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编号：本 科 毕 业 论 文题 目： 学 院： 专 业： 年级：姓 名： 指导教师： 完成日期： 三号黑体、居中目 录小四号黑体 小四号宋体中文摘要与关键词1Abstract and Key Words 21. 引言 12. 生物信息学研究22.1 生物信息学的产生42.2序列分析方法 53. 结果分析73.1 高丰度表达中已知序列功能的分析结果93.2 山羊KRTAP8的生物信息学分析10 4. 结论12参考文献15致谢 16 简历17 三号黑体居中 摘 要小四号宋体 内蒙古白绒山羊是一种优良家畜品种，通过EST（表达序列标签）测序在分子水平上获得大量数据，这些数据提供了内蒙古白绒山羊的部分基因信息，为进一步研究与山羊绒生长相关基因奠定基础。本实验选择内蒙古白绒山羊毛囊兴盛期cDNA文库为研究材料，其中15条HGT （高甘氨酸/酪氨酸角蛋白关联蛋白）的cDNA序列已被国际公共数据库GenBank数据库接受，其中KRTAP6（角蛋白关联蛋白家族6）家族成员6个，KRTAP7家族成员1个，KRTAP8家族成员2个，KRTAP16成员6个。通过对不同物种HGT氨基酸序列的比较分析，发现山羊HGT的氨基酸序列与其它哺乳动物如人、小鼠和绵羊的HGT氨基酸序列有很多一致或保守的区域。分析其蛋白功能位点，发现在山羊的HGT中有许多豆蔻酰化位点。通过对白绒山羊HGT蛋白的二级结构预测，发现绒山羊HGT和其它物种HGT的二级结构中无规则线性长链结构所占比例最多，-伸展结构占到了较少的部分，几乎没有发现-螺旋的存在。小四号黑体 小四号宋体 关键词：绒山羊；生物信息学；表达序列标签；高甘氨酸/酪氨酸角蛋白关联蛋白（HGT）英文题目二号Times New Roman，加粗、居中Research of Bioinformatics for Inner Mongolian White Cashmere Goats三号Times New Roman，加粗、居中 Abstract小四号 Times New Roman In this study，15 HGT cDNA sequences were submitted to the international public database (GenBank) which were chosen from the cDNA library of the Inner Mongolia white cashmere goat during anagen with skin as study material. Among them we find 6 members in KRTAP 6, 1 members in KRTAP7, 2 members in KRTAP8 and 6 members of KRTAP16.Compared the amino acids sequence of HGT of different species, the results showed that the HGT amino acids sequence of goat had many conservative or identical domain with Human, Mouse and Sheep. Analyzing its Motif discovers that goat HGT have many N-myristoylation site.The secondary structure of HGT was predicted, the result indicated irregular long chain had a large proportion in the HGT secondary structure of goat and other species, there were a small quantity of - extended structures and - helix were almost not found.四号Times New Roman 加粗 小四号 Times New Roman Key Words：Cashmere Goat；Bioinformatics；EST(Express Sequence Tags)；HGT(high glycine/ tyrosine Keratin Associate Protein KRTAP)小四号宋体1引言我国绒山羊资源丰富，所产羊绒以其纤维细软、保暖、洁白等特点，素有“软黄金”之称。在国际市场上享有盛誉。内蒙古白绒山羊是一种对恶劣环境适应性极强而又能为人们提供优质纺织纤维的优良家畜品种，无论从基础理论还是应用前景，绒山羊都是极具研究价值的重要家畜。根据美英等西方发达国家政府和世界粮农组织（FAO）的预测，2l世纪全球动物农业90的品种都将通过分子育种提供，因此，建立内蒙古白绒山羊种质资源库，开展绒山羊产绒量和绒毛品质等相关的功能基因的研究对绒山羊的选育有重要的理论和实际意义。随着人类基因组计划、模式动物基因组计划和家养动物基因组计划研究的深入，已获得了大量基因组水平的数据。这些工作为绒山羊功能基因组研究的开展打下了基础。利用EST(表达序列标签)的分析并获得全长的cDNA序列，从而得到此基因转录的蛋白，对蛋白特征、结构的分析将对阐述山羊毛或绒的特性及表达有着重要的意义。2.生物信息学研究进展2.1生物信息学的产生20世纪中叶以来，随着DNA双螺旋结构的提出和蛋白质空间结构的解析，开始了分子生物学时代。对遗传信息载体构成和生命功能的体现者蛋白质的研究，成为生命科学研究的主要内容。九十年代初随着人类基因组计划在世界范围内的开展，破解人类及多种模式生物的遗传密码已成为生物学领域的重要课题，同时产生了巨量的基因组信息面对如此巨大且具有高度复杂性的生物数据，如何有效地进行管理和分析这些信息是人类基因组研究必不可少的重要内容，从而也促进了生物信息学(Bioinformatics)这门生物学和信息科学融合的新学科产生和发展（陈竺等，1998）。图1 复杂网络拓扑结构(a)规则网 （b）随机网 （c）小世界网络 （d）无标度网络Fig. 1. The topological structures of complex networks(a) regular networks (b)random networks (c)small world networks (d) scale free networks生物信息学是内涵非常丰富的学科，其核心是基因组信息学，包括基因组信息的获取、处理、存储、分配和解释。基因组信息学的关键是“读懂”基因组的核苷酸顺序，即全部基因在染色体上的确切位置以及各DNA片段的功能；同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质特征的分析及空间结构的预测。（郝柏林 2000，陈润生 1999）5、6表1. 实际网络的Scale Free现象Table 1. Scale Free Phenomena of Actual NetworkNetworkroutrin lreal lrandWWW 723,1087.52.722.1168.85Internet 8, router3,8882.572.482.4812.158.75Internet 8, domain3015-43893.42-3.762.1-2.22.1-2.246.3Phone call 9533,10.三号黑体,居中参考文献小四号宋体,加方括弧 小四号宋体 1施季森.21世纪的生物信息学述评. 南京林业大学学报，2001-3，vol25,2 2吴昊. 基因组学,生物信息学及其对科学和社会的影响. 院士论坛，vol25,53施晓秋. 计算机科学在生物信息学中的应用. 浙江工业大学学报,2001 vol29,24王发生. 生命科学时代的生物信息学. 中国现代医学杂志，2002， vol10,125郝柏林. 生物信息学 .中国科学院院刊2000，4期人名后和句号用英文实心句号6陈润生. 生物信息学. 生物物理学报，1999，vol15,1期7包家立. 生物信息学数据库.世界医疗器械，vol6,1期8李衍达. 生物信息学与21世纪的生物学. 科学前沿9俞建新. 网络上的生物信息资源.生物学通报2000，vol35,8期10陈竺等. 人类基因组计划的机遇和挑战.生命的化学，1998年18卷，11Kahn P. 1996.Coming to grips with genes and risk. Science, 274：49612Lander E S. 1996. The new genomics global views of biology. Science, 274：536-53913Marshall E. 1996.The genome programs conscience. Science, 274：48814Marshall E. 1997. Whose DNA is it, anyway? Science, 278：564-567小四号Times New Roman三号黑体，居中 致 谢小四号宋体 本论文是在导师李玉荣研究员和尹俊副教授的悉心指导下完成的，导师严谨的治学态度、广博的专业知识、开阔的思路和强烈的敬业精神将使我终生受益，三年的学习生涯中，导师在科研、学习、生活方面，都给予我许多的帮助和无微不至的关怀。并且非常感谢导师为我提供了一个良好的实验与学习环境。特别感谢李金泉教授、张炎茹副教授在对本论文给予了很多帮助和指导。论文实施过程中，生物工程学