化学信息文献检索方法.doc

化学信息学的文献检索总结化学信息学是化学领域中近几年发展起来的一个新的分支，是建立在多学科基础上的交叉学科，利用计算机技术和计算机网络技术，对化学信息进行表示，管理，分析，模拟和传播，以实现化学信息的提取，转化与共享，揭示化学信息的实质与内在联系，促进化学学科的知识创新。化学信息学的发展给化学的发展带来很大的影响，大大的减少信息传递的时间，和因为信息传递过慢而导致的再次研发而浪费人力和物力。1.化学信息学简介：化学信息学是一门应用信息学方法来解决化学问题的学科。20世纪中后期，伴随着计算机技术的发展，化学家开始意识到，多年来所积累的大量信息，只有通过计算机技术才能让科学界容易获得和处理，换言之，这些信息必须通过数据库的形式存在，才能为科学界所用。这一新领域出现以后，没有一个恰当的名称。活跃在这个领域的化学家总是说他们在“化学信息”领域工作。然而，因为这一名称难以将处理化学文献的工作和发展计算机方法来处理化学信息的研究分别开来。所以，一些化学家就称之为“计算机化学”，以强调采用计算机技术来处理化学信息工作的重要性。但是，这个名称容易与理论化学计算，即“计算化学”混淆。1973年，由NATO高级研究所夏季学校在荷兰Noordwijkerhout举办的一次研讨班，首次将在在不同化学领域工作，但都是采用计算机方法处理化学信息，或是用计算机技术从化学数据中获取知识的科学家集中在一起。这次研讨班的名称就定为“化学信息学的计算机表征与处理”。参加这次会议的科学家主要从事化学结构数据库，计算机辅助有机合成设计，光谱信息分析和化学计量学等方面的研究，或者开发分子模拟软件。研讨班期间，这些化学家意识到，一个新的研究领域已经形成，而且，它隐含在化学各分支之间。从那之后，应用于解决化学问题的计算机科学和信息学方法悄然进入了化学的各个领域。2.化学信息学中常用的查询工具：（1）了解、熟知国内外的重要信息源与信息检索工具。（2）学习使用上述重要信息源检索使用方法。 （3）检索工具书，如各种手册、检索刊物、字典、数据手册等。（4）光盘数据库。 （5）联机数据库。 （6）主页（WWW）信息。3.查找文献资料的方法：1了解文献类型化学属于自然科学，其文献属于科技文献，按科技文献的来源又可可划分为：（1）一次文献（Primary Document）。是著作者根据自己在实际的科技工作中取得的成果所撰写或创作的文献，包括期刊文献、会议文献、专利说明书、科技报告、学位论文等，常称为原始文献，又叫做参考工具书。（2）二次文献（Secondary Document）。 二次文献是对一次文献进行加工、整理后的产物。主要用于管理和利用一次文献，如各种书目、索引、题录、文摘等，为读者查找文献资料提供路径，又叫做检索工具书。（3）三次文献（Tertiary Document）。三次文献是指利用二次文献，选用一次文献的内容而编纂出的成果。例如，各种词典、手册、年鉴、百科全书。各种图书、综述、评论、专题报告等。从三次文献中可以大致了解某一文献资料的总体情况。2了解英文科技文献（1）图书。具有著者、书名、出版地、出版社、出版年代等信息。（2）期刊。具有期刊名、期刊年、卷、期，甚至文献所在的页码等信息。（3）会议文献。有会议记录或第几届会议、会议的举办者、举办地等信息。（4）科技报告。一般标有报告号，例如，美国政府工作报告、AD报告。NASA报告等。（5）学位论文。一般标明有Thesis或Dissertation等字样，并标有学位论文名称、颁发学位的单位及学位授予时间等信息。（6）专利文献。具有专利号，包括专利国别代码、专利文献出版时间等信息。3掌握基本检索方法（1）关键词检索：全篇文献中所有有实义的词均可作为检索词。（2）主题词检索：通过严格规定的主题词或叙词进行检索。（3）题名检索：只在文献的标题中进行主题词或关键词的检索。（4）责任者检索：通过编著者索引进行检索。（5）时间检索；根据文献的出版年代进行检索。4掌握论文后参考文献著录格式（1）论文中参考文献的标著；正文中指明了引文作者，序号放在著者姓名的右上角。正文中没有指明引文作者，序号放在引文的右上角。参考文献是正文文句的组成部分，序号不作为角号，而直接跟在文后。正文中同时引用两篇以上的文献，各文献间可用“，”相隔，或用“”相连。（2）参考文献的著录格式：图书作者1、作者2、书名、出版地、出版者、出版年、引用页码。期刊作者、篇名、刊名、出版年、卷（期）、引用页码。报纸作者、篇名、报纸名称、出版年月日（版次）。学位论文作者、篇名、学位论文出版地、出版者、出版年、引用页码。4.化学信息的检索方式1. 