用SHELXTL程序进行晶体结构分析的方法.ppt

第五章 用SHELXTL程序进行结构分析的方法 newopencopyarchivedeleteexit editedit resedit insedit cifedit prpedit lstcopy res ins XlXH 一 SHELXTL文件 1 文件名 一般 同一结构 所有文件都用相同的名 不能超过 个字符 只是扩展名不同 2 两个必要文件 由XPREP程序产生 hkl文件 所有的衍射点 每一点一行 格式为 hklF2 F2 42 221 1893 0504 2219 5392 120 4 2 217 1292 710 4 2 220 4593 120 ins文件 组成上可分成五部分 TITL041203einP2 1 cCELL0 7107311 587019 308017 214490 000108 47190 000ZERR4 000 00690 01120 01020 0000 0090 000LATT1SYMM X 0 5 Y 0 5 ZSFACCHNOCoSUNIT1081044020816 信息区 SIZE0 470 430 35HTAB2L S 8ACTABONDFMAP2PLAN20 晶胞参数 X光波长 标题 空间群 单胞中分子数目 晶胞参数的标准偏差 晶格类型 对称操作码 原子类型 单胞中原子数目 命令区 可输入各种让XS和XL执行的命令 DFIX1 430 02o5c27WGHT0 0749001 631200FVAR0 169240TEMP25 Co150 6394360 1822960 77829911 0000000 037950 0 0431200 052330 0 0021200 007180 0 002370Co250 1322990 0882370 78254311 0000000 061270 0 0806100 082660 0 0041400 0113000 005080N130 8165450 1814040 85752711 0000000 048210 0 0447200 042580 0 0014600 010450 0 001390N230 6418180 0988030 86406511 0000000 055810 0 0508700 0700800 0007000 013560 0 009990 命令区 HKLF4 END 原子表坐标 占有率 温度因子 衍射点文件类型 文件结束命令 3 其它文件 reslstpltciffcfpcftex xs xl refine产生的文件 记录xs xl refine过程和结果的文件 XP中做的图形文件 晶体学信息文件 结构因子文件 晶体结构报表文件 记录仪器型号 晶体外观等的文件 4 INS文件的建立和更新 结构解析和精修的过程 是ins文件建立和不断更新的过程 这主要是下列过程实现的 xprep xshell refine xl xp edit copy SHELXTL的主要子程序和文件 二 常用的XS和XL指令 三 SHELXTL结构分析的步骤 1 项目的设立 打开SHELXTL程序 点projectnew 输入文件名 查找到hkl文件并打开 2 结构的解析 1 结构解析的基本原理 XS用直接法或Patterson法解决相角问题 试验性找出部分原子或重原子的位置 坐标 所谓直接法 directmethods 就是运用数学的方法 利用不同衍射点的关系 从大量强度数据中 直接找出各个衍射点的相角 从而达到解析晶体结构的目的 其过程概括如下 a将 Fo 转化为归一化结构因子 Eo b建立可以利用正切公式的三相角及四相角关系 c赋于起始相角 d利用正切公式精修相角 e计算诊断指标 判断各套相角的质量 f采用诊断指标最佳的相角数据计算解析电子密度图 即E图 Patterson法是其本人1934年提出 通常只用来解析含有重原子的结构 用这种方法时 首先利用重原子的特征峰 即Harker峰 求出重原子坐标 再通过Fourier合成获得其它原子的坐标 Harker峰 或Harker截面 就是同一套等效的原子组成的Patterson峰 由于平方效应 重原子的Harker峰会显得十分突出 寻找起来一般比较容易 因此 可以轻松地从分析重原子的Harker峰 得到重原子的坐标 2 用XS和XSHELL程序定出结构雏形 初始套 一般先试直接法 再试Pattson法 用什么方法是通过改变Edit ins文件中的指令来实现的 直接法 TITL020908binC2 cCELL0 71073030 19278 517513 910890 000095 130090 0000ZERR8 000 01460 00420 00710 00000 01000 0000LATT7SYMM X Y 0 5 ZSFACCHNOCrUNIEMP25TREFHKLF4END Patterson法 TITL020908binC2 cCELL0 71073030 19278 517513 