Samtools文档翻译及简单示例.pdf

程序帮助 件程序帮助 件 显 帮助 件 indexing Note 表 该 命令的输出格式 运 命令时不要加这些东西 dict 为fasta 件创建序列字典 件 般 于 的参考序列 件 些call snp的软件会 到 成的dict 件 使 命令 为 faidx 为fasta 件创建索引 件 或者从fasta 件中提取相应的区域 使 命令为 index 为BAM或CRAM 件创建索引 件从 使随机仿问更加快速 对SAM 件 效 使 命令为 Statistics bedcov 输出每个panel的总匹配碱基数 或者将 个panel中每个碱基的深度加到 起 panel指的是每个bed中的 个窗 由chrID start end定义 使 法 output format chrid start end total depth depth samtools CMD samtools dict ref fasta ref fasta gz ref fasta dict samtools faidx ref fasta regions ref fasta fai or region fasta samtools index aln bam aln bam bai samtools bedcov panel bed input bam STDOUT 输出每个碱基的深度 即匹配到的次数 可以通过 b 添加bed 件 来缩 输出范围 另外 默认最 深度为 8000 如果是 深度测序应该通过 d或 m来定义更 的深度 如果需要统计深度为0的位点 应该加上 a选项 参 数较多 到时可以 查看 使 命令为 fl agstat 对bam 件进 简单的统计 共有13项 根据QC结果 每 项都分PASS和FAIL 般都是PASS 毕竟 般QC 都在 对前做过了 低质量的 都给过虑了 这13项包括 total reads 总的reads数 secondary supplementary duplicates 冗余reads数 mapped 匹配上的reads数 paired 成对的reads数 read1 read2 properly paired with itself and mate mapped singletons with mate mapped to a diff erent chr with mate mapped to a diff erent chr mapQ 5 使 命令 idxstats 对bam sam cram 件的索引进 输出 共四列 分别为chrID chrLength mapped reads unmapped reads 件的索引 件必须存在于输 件相同 录下 如果没有需要先建 索引 命令为 phase 于Call多倍体的杂合SNP not so sure A 丢弃不明确的相 b STR 定义输出 件前缀 STR 0 bam 存储phase 0 reads STR 1 bam 存储phase 1 reads 使 命令 stats 输出 量信息 包括 Summary Numbers SN First Fragment Qualitites FFQ Last Fragment Qualitites LFQ GC Content of fi rst fragments GCF GC Content of last fragments GCL ACGT content per cycle GCC Insert sizes IS Read lengths RL Indel distribution ID Indels per cycle IC Coverage distribution COV GC depth GCD 使 命令为 Viewing fl ags samtools depth input bam STDOUT samtools flagstat input bam STDOUT samtools idxstats input bam samtools phase input bam STDOUT samtools stats input bam STDOUT 将字符型和数字型fl ag相互转换 使 命令 tview 交互显 bam 件的 对情况 使 命令 view 查看bam sam cram 件内容 可以转换成理想的 件格式 可添加筛选区域 使 命令 depad 将 对到padded的参考序列的bam 件转为 对到 padded参考序列的bam 件 对于padded表 法 跟 个叫 做CIGAR的表 法有关 不是太懂 不过关于CIGAR表 法有 个 站解释的很好 click this 使 命令 File Operations collate 将 件中所有的reads按照它们的名字进 分组 使 命令 cat 拼接 件 持 BAM和CRAM 但是要求输 的 件格式应 致 使 命令 samtools flags INT STR STDOUT samtools tview p chr pos input bam Interactive Window samtools view bT ref fa in sam gz SAM to BAM samtools view h input bam BAM to SAM samtools depad input bam T ref fasta o output bam STDOUT or BAM samtools collate input bam sam cram prefix prefix bam samtools cat input1 bam input2 bam o output bam STDOUT or FILE merge 将多个排好序的 对 件进 合并 输出 个排好序的 件 使 命令 mpileup 产 VCF BCF或者pileup 件 也就是calling SNP了 可以输出成多种格式 默认是mpileup格式 d命令可以设 置最 深度 u产 未压缩的 件 v vcf g bcf o output to fi le 使 命令 sort 对bam 件中的内容进 排序 按最左边的坐标或者换名字排序 使 命令 split 将 件按read group进 拆分 与merge命令相反 使 命令 quickcheck 快速检查输 件的完整性 使 命令 fastq 将BAM或者CRAM 件转换成fastq 件 使 命令 fasta 同上 Editing samtools merge input1 bam input2 bam output bam FILE samtools mpileup input bam f ref fasta STDOUT TEXT samtools mpileup input bam f ref fasta vu d INT STDOUT VCF samtools mpileup input bam f ref fasta gu d INT STDOUT bcf samtools sort input bam O format o output STDOUT or FILE samtools split input bam f output format FILEs samtools quickcheck input bam sam cram None if intaced samtools fastq input bam 1 read1 fq gz 2 read2 fq gz FILES calmd 成MD标签 fi xmate 填 mate坐标 reheader 替换bam 件中的header信息为输 的SAM 件中的header rmdup 删除潜在的PCR冗余 targetcut 通过检查read深度的连续性识别 标区域 计算单倍体 致性序列 将 标区域相关的序列输出到SAM 件 addreplacerg 添加或删除read group标签 samtools calmd input bam ref fasta SAM or BAM samtools fixmate input bam output bam samtools reheader in head