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TCGA数据库介绍专题 上海尔云 云生信团队2015 9 20 目录 前言 01 TCGA theCancergenomeATLAS 癌症种类丰富 样本量大34kindsofcancer325samplesonaverage http cancergenome nih gov 数据产生历程 02 TCGA数据的产生历程 1 组织样本和临床数据来源网站 TSS 收集的数据发送到Biospecimen核心资源 BCRs 2 BCRs提交临床数据和元数据到数据协调中心 DCC 和测序中心 GSCs 获取组织变异数据 然后提交给DCC 3 GSCs提交跟踪文件 序列比对后文件到癌症基因组学中心 CGHub 4 提交给DCC和CGHub的数据可供研究团队和基因组数据分析中心 GDACs 使用 5 分析pipeline以及由GDACs产生的数据结果通过DCC保存到研究社区 community 中 http cancergenome nih gov abouttcga overview barcode解读 03 详细请见 https wiki nci nih gov display TCGA TCGA barcode DaTATYPESANDLEVELS 04 DATATYPES DATALEVLES 注意 低水平的测序数据存储在CGHubhttps cghub ucsc edu 申请下载时需要DUNSnumber TheCancerGenomicsHub CGHub isasecurerepositoryforstoring cataloging andaccessingcancergenomesequences alignments andmutationinformationfromtheCancerGenomeAtlas TCGA consortiumandrelatedprojects 目前已有的癌症种类 05 癌症种类丰富 样本量大34kindsofcancer325samplesonaverage 详细见 TCGApublicationguideline http cancergenome nih gov publications publicationguidelines 数据下载及解读 06 最简单的方法 https tcga data nci nih gov tcga tcgaHome2 jsp 第1封邮件通知下载申请已经提交 第2封给出下载链接 Step4 Step4文件内容 File manifest txt 对所下载文件的说明 临床数据解读 CDE CommonDataElementshttps tcga data nci nih gov
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