910890 000095 130090 0000ZERR8 000 01460 00420 00710 00000 01000 0000LATT7SYMM X Y 0 5 ZSFACCHNOCrUNIEMP25PATTHKLF4END 继续尝试直接法 TITL020908binC2 cCELL0 71073030 19278 517513 910890 000095 130090 0000ZERR8 000 01460 00420 00710 00000 01000 0000LATT7SYMM X Y 0 5 ZSFACCHNOCrUNIEMP25ESEL1 53 5TREFHKLF4END 归一化结构因子E的下 上限值 可试探性设置 设置好ins文件 点击XS 就可自动进行计算 XS计算结果的评估 直接法 RE越小越好 一般大于0 3 就预示着不成功 打开Xshell 检查计算出的原子或 Q 峰位置是否构成合理的化学结构 精修 refint 一次后 R1值是否大小于0 5 或继续精修R1值是否很快降低 如果得到的原子或峰的位置能够构成合理的化学结构 就要通过删除不合理的原子或 Q 峰 并把Q峰选择后定为相应的原子 操作方法是 选择原子或 Q 峰的方法 a光标指在欲选择位置 点S键 可依次选择所有的要选择的原子或Q峰 c用Select菜单 或背景右手键点 Select 可选择部分和所有的原子或Q峰 顺序与原顺序相同 b光标指在欲选择位置 右手键点 Select 可依次选择原子 d按住 Shift 键 左手键拖出一个选择框并同时轻开 可选择一个或多个原子 删除原子或 Q 峰的方法 a光标指在欲删除位置 原子或键 点K键 b光标指在欲删除位置 右手键点BondsandAngles 再在对话框中点 Delete e点refine菜单 系统会提示有Q峰没命名 并选择所有Q峰 顺序与原来顺序相同 e在ins文件删除 c光标指在欲删除位置 右手键点 Delete d先选择 再点Select菜单中的Killselected 恢复删错的原子或 Q 峰的方法 a先选择 再用Lablels菜单中的Grouplabel 命名 标记 原子或 Q 峰的方法 点 Edit RestoreKilledAtom 先选择要恢复的原子 或Q峰 再点 Restore b光标指在要命名的位置 用右手键的Edit c光标指在欲命名位置 右手键点BondsandAngles 再在对话框中点 Rename 如果仍得不到较为合理的初始结构 则应试验用三种方法中的另一法 或试验用不同的ESEL值 如果试验用各种方法 仍不行 那就要考虑是不是出现了如下的问题 常用的小技巧 a解析和精修结构的初期 可把C O N都定为C b如果独立单元中分子较多 可光标指在一个分子中的某一原子上 再用右手键菜单中的UNIQ指令把其分离出来处理 c如果独立单元只是分子的一部分 原子不好取舍 可用右手键菜单中的GROW指令把分子长全处理 结构的解析中的若干问题 A晶胞的错误确定 用CCD探测器 仪器可以自动确定晶胞 分别在matrix sadabs和xprep中 但有时会不正确 因而晶系和空间群会因之错误 解决方法 在xprep中重新确定晶胞 实在不行 需用收集数据重新做晶胞 B空间群的错误指认 主要的三种情况 a晶胞的错误确定引起的 b仪器只根据Rint和CFOM 诊断因子 值来确定 有时会降低晶体的对称性 c由系统消光规律的错误判断引起 解决方法 在xprep中重新确定空间群 重新做晶胞 XPREP的主要功能和应用 单击进入XPREP程序 根据程序的提示输入晶胞参数 选择可能的晶格 程序则显示以下菜单 D Read ModifyorMergeDATDSETS P ContourPATTERSONSecions H SearchforHIGHERmertricsymmetry S DetermineorinputSPACEGROUP 读入 更改 合并衍射数据 计算显示Patterson截面 寻找更高的对称性 确定或输入已知的空间群 A ApplyABSORPTIONcorrections M TestforMEROHEDRALTWINNING L ResetLATTICEtypeofOriginalCell C Defineunit cellCONTENTS F SetupSHELXTLFILES R RECIPROCALSpaceDisplays U UNIT CELLtransformations T ChangeTOLERANCES O Self rotaionfunction Q QuitProgram 吸收校正 重设原始晶胞的晶格类型 孪晶缺面试验 定义单胞的化学组成 建立计算指令文件 显示倒易空间 转换晶胞 改变一些变量的容忍值 自旋函数 退出程序 Selectoption H 程序显示目前的晶胞参数和其它的可能选择 可认同程序的选择 但有时需自行选择 Selectoption A 认同程序的选择后 程序会提示下一选项 S Selectoption