复合检索2. 化学物质索引3. 简单检索4. 分子式索引5. 其他检索5.检索的出发点：1. 这个概念是如何提出来的？ 2. 对于某个问题后来有没有勘误和修正说明？ 3. 还有谁在从事这方面的研究？ 4. 创始于这个研究机构的某项研究工作有没有研究论文发表？ 5. 这个理论或概念有没有应用到新的领域中去？ 6. 这个研究人员写过哪些论文并发表在该领域的权威性刊物里？ 7. 这个研究机构或大学最近发表了哪些文章？6. 化学中常用到中英文数据库以及常见的中英文化学类期刊1.化合物毒性相关数据库Toxnet/2毒性物质与健康和环境数据库/efdb/TSCATS.htm3.急性毒性数据库/data/acute/acute.html4.SpectraOnline,Galact/SpectraOnline/Default_ie.htm5.药物使用指南,USPDI/medlineplus/druginformation.html6。美国常用药物索引库RxList/7.有机化合物光谱资料库系统http:/www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/menu-e.html8.NIST的ChemistryWebBook/chemistry/9.化合物基本物性库10.化学物质热力学数据/databases/key1.html11.溶剂数据库SOLV-DB/solvdb.htm12.三维结构数据库NCI-3D/nci3d/13.有机合成手册数据库/14.BeilsteinAbstracts/databases/belabs15.有机合成文献综述数据库/.als/info/index.html16.预测LogP和LogW/17.物性、质谱、晶体结构数据库http:/factrio.jst.go.jp/18.网上光谱资料库/SpectraOnline/Default_ie.htm19.中国科学院学位论文数据库/cgrs全球实用化学期刊和数据库网址资源名称：AIChE（美国化学工程师协会）资源地址：/获取途径：部分资源可免费查阅资源名称：AmericanChemicalSociety（美国化学学会网站）资源地址：/获取途径：大部分资源可免费查阅，34种期刊（/about.html）全部免费阅览全文。精选网络化学资源之一常用资源A.元素周期表WebElements-/B.化合物性质(MSDS)ChemFinder服务/化学专家站点/ccd/power/index.shtml化学快查站点/scripts/main.aspVermont安全信息资源公司/msds/index.htmlCornell大学/msdssrch.aspMSDS查找/C.光谱学数据和有机化合物的查找NIMC站点http:/www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/menu-e.html化学专家站点ChemExperChem.Directory/ccd/power/index.shtmlNIST站点/chemistry/银河网/spconline/有机化学数据库/chemistry/cmp/cmp.htmlD.家庭教师索引/tutorial.htm#tutorialE.化学练习题/Malone3.one_site/Malone.htmF.化学教育期刊索引（JCE）/Journal/Search/index.htmlG.搜索引擎Google-AltaVista-/Fast-Hotbot-/Ixquick-/Dog-pile-/H.化学关键词查找期刊摘要/(freeregistration,gotodatabases)精选网络化学资源之二化学物质的性质A.元素周期表1.WebElements-/2.其他有图表的元素周期表a./viselements/pages/periodic_table.htmlb. /periodic/periodic.html c. http:/www.schoolscience.co.uk/periodictable.html d. /yogi/periodic/ e. /Chemicool/ 3. Mendeleev表 - /giunta/mendeleev.html 4. 同位素知识 /education/isotopes.htm /CoN/index.html 08/periodic/isotopes.html B. 化合物 o 1. MSDS的化合物性质 a.ChemFinder服务 / b.