《生物信息学资源》PPT课件.ppt

1 生物信息学Bioinformatics 2 Questions 下列数据库分别是什么类型的数据库 GenBank PIR DDBJ SWISS PROT PDB EMBL TrEMBL MMDB 3 4 第三章生物信息学数据库资源 数据库查询 5 GenBankhttp www ncbi nlm nih gov 6 7 8 PubMed的特点收录的文献多 大部分与生命科学相关自动词语匹配链接点多 部分在网上免费获得全文也可以直接定购原文 9 二 检索规则 10 二 检索规则 11 12 13 14 复杂检索 限制字段类别常用的有 Author BaoYM au Title stress ti Tilte Abstract stress title abstract Date 1999 2009 dp 15 复杂检索 布尔逻辑运算 AND OR NOT必须大写 逻辑符的运算次序是从左至右 括号内的检索式可作为一个单元 优先运行 布尔逻辑检索允许在检索词后面附加字段标识例如 rice ti ANDBaoYM au AND2008 2009 dp 16 17 Question1 如何查找由ZhuJ实验室于2005以后发表的 题目中显示关于水稻的文献 18 Question2 如 我要查找BaoYM在Nature或Science上发表的论文1BaoYM au AND Nature Journal ORScience Journal 2BaoYM au ANDNatureORScience Journal 3BaoYM au ANDNature Journal ORScience Journal 4BaoYM au AND NatureORScience Journal 哪一个检索语言是正确的 19 在PubMed页面上选择AdvancedSearch 20 在PubMed页面上选择AdvancedSearch 21 在PubMed页面上选择Limits 22 在PubMed页面上选择Limits 23 期刊检索 24 如何获取GenBank中的序列 25 同样存在限制字段 常用的有 Author BaoYM au title SNARE ti organism rice organism 或者直接输入 Accession AY077725 Accession GeneName ZFP15 GeneName ProteinName ZFP15 ProteinName 如 BaoYM au ANDSNARE ti ANDrice organism 如果没有限定 就是任意字段 如何获取GenBank中的序列 26 27 Question 从小鼠中查找Bao实验室发布的p53蛋白相关的DNA序列 28 29 直接录入注册号查询 30 31 32 查找蛋白质序列 33 查找EST序列 34 查找Structure 35 查找Structure 36 37 38 39 查找Unigene 40 UniGeneisanexperimentalsystemforautomaticallypartitioningGenBanksequencesintoanon redundantsetofgene orientedclusters EachUniGeneclustercontainssequencesthatrepresentauniquegene aswellasrelatedinformationsuchasthetissuetypesinwhichthegenehasbeenexpressedandmaplocation UniGene是非冗余的某个基因的集合 包含了该