S 可直接输入已知空间群 也可测定 Selectoption S 则还要进一步选择晶系 Selectoption M Selectoption P 进一步选择晶格类型 程序显示目前的空间群和其它的可能选择 可认同程序的选择 但有时需自行选择 认同程序的选择后 程序会提示下一选项 D Selectoption A Selectoption D 程序让显示统计强度的选项 S 程序让显示合并等效点的选项 A Selectoption S Selectoption A 程序显示出退出主菜单的选项 E Selectoption E 认同程序的选择后 程序会提示下一个定义单胞的化学组成选项 C Selectoption C 认同原有的或更改或重新输入后 程序又显示出退出主菜单的选项 E Selectoption E 认同程序的选择后 程序会提示下一个建立SHELXTL计算指令文件选项 F Selectoption F 认同程序的选择后 程序会提示输入文件名 输入并回車后 程序会问是否写hkl文件 同意后 程序又提示下一个选项 Q 文件名 可任意取 Selectoption Q D 程序又显示出退出主菜单的选项 E Selectoption E H 输入0 84以使 为25 程序又显示出退出主菜单的选项 E 这里也可不限制 解或精修结构时用OMIT指令限制 Selectoption E W 再输入文件名后 两个回车后又显示如下选项 应与前面的文件名相同 Selectoption E M 便会显示如下选项 Selectoption A I 就可一直回车选项退出XPREP程序 C严重给错分子式 不同的原子对X 射线散射能力不同 如果给错了分子式 尤其是重原子错 一般都会导致解析不了结构 需仔细核实分子式 D赝对称结构 就是晶体结构中含有某些较重的原子 它们处于特殊位置时 使得自身的对称性高于轻原子及整体的对称性 如具有额外的平移和中心对称性 这时就会造成在电子密度图上轻原子的多解 即轻原子除了在正确位置出现个 还在一个或多个错误位置出现 要仔细的重解 仔细地确定原子 E衍射数据质量差 在没有以上错误 仍解不出结构时 可能是数据质量太差 是由以下原因造成的 其一 衍射强度数据太弱 数据还原程序统计得到的平均信噪比I I 太小 而解结构程序统计的平均信噪比的参数Rsigma太大 其二 吸收校正没做好 所有等效点的平均差别Rint较大 解决方法 重新培养较大的单晶 重收数据 解决方法 重新用其它方法做吸收校正 如果没有以上问题 还是解不出结构 还可试用先将有心改为无心空间群的方法 解出初始结构 再转换成有心空间群 3 结构精修的基本过程 在得到初始结构后 所有的Refine 或XL 计算都是由计算机完成的 对于非晶体学专家 该过程有如 暗箱操作 但差值Fourier电子云密度图的分析和结构模型的逐步完善必须人工参与完成 A读入晶胞参数 空间群 分子式 衍射数据等 B程序利用已知的部分原子的坐标和种类 计算出结构的部分正确的相角 C程序结合计算出结构的的部分正确的相角和测的衍射强度 模拟出 观察 到的电子云密度图 D程序把已经确认的原子从 观察 到的电子云密度中扣除 计算出差值Fourier电子云密度图 E在差值Fourier图中 找出分子中其它原子的位置 F程序根据衍射强度 对原子坐标和位移参数等结构参数进行精修 G重复C F步骤至分子中所有原子都被指认 精修收敛 结构精修的典型步骤 A在XSHELL中用Refine精修各向同性的非氢原子 定出基本正确的结构模型后 在前几轮精修 各向同性 中 可以通过检查R1和U值 来检查原子确定的是否正确 并逐步指认出非氢原子 R1应小于0 4 wR2为0 5 0 7 越小越好 U应在0 1以下 如果在精修过程中 U值急剧增大 说明该原子并非存在 如果U偏大 该位置可能是一个更轻的原子 如果U偏小 则可能是一个更重的原子 还要注意残余峰的大小 如果其大于1就应考虑是不是还有未发现的非氢原子 在Refine中选择Aniso则可进行各向异性精修 也可在Edit ins文件中加ANIS指令 用XL进行 这样可更确切地表达电子云的真实分布情况 所以R1值会明显下降 B对所有的非氢原子进行各向异性精修 这时如果是非中心对称的空间群 应检查Flack参数是否接近于0 否则要进行绝对构型转换 指令 MOVE111 1 对于具有确定立体结构的有机基团 可采用理论加氢 对于无法理论加氢的 如水分子 可从差值Fourier图中找出氢原子 参加精修的情况视数据的质量而定 C计算 指认并精修氢原子 理论加氢的方法 退出XSHELL 在Edit ins文件的命令区 添加指令 HFIXmn需加氢原子名 产生AFIX固定 m是一或两位数 指定氢的类型 1叔 H 2仲 H 3 或13 伯 H 4芳 H 8 或14 X O H 9X CH2或X NH2 15笼状B H n是一位数 指定固定的类型 1坐标 占有率 位移因子固定 2占有率 位移因子固定 3 或7 坐标固定 4同3 但允许修正X H的键长 方向固定 