化学专家 /ccd/power/index.shtml c.化学快查 - /scripts/main.asp d.化学飞速 - /efdb/Chemfate.htm e.Chemidplus - /chemidplus/ 2. 化学目录(包括部分性质) - a. Aldrich, Sigma, Fluka (now with MSDS) - /3. MSDS的化学目录 - a. Arcos and Fisher - / b. JT Baker (&Mallinckrodt) - 4. MSDS 的材料安全数据表 a. MSDS在线? / b.牛津大学 http:/physchem.ox.ac.uk:80/MSDS/ c. Directory of MSDS compilations, University of Kentucky - UmZEmuch.NetIkNeWFuZ2Rvbmd5dQ=FQG /msds/index.html d. MSDS 搜索引擎 Vermont 安全信息资源公司 /msds/index.html Cornell大学 /msdssrch.asp MSDS搜索 - / e. http:/www.liv.ac.uk/Chemistry/Links/refmsds.html 5. 查找有机化合物的性质 a. 有机化学数据库 /chemistry/cmp/cmp.html b. 点击强力搜索 at: /ccd/power/index.shtml c. 银河 - /spconline/ d. NIMC站点 http:/www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/menu-e.html 6. 化学物质的应用 a. ChemExpo Commercial Chemical Profiles? /news/profile.cfm#menu b. 化学与化工 7. 有机物的溶解性 http:/virtual.yosemite.cc.ca.us/smurov/orgsoltab.htm /solvdb.htm /Data%20/Table_26.html 8. 毒性 /ngispgm3/iris/index.html /pubs/factsheets/toxnetfs.html / 9. 环境保护基金会的化学物质“计分表” /chemical-profiles/ 10. 光谱和热力学性质 NIST站点的红外、质谱和热力学数据 /chemistry/ NIMC站点的核磁共振、红外和质谱数据 http:/www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/menu-e.html 银河 /spconline/ 红外谱图 /dls/ir/ 11. 酸碱的浓度、缓冲性质和平衡常数 6/oliver/chemdata/12. 全美环境计划(UNEP) 一个有关安全使用化学品的站点 http:/irptc.unep.ch/ 7.量子点在生物化学中的应用： 打开河南农业大学图书馆，进入维普数据库，主题搜索：量子点 生物化学。得到有关文献。摘 要： 概述量子点的光谱特征、 表面修饰方式及其应用进展。 关键词： 量子点； 生物化学分析； 荧光探针。参考文献： 1 李鸿梅， 刘含智， 张皓， 等 量子点荧光标记在重组噬菌体 表面展示肽与胰岛素受体相互作用中的应用 J 高等学。8.小结 ：随着化学信息学的不断发展和成熟， 特别是计 算机技术在这领域的广泛应用， 化学已由只实验不 计算， 演变为先实验再计算， 也必将逐步演变为先计 算再实验； 计算机化学和计算化学的结合已开始孕育一个新的更带数字化色彩的学科方向模型化 学。 通过对某些传统概念的重新评估、 更新和非经验化， 开发一系列综合性的数字化工具， 来实现由未知化合物的光谱性质确定其分子结构； 通过对分子结构进行系统化的规律性变化， 研究并找出性质与结构之间的相互关系模型， 用于结构修饰和分子设计，高效地预测具有某种关健性质的分子结构， 使得合成更有明确的目的性； 将理论化学方法、 数据库技术与合成设计紧密结合， 建立高效的反应知识检索系统， 寻找预测反应性能的可靠方法， 最终建成实用的计算机辅助合成设计系统。数字化新世纪的化学不仅要靠“湿”实验室来发展， 同时也要依赖于“干”实验室。所谓“干”化学实验室就是指数字化虚拟化学 实验室。“干”、“湿”相结合才能更高效地孕育出新的化学实体 ， 才能促进化学由实验科学向严密科学转化， 才能大大提高化学非凡的创造力。化学信息学