药物基因组学相关数据库

药物基因组学数据库 1 Drugbank http www drugbank ca 2 dgidb http dgidb genome wustl edu 3 pharmGKB https www pharmgkb org 4 cancercommon 5 ChEMBL https www ebi ac uk chembldb 6 mycancergenome http www mycancergenome org 7 TTD http bidd nus edu sg group cjttd 8 guidetopharmcology http www guidetopharmacology org 9 clearityfoundation http www clearityfoundation org 10 CIViC https civic genome wustl edu home 11 DoCM http docm genome wustl edu 1 Drugbank 药物和药物靶标资源库 DrugBank 是一个独特的生物信息学 化学信息学资 源 它结合了详细的药物 例如化学制品 数据和综合的药物靶点 即 蛋白 质 信息 该数据库包含了超过 4100 个药物条目 包括超过 800 个 FDA 认 可的小分子和生物技术药物 以及超过 3200 个试验性药物 此外 超过 1 4 万条蛋白质或药物靶序列被链接到这些药物条目 每个 DrugCard 条目包含超 过 80 个数据域 其中一半信息致力于药物 化学制品数据 另一半致力于药物 靶点和蛋白质数据 许多数据域超链接到其他数据库 KEGG PubChem ChEBI Swiss Prot 和 GenBank 和各种结构查看 小应用程序 该数据库是完全可搜索的 支持大量的文本 序列 化学结构和 关系查询搜索 DrugBank 的潜在应用包括模拟药物靶点发现 药物设计 药 物对接或筛选 药物代谢预测 药物相互作用预测和普通药学教育 DrugBank 可以在 http www drugbank ca 使用 广泛应用于计算机辅助 的药物靶标的发现 药物设计 药物分子对接或筛选 药物活性和作用预测等 在查询中 每一种药物对应 1 个 DrugCard 即我们所得到的检索结果 每一个 DrugCard 都包含的数据信息分为药物 靶标和酶三部分 药物信息包括了该药物的 CAS 号 商品名 分子式 分子量 SMILES 2D 和 3D 结构 logP logS pKa 熔点 吸收性 Caco 2 细胞 穿透性 药物类别和临床使用 性质描述 剂型与给药途径 半衰期 体内的 生物转化 毒性 作用于哪些生物体 食物对服用的影响 与其它药物的相互 作用 作用机理 代谢途径 药理学特征 与蛋白质的结合情况 溶解度 物 质形态 同义词 关于合成的相关文献等 还与 ChEBI GenBank PubChem 等外部数据库有链接 靶标的信息包括 ID 名称 靶标基因的名称 蛋白质序列 残基数目 分 子量 等电点 功能和活性 参与的代谢途径和反应 体内分布 靶标信号 跨膜区域 靶标基因序列及其在 GenBank HGNC 等外部数据库中的 ID 和 链接 参考文献 以及在 GenBank 和 Swiss Prot 中的链接 酶的信息包括名称 蛋白质序列 基因名称 在 Swiss Prot 等数据库中 的链接 在 DrugBank 的主界面上 在 Browse 菜单下可以浏览数据库的内容 其中 PharmaBrowse 为用户提供了分类浏览的功能 这为药剂师 医生以及 寻找潜在药物的研究人员提供了方便 在 Search 下拉菜单下 就是 Drug Bank 的 4 类检索方式 ChemQuery 允许用户通过绘制结构图或书写 SMILES 分子式进行结构搜索 在检索过程中还可以对搜索药物类型 分子 量范围 搜索结果相似度 结果数量最大值等进行设置 TextQuery 则为文本 检索功能 文本检索支持逻辑运算符连接及在特定领域内搜索 例如 在 dextromethorphan 中检索混合物 可以键入 mixtures dextromethorphan 即用分号在后面输入领域 同时可以 加入逻辑运算符 例如 在 dextrome thorphan 和 doxylamine 2 个 领域进行检索 可以键入 mixtures dextromethorphan AND mixtures doxylamine SeqSearch 为用户提供了通过序列检索蛋白质的功能 Data Extractor 是 1 个组合检索工具 用户可以对 DrugCard 所包含的信息进行选择性的组合检索 1 Browse 按钮 Drug Browse Category Browse Geno Browse Reaction Browse Pathway Browse Class Browse Target Browse 2 Search 按钮 ChemQuery Structure Search Interax Interaction Search Sequence Search Advanced Search MS Search MS MS Search GC MS Search 1D NMR Search 2D NMR Search 3 其他 Tool 按钮 HMDB T3DB SMPDB FooDB PPT DB CSF Serum Metabolome CCDB YMDB BMDB ECMDB MarkerDB BacMap Ref DB Drug Browse 小分子药物 生物技术药物 显示药物在 DrugBank 中的 ID 药物名称 分子量 化学式 化学结构 药物类型 治疗症状 Drugs 显示 ID 药物名称 治疗疾病 Drugs and Targets 显示 ID 药物名称 作用位点 靶标 靶标类型 总结 可以查找药物名称 分子量 化学式 分子结构 药物所属类型 靶标 靶标类型 治疗疾病 代谢途径等 还可链接到相关网站 较实用 Drug Browse 药名 分子量 化学式 化学结构 药物分类 药效 Geno Browse 药物名称 相互作用的基因 酶 SNP 位点 等位基因名称 碱基变化 副作用 Pathway Browse 可查看代谢通路 Classification Browse 药物分类 Target Browse 查靶标及靶标分类和详细细节 药物分类 药理学等 2 ChEMBL 生物活性药物类小分子数据库 总结 输入分子结构或已知靶标描述或靶标蛋白 每条记录都包括分子的分类 名称 ChEMBI ID 功能 毒性 亚细胞定位 结构 序列 参考文献等 偏向于化学 3 clearityfoundation 关于卵巢癌的公益网站 治疗卵巢癌复发 有关肿瘤分子信息 临床试验 卵巢癌诊断和 治疗分析 新型靶向制剂的临床开发 治疗结果 基本无用 4 DoCM 位点突变数据库 总结 查找染色体 基因 疾病 突变类型 氨基酸 起始位置 参考文献 稍微简单了 点 5 CIViC Search 查找描述 疾病名称 疾病 DOID 药物 PubChem ID 药物名称 证据水平 基因名 PubChem ID 突变位点等查找相关信息 总结 evidence ID 基因 氨基酸变化 描述 病名 药物 evidence level A 经过 验证的 B 临床 C 临床前 D 个体研究 E 推理的 evidence type predictive diagnostic prognostic evidence direction supports dose not support clinical significance sensitivice resistance or non response better outcome poor outcome positive negative varia