然后进行XL精修 完成后进入XSHELL继续精修 也可在XSHELL中先点Atoms HybridizeAll再点Atoms CalculateHydrogens 然后检查H加的是否合理 如不合理 可打开Edit EditCurrentFile修改不合理的部分 再用Refine继续精修 还可在XSHELL中先选择同类原子 再用Select Atoms SetHFIX分别进行加氢 D进一步精修更多的晶体学参数 先在ins文件中写入要精修的参数指令 再进行精修 例如 SIZE0 380 320 24 HTAB2 CONF CONFX1X2X3X4 BOND H BINDX1X2X3X4 1 MPLAnX1 X8 EQIV 1X 1 Y 1 2 Z OMIT1 24 输入晶体的尺寸 计算氢键并写入lst文件 计算所有的扭转角 计算这四个原子间的扭转角 加上 H 可计算包括H在内的各种健长和键角 计算输入的原子对的健长和键角 计算输入的前n个原子的平面 并给出所有输入原子偏离该平面的距离 还能给出与前一个平面间的夹角 提供所键合原子的对称操作码 MOVExiyizi 删除h k l分别为1 2 4的坏点 移动坐标 EXTIx 精修消光效应 x是程序自动产生的 这些计算一般在作数据表时进行 OMIT 250 02 限制sigam和2theta 找出对称操作码的方法 而用ENVI命令会得到有关的用四位数字表示的对称操作码 如 2746 3654 4545等 可表示为 SXYZ 其中 S为对称操作序号 如S 2 等价于2555 就是 x y 0 5 z X 5 Y 5 Z 5则代表x y z三个轴向在555 即 x y 0 5 z 基础上的位移量 在XP中采用SYMM命令 此时会给出所有的对称操作码及序列号 如对于某晶系为 1555 x y z2555 x y 0 5 z3555 0 5 x 0 5 y z4555 0 5 x 0 5 y 0 5 z 如 2746的对称操作为 2 x 1 y 1 5 z3654的对称操作为 1 5 x 0 5 y 1 z4545的对称操作为 0 5 x 0 5 y 0 5 z TITL020908ainC2 c L S 8ACTABOND HFMAP2PLAN20mpla7n1c2 c6c1o1co1mplan1c2 c6size0 280 250 18eqiv 1x y z 1 2htabO7O5 1htabO7O4htab2exti0 00023confc8n2n3c14bindc1c10 1dfix0 880 02o7h13o7h14 实例 指精修结果收敛 E收敛 即精修到原子坐标 位移参数 占有率等参数至目标值范围内 被精修的参数的最大绝对漂移 maximumabsolutevalueoftheshift 的值不再变化 并且在0 01 甚至0 001 以下 平均漂移值 Meanshift 几乎为零 一套好的数据精修出正确结构之后 wR2 0 15 R1 0 05 GOOF值接近于1 可通过调整WGHT值来实现 如果精修很难收敛 或某些参数不好 可用删除一些坏点的方法来解决 删除坏点的方法 每次精修完后 程序都会自动产生50个坏点 写在lst文件中 查到后可把它们的h k l值加上OMIT指令写在ins文件中 继续精修即可 如 MostDisagreeableReflections ifsuppressedorusedforRfree hklFo 2Fc 2Delta F 2 esdFc Fc max Resolution A 03469 1813 305 030 0132 3610122003 9325827 844 650 58011 57 433195 94122 964 310 0402 16 646 1 2760 324 310 0281 48 1652 31 82514 283 990 0820 85 24140 1681 203 680 0331 122002576 752229 443 670 1717 93 8311755 49954 473 640 1121 22 lst TITL040518binP2 1 n SFACCHNSSnClUNIT809288412omit034omit101omit 433omit 646omit 1652L S 8EXTI0 00224ACTABONDFMAP2PLAN20WGHT0 0280001 235100FVAR0 412890 ins A受限制的精修 在一些结构中 个别独立的原子给不出化学上合理的键长和键角 由于它们平均分布在整个分子中 有明显的相关性 因此有关参数不能独立修正 须进行 强制性精修 constrainedrefinement 和 限制性精修 restrainedrefinement 方法有 强制性精修 固定 不同原子在同一位置的固定 结构精修技巧 TEMP25EADPN1O1EXYZN1O1WGHT0 000000FVAR0 090960 5CR150 1131740 2162840 