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文档简介

克隆文库分析 leolvcxm99Leo924 student 内容 文库评价序列的拼接载体去除嵌合子去除BLAST比对RDP归类系统发育树构建序列提交 文库评价 文库评价 主要是指对构建的克隆文库中酶切的克隆子个数是否能够代表整个环境绝大多数微生物类群 以及如何科学性的进行选择酶切克隆子数 酶切克隆子个数选择策略 单文库 每次以100个克隆为基数进行酶切 切完后对库中只出现一次的条带进行统计 简单计算其所占比重 覆盖率达到80 左右即可 多文库 每次以50个克隆为基数进行酶切 分别进行计算覆盖率 其中任何一个达到60 左右即可 例 单个文库 可以尽量的选择到曲线变的平滑阶段 例 多个文库 对比性的去取 其中任何一个样品若出现有变得缓慢即可停止 稀有度曲线分析 采用EstimateS8 0软件进行稀有度分析 http viceroy eeb uconn edu estimateS 软件使用如下 数据录入 文库名称 OTUs数 首行为总个数 酶切的克隆个数 首行写总个数 次行从1开始按自然数排列 格式行 此行全部为写为1 格式行 此行全部为写为 1 表示结束 软件操作 结果 稀有度曲线制作 以individuals为横坐标 Sobs为纵坐标在Excel中作曲线 稀有度曲线 序列拼接 序列拼接 是指测序反应将一个长度大于1000bp的序列分别于两端进行测序所得的两个序列进行拼接在一起 使用软件contig 软件操作 测序返回的结果 ab1格式的文件是指带有测序峰图的序列文件 序列拼接首选该文件 载体去除 由于测序常常使用的是载体上的序列 因此需要将所测序的结果进行去载体 载体的去除 使用NCBI数据库中的sequenceanalysis中的vecscreen http www ncbi nlm nih gov 载体去除 嵌合子剔除 运用CHECK CHIMERA http wdcm nig ac jp RDP cg
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