Haploview导入数据的格式

精品文档 1欢迎下载 不要 haploview 在线生成的那种 这个我也会 谁能发个从 excel text ped 到 input 的图呢 回复 我做过一些病例对照研究 下面的截图是基本的输入格式 你可以参照一下 回复 精品文档 2欢迎下载 我做过一些病例对照研究 下面的截图是基本的输入格式 你可以参照一下 从 excel 转 换成 text 文本 回复 我做过一些病例对照研究 下面的截图是基本的输入格式 你可以参照一下 回复 精品文档 3欢迎下载 我做过一些病例对照研究 下面的截图是基本的输入格式 你可以参照一下 回复 我做过一些病例对照研究 下面的截图是基本的输入格式 你可以参照一下 回复 缺失的基因型怎么表示 没缺失的怎么表示 Haploview 需要导入数据的格式 linkage 格式 Haploview 的第一个主界面的 linkage 格式需要输入两个文件 点击左 侧的 Linkage Fofmat 就会看到有两个导入文件的地方 一个是 Data 精品文档 4欢迎下载 File 另一个是 Locus Information File 下面详细的介绍一下这两 个数据的格式 我们以 Haploview 自带的数据文件为例 在 haploview 安装的目录下 一般为 C Program Files HaploView 有两个数据文 件 1 sample ped 2 sample info 具体就是 Data File 处导入 sample ped 文件 Locus Information File 处导入 sample info 数据 当然两个文件的扩展名你可以自己随意的起 Haploview 有一个默认关 联 即 如果你的两文件主要名称一样 比如 chrom 扩展名分别为 ped chrom ped 和 info chrom info 则只要导入 ped 文件 haploview 会自动导入 info 文件 下面以 sample ped 和 sample info 为例介绍一下 Data File 和 Locus Information File 需要输入文件格式 一 Data File 需输入文件格式 Data File 处应当导入的文件格式同 sample ped 显示的一样 下面列 出 sample ped 文件 sample ped 文件部分内容 IBD054 430 0 0 1 0 1 3 3 1 4 1 IBD054 412 430 431 2 2 1 3 1 3 4 1 IBD054 431 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1 IBD058 438 0 0 1 0 3 3 3 3 1 1 IBD058 470 438 444 2 2 3 3 3 3 1 1 IBD058 444 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1 IBD069 543 0 0 1 0 3 3 3 3 1 1 IBD069 516 543 513 1 2 3 3 3 3 1 1 IBD069 513 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1 IBD076 573 0 0 1 0 0 0 3 1 4 1 IBD076 565 573 574 1 2 0 0 3 3 1 1 IBD076 574 0 0 2 0 0 0 3 3 1 1 IBD092 1011 0 0 1 0 3 3 3 3 1 1 IBD092 639 1011 641 1 2 3 3 3 3 1 1 在这个文件中 每一行代表一个样本个体 前六列是表头 从第七列 开始每 2 列代表一个 SNP 位点 当然这个 SNP 位点叫什么 在那条染色 体上 Haploview 用另一个文件给出 比如 sample ped 这个文件对应 的 SNP 描述的信息在 sample info 中 有多少个位点后面就是位点数 的 2 倍的列数 sample ped 文件的总列数为 总列数 6 2 位点数 精品文档 5欢迎下载 下面具体解释一下每一列 1 第一列 代表的是家系的 ID 如果你做的是家系的研究 那么你的数 据家系的编号应该放到第一位 如果你分析的是无关个体 则第一列 不能用同一个 ID 建议用自然序号 1 2 3 来替代 2 第二列表示个体的 ID 就是你研究的所有个体的编号 在同一个家系 内不可以重复 不同的家系间可以重复 如果做无关个体的研究则每 个个体的编号不能重复 3 第三列和第四列代表同第二列个体之间的家系关系 第三列代表父亲 的 ID 第四列代表母亲的 ID 如果个体的父亲 母亲中某一个没有测 到样本的话 则标记为 0 如果你做无关个体的研究 则第三列 第四 列都赋值为 0 例 一个核心家系的数据 来自于 sample ped 文件的前三行 IBD054 430 0 0 1 0 1 3 3 1 4 1 IBD054 412 430 431 2 2 1 3 1 3 4 1 IBD054 431 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1 表示家系编号为 IBD054 这个家系中有三个个体 430 412 和 431 第 一个个体 430 的父亲的信息没有检测到 所以第一行第三列用 0 表示 他的母亲的信息也没测到 所以第一行第四列用 0 表示 第二个个体 412 的父亲为 430 母亲为 431 所以第二行第三列为 430 第二行第 四列为 431 第三个个体 431 的父亲的信息没有检测到 所以第三行 第三列用 0 表示 他的母亲的信息也没测到 所以第三行第四列用 0 表示 4 第五列表示对应第二列个体的性别信息 1 代表男性 2 代表女性 5 第六列表示第二列个体的患病状态 0 表示疾病状态未知 1 表示个体 未患病 2 代表个体患病 6 第七列以后 每两列代表一个 SNP 位点 由于是二倍体 所以同一个位 置有两个值 1 代表碱基 A 2 代表碱基 C 3 代表碱基 G 4 代表碱基 T 缺失数据用 0 表示 当然你也不用这个编码 可以自己任意的定 义 比如每个位点都是二态的 就可以用 1 2 分别代表该位点的 2 个 精品文档 6欢迎下载 等位 但需要用额外的文件记录好你每个位点 1 代表什么 2 代表什么 实例详解 IBD054 430 0 0 1 0 1 3 3 1 4 1 IBD054 412 