62814111 000 031320 04649 0 034550 000950 001830 00118N130 1183660 2418300 48315421 000 026960 03867 0 03287 0 000840 000650 00346O140 1183660 2418300 483154 21 000 026960 03867 0 03287 0 000840 000650 00346N230 1680390 0755530 65741111 000 029770 04142 0 03256 0 005860 003800 00086 刚性基团的固定 C510 7839820 3893100 47272311 000 056310AFIX66C610 6708450 3853300 47555411 000 037930C710 6231400 3840590 52209911 000 038030C810 1328710 1073890 61628111 000 070930C910 1873100 1127000 56609211 000 052710C1010 3014380 1136570 56151011 000 036590C1110 3506990 1121920 51513811 000 035930AFIX0C1210 2841000 1107080 47251311 000 043900 苯环的固定 茂环的固定 C510 7839820 3893100 47272311 0000000 056310AFIX59C610 6708450 3853300 47555411 0000000 037930C710 6231400 3840590 52209911 0000000 038030C81000110 05C91000110 05C1010 3014380 1136570 56151011 0000000 036590AFIX0C1110 3506990 1121920 51513811 0000000 035930C1210 2841000 1107080 47251311 0000000 043900 以上刚性基团的固定 通常在精修收敛后 就撒去 并继续精修至收敛 以产生标准偏差 必要时需再用限定 dfix C110 6970090 8630490 28649811 000 093920 11666 0 06085 0 018490 03812 0 03708AFIX23H1C20 6892450 8256730 25983611 00000 1 20000H1D20 7649200 8868840 28992811 00000 1 20000AFIX0C210 6262820 9479190 28543611 000 073190 12011 0 056840 02597 0 01000 0 02830AFIX23H2C20 6425670 9948650 26331011 00000 1 20000H2D20 5588990 9246280 27906511 00000 1 20000AFIX0 H的固定 由HFIXmnC1C2指令产生 限制性精修 FMAP2PLAN20dfix0 850 02o1h1o1h2o2h3o2h4o3h5o3h6dfix1 380 02h1h2h3h4h5h6h7h8TEMP25 键长的限制 键长 估计标准偏差 同类键键长相近的限制 FMAP2PLAN20SADI0 02o1h1o1h2o2h3o2h4o3h5o3h6SADI0 02h1h2h3h4h5h6h7h8TEMP25 估计标准偏差 限制指定原子具有相近的位移参数 PLAN20LIST4DELU0 020 01c2c3c4c5c6c7c8c9c10WGHT0 0834000 000000 估计标准偏差 共平面限制 PLAN20LIST4FLAT0 1c11c12c13c14c15WGHT0 0834000 000000 估计标准偏差 至少四个原子 或 PLAN20LIST4SIMU0 040 081 7c2c3c4c5c6c7c8c9c10WGHT0 0834000 000000 估计标准偏差 原子间的最大距离 B阻尼控制 当结构难以进行最小二乘精修 特别是当结构模型明显偏离最优化结构时 易发生精修参数的大幅度移动 shift 造成最小二乘精修不收敛 可用阻尼因子加以控制 在SHELXL中 可赋予阻尼参数DAMP一个200 2000之间的数值 限制各向异性位移参数具有类似各向同性位移参数的性质 PLAN20LIST4ISOR0 01c3c4c13c14WGHT0 0834000 000000 估计标准偏差 C对称性限制 如果某些原子处于特殊位置 如对称中心 面 轴上时 原子坐标和各向位移参数不能被精修 需进行对称性限制 现在很多程序已经能自动对特殊位置的原子坐标和各向异性参数自动进行限制 D残余电子密度 残余峰如果大于1应考虑是不是还有未发现的非氢原子 距重原子 