesh主题词标引 检索功能强大 支持自动词语匹配检索 并提供主题词检索 临床查询 引文检索等特色检索服务 28 29 检索词 Mesh转换表 期刊名转换表 作者索引表 经过转换后的检索式 Pubmed系统进行检索 Details分析 29 作者姓名转换表 PubMed特色 自动词语匹配功能 29 30 PubMed自动词语匹配功能 举例 欲查找大肠癌与阿司匹林同时出现的文献 输入 colorectalcanceraspirin 系统转换后实际检索策略为 colorectalneoplasms MeSHTerms OR colorectal AllFields AND neoplasms AllFields OR colorectalneoplasms AllFields OR colorectal AllFields AND cancer AllFields OR colorectalcancer AllFields AND aspirin MeSHTerms OR aspirin AllFields 30 31 智能检索功能不仅能准确拆分词 而且能将提问词转换为MESH词 并在Mesh字段与全字段同时进行检索 有效保证文献的查全和查准 SearchDetails框详细显示自动词语匹配的实际检索式 31 32 查看系统转换后的检索策略 原始提问式 系统转换过程 系统实际检索策略 32 33 问题 Q 是否可以完全依赖词语的自动词语匹配功能 例如 单细胞Singlecell 33 33 34 自动词语匹配 34 34 35 如何避免系统进行自动词语匹配 检索词加上 半角状态的双引号 进行强制检索系统不进行自动词语匹配 不扩展检索singlecell直接输入 singlecell 或者single cell 35 35 36 36 下列情形不进行自动词语匹配精确短语匹配 如 kidneyallograft 截词检索 如bacter 连字符时 如kidney allograftHistory检索 如 1AND 字段检索 如toothache ti 36 37 二 Pubmed检索指南 37 38 1 如何查找阿司匹林预防大肠癌的文献 课题分析两个主要概念组面阿司匹林 aspirin 大肠癌 colorectalcancer 如何翻译英文提问词 CNKI翻译助手Google翻译有道 38 39 1 如何查找阿司匹林预防大肠癌的文献 试检 Pubmed基本检索服务提问词 colorectalcanceraspirin 39 40 获取检索结果 上 限定条件进行检索 相当于原来的 Limits 功能 自动获取相关文献 转换显示格式 记录输出 40 41 获取检索结果 下 获取免费全文 查找相关生物信息学数据库 查看系统转换后的检索策略 41 42 转换记录显示格式 Aspirinforprophylacticuseintheprimaryprevention Aspirinforprophylacticuseintheprimaryprevention 42 43 也可单击题名超链进入ABSTRACT格式 作者单位 来源 查找刊名全称 43 44 NLMCatalog 获取刊名全称 44 45 将检索结果限定为近5年综述 设置文献过滤器查找特定类型文献过滤条件一经选择持续起作用 已选择的文件过滤器 45 46 利用主题词进行检索 难点 1 进入 MeshDatabase 界面2 在此界面查找 colorectalcancer 大肠癌 对应的主题词 点击选定主题词超链 可获取主题词详细信息 3 输入提问框 Addtosearchbuilder 4 找到 aspirin 对应的主题词后 Addtosearchbuilder 逻辑运算符选择 And 5 searchpubmed 进行检索6 在检索结果界面 点击选定文献题名超链 进行其文摘格式 在此界面下方点击 PublicationTypes MeSHTerms Substances 选项 获取主题词及主要主题词信息 注 主要主题词有 标志 46 47 1 进入 MeshDatabase 界面 两种方式进入MeshDatabase 47 48 2 查找主题词 上 定义及主题词引进年代 c 组配副主题词 添加到检索框 检索文献 48 49 2 查找主题词 下 c 加权检索 c 相关参照 扩展检索 款目词 主题词同义词或近义词 树状结构 c 上位词 下位词 49 50 3 利用主题词进行检索 添加到检索框 检索文献 ColorectalNeoplasms Mesh OR CecalNeoplasms Mesh AND Aspirin Mesh 50 51 4 获取检索结果 点击题名超链获取详细信息 51 52 5 获取记录详细信息 52 53 PublicationTypes MeSHTerms Substances 获取题录的文献类型 主题词及物质信息 获取指定题录的主题词信息 其中带 号的为主要主题词 53 54 LinkOut 获取题录相关资源 获取全文 获取医学背景知识 获取相关生物信息学数据 54 55 利用Linkout获取医学背景知识 免费在线医学百科全书 55 56 课题2 如何查找英文原文 方法一 可以利用基本检索 56 57 如何查找中文摘译的英文原文 1 提取文中关键信息发表日期 2019年7月16日期刊名 AnnalsofInternalMedicine关键词 colorectalcancer aspirin2 访问Pubmed 确定检索方法基本检索SingleCitationMatcher 57 58 1 基本检索方式 aspirincolorectalcancer annalsofinternalmedicine 2019 Q 为什么期刊名annalsofinternalmedicine要加双引号 58 59 获取原文线索 59 60 在摘要页面点击 Linkout 60 61 获取原文 61 62 2 singlecitationmatcher检索 62 63 PubmedSingleCitationMatcher c 检索提问式 Journal annalsofinternalmedicineData 2019 07 16TitleWords aspirin 63 64 annalsofinternalmedicine Jour and2019 07 16 pdat andaspirin 64 65 Pubmed检索小结 自动词语匹配检索一般适合检索经验有限的初级用户 也适合对课题做初步检索 检索经验丰富的用户 或者对查全率查准率有较高要求的检索课题 需要仔细分析课题 编制比较完备的检索策略 综合运用