原子序数为Z 较近 1 2A 的峰和谷 允许更大的值 0 1Z 结构精修中的若干问题 在晶体结构精修的过程中 涉及晶体学理论及一些计算数学的理论和技术 与简单的数据拟合相比 具有变量多 计算量大等特点 特别是晶体结构精修参与的参数种类和数量会因晶体不同而不同 结构精修结果的好坏又牵涉到对晶体学理论和方法的理解 A原子的错误指认 一个原子对X射线的散射能力 即散射因子fi 大致正比于其原子序数 这意味着如果严重给错分子式可能导致无法解出结构 但原子序数相邻的原子对X射线的散射能力稍有不同 指认错误并不会明显影响解析过程 因此 在进行结构分析前最好有准确的元素分析 NMR IR等数据 以便正确指认原子 数据质量好 指认正确 可较明显的降低R值 但数据质量差时 就很难根据R的变化来指认原子 对于金属原子的指认 难度会更大一些 一般来说只有知道晶体中确实的金属种类 才能正确指认 B原子位移参数 不合理的原子位移参数的出现 经常是结构模型错误的一个信号 对判断晶体结构正确性的灵敏度比R或标准偏差更高 造成不正确原子位移参数的原因可能是 a 原子位移椭球的取向出现平行现象 暗示晶体可能具有各向异性 吸收系数大且吸收校正没做好 b 原子位移参数非常小 暗示更重的原子占据这一位置 c 原子位移参数非常大 暗示更轻的原子占据这个位置 或者因无序 该位置仅被原子部分占据 d 原子位移参数在物理上不合理 如椭球的形状盘子或长条形或没有体积 暗示数据差 数据参数比不够 这时应对部分原子进行各向同性修正 或做无序处理 或让相似化学环境的原子取相同的位移参数 或使用一个合理的固定值 1 5倍 反常的原子位移参数的出现 还暗示可能发生更为根本性的错误 如定错晶胞或空间群 C无序结构 当一物质大部分结构大部分有序 仅小部分无序时 可用通常的方法解析 但无序部分可能出现原子位移参数太大 其结构在化学上不合理的情况 无序的种类有多种 常见的有 a位置占有率无序 即同一位置被两种或多种原子占据 看 固定 b位置无序和取向无序 晶体中分子的部分基团 甚至整个分子按统计方式分布在两个或多个位置上的现象 叫位置无序 如果部分基团 甚至整个分子位于旋转轴 镜面 对称中心上 分布在两个相互联系的方向上的现象 称为取向无序 球形基团常发生这种现象 对于这一问题 有的结构 可直接由差值Fourier电子密度图定出不同方向的排列 例如 ClO4 经常是这样处理的 O和O 的占有率都改为0 5 很多结构却无法这样处理 则对于无序程度轻的 可用限定 即用ISOR指令 的方法 也可把无序原子裂分为两个原子 方法是 先在Edit lst文件中找到裂分的原子坐标然后在Edit ins文件中做如下处理 0 08620 03890 0343N10 12830 06590 0400N20 39040 14470 0431O1maybesplitinto0 69860 42520 6507and0 69220 35600 65220 08790 07230 0349O2 WGHT0 0452000 000000FVAR0 2869100 5N130 3383420 1106710 42407111 000 0729900 046510 0 0401700 0033200 0082700 021590part1O140 69860 42520 650721 000 05part2O1 40 69220 35600 6522 21 000 05part0O240 5293570 4003700 61593711 000 0532900 087650 0 054980 0 0019900 0198600 002700 lst ins C多种可能空间群之间的选择 确定空间群的基本原则是就高不就低 因此 定低了对称性就是错误的 必须纠正 最易犯的错误是将有心定为无心 E反常散射与绝对结构 a反常散射 不同原子对电子的束缚能力不同 导致了其散射能力与自由电子有所不同 散射相角也发生一定漂移 这种现象与X 射线的波长有关 称为反常散射 如果晶体属于中心对称空间群或在忽略了反常散射的条件下 衍射点的强度严格遵守Friedel定律 Fhkl F h k l 对于中心对称结构 反常散射效应相互抵消 因此严格服从Friedel定律 非中心对称的结构则不同 由于不同绝对结构的反常散射效应有一定差别 相应的Friedel衍射对的强度也有区别 两者之间差别尽管细微 却十分明显并有规律 b手性和极性空间群 非中心对称的空间群即极性空间群 其不含对称中心 手性空间群不仅不含对称中心 而且不含镜面和滑移面 在绝对构型可以清楚区分的情况下 使用错误的绝对结构进行精修将导致原子参数 键长 和键角等的系统误差 所以 正确确定绝对结构是非常重要的 可用Flack参数 cif文件中 来确定绝对结构 其值接近于0 且标准偏差很小 大于0 3表示没有足够强的反常散射能力 绝对构型不能确定 时 表示正确 如果等于或非常接近于1 且标准偏差很小 则表示此绝对结构是错误的 其倒反结构才是正确的 方法是 在ins文件中