430 431 2 2 1 3 1 3 4 1 IBD054 431 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1 总的来说 以上面三行数据为例 第一行 表示 个体 430 是 IBD054 中的一个个体 父亲未知 母亲未知 是个男性 疾病状态未知 第 一个 SNP 位点的两个等位为 1 3 也可以写为 3 1 第二个 SNP 位 点的两个等位为 3 1 也可以写为 1 3 第三个 SNP 位点的两个等位 为 4 1 也可以写为 1 4 第二行 表示 个体 412 是 IBD054 中的 一个个体 父亲是 439 母亲是 431 是个女性 疾病状态为患病个体 第一个 SNP 位点的两个等位为 1 3 第二个 SNP 位点的两个等位为 1 3 第三个 SNP 位点的两个等位为 4 1 这样 就得到了每个个体的详细的 SNP 等位的信息 但是我们仍然不 知道每个 SNP 位点在染色体的什么位置 这就需要另外一个专门描述 信息的文件 sample info 也就是 Locus Information File 需要输入 文件格式 二 Locus Information File 需要输入文件格式 Locus Information File 处应当导入的文件格式同 sample info 显示 的一样 下面列出 sample ped 文件 IGR1118a 1 274044 IGR1119a 1 274541 IGR1143a 1 286593 IGR1144a 1 287261 IGR1169a 2 299755 IGR1218a 2 324341 IGR1219a 2 324379 IGR1286a 1 358048 TSC0101718 366811 IGR1373a 1 395079 精品文档 7欢迎下载 这个文件包含两列 第一列为 SNP 的名字 第二列为 SNP 的物理位置 bp 很多情况下我们使用的 SNP 的名字为 dbSNP 中的名字 是用 rs 表示的 因此第一列很多情况下 rs 开头的名称 第二列一般都是 从小到大的 这个文件的行数必须和 sample ped 文件中的第七列以后 的 SNP 数目相同 并且一一对应 千万不能错 下面再展示一个以 rs 开头的文件 rs13434344 274044 rs234524345 274541 rs24552352 286593 rs245435545 287261 rs534534534 299755 rs5345345345 324341 rs6456454555 324379 有了这两个文件 我们就可以知道每个个体的 家系情况 性别 患 病情况 测量了那些 SNP 位点 SNP 名和染色体上的物理位置 还有每 个 SNP 位置的同源染色提上的 2 个等位的详细信息 可以利用这些基 本的信息进行后续的分析 第 1 步 制备基因型的文档 我用的是 EXCEL 如图 从左至右依次为 pedigree sample name individual ID Father s ID Mother s ID sex M 1 F 2 Affection status 0 UNKNOWN 1 UNAFFECTED 2 AFFECTED 然后是每个 SNP 的基因型 第 2 步 由于软件无法识别 ATCG 需要将其转化一下 一般为 A 1 C 2 G 3 T 4 I 1 D 2 分 别为 insertion and deletion 直接 CTRL H 就行了 无基因型的以 0 0 表示 注意 两数字中间有一个空格 4 2 以上的 版本可以识别 ATCG 滴 不需要分成 2 列吗 第 3 步 制备样品 LOCUS 的位置文档 也就是以第一个 SNP 为 1 第 2 个 SNP 与第 1 个相差 N 个 bp N 两个 SNP 的 position 之差 制备成如下的表格 postion 可以用 BLAST 得到其物 理地址 此图 A 列为 SNP ID B 列为相对位置 注意 只有 2 列 一个为 SNP 一个为 locus 精品文档 8欢迎下载 然后将制备好的表格另存为 txt 注意 两文档必须是一一对应的 也就是 SNP 的数目要一致 然后分别上传 第一个文档至 DATA FILE 完成 你不光会得到图 还会得到其它信息 你也可以根据一些设置调整图的算法或色彩 以下是一些步骤图片 第一步示意图 不要表头的 第二步示意图 4 2 版本滴就不需要转换了 第三步示意图 只有 2 列 这个 SNP 的 locus 可以用相对距离 也可以用绝对 距离 精品文档 9欢迎下载 第四步示意图 精品文档 10欢迎下载 第五步示意图 看到有朋友发了利用 HAPMAP 制备 HAPLOVIEW 分析 我顺便发一下 如何利用试验获得的数据制备 HAPLOVIEW 请大家讨论 第 1 步 制备基因型的文档 我用的是 EXCEL 如图 从左至右依次为 pedigree sample name individual 精品文档 11欢迎下载 ID Father s ID Mother s ID sex M 1 F 2 Affection status 0 UNKNOWN 1 UNAFFECTED 2 AFFECTED 然后是每个 SNP 的基因型 投票 14 收藏 146 回帖 85 浏览 7675 向左向右 推荐帖 prevnext 求助 什么叫基因单倍型 如何分析 是不是太弱了 求助 haploview 数据输入 资源 SNP 单体型分析软件 PHASE 和 fastPHASE 免费下载地址 求助 如何将实验中所得的 SNP 数据用 Haploview 进行分析 求助 关于挑选 tag snps 和分析单体型前先做 LD 分析的困惑 求助 求助 高手指点 haploview 结果分析 求助 分别使用 SHEsis 和 haploview 分别单体型结果怎么不一致 求助 haploview 单倍型分析后怎么做 case control 求助 haploview 和 hapstat 分析单倍型的疑惑 求助 关于 haploview LD 结果的问题 draco603 edited on 2009 11 24 02 17 举报 精品文档 12欢迎下载 draco603 常驻站友 3 积分 26 得票 45 粉丝 加关注 2009 11 24 02 02 回复 资源分享 图解用试验数据进 消息 引用 分享 2 楼 第 2 步 由于软件无法识别 ATCG 需要将其转化一下 一般为 A 1 C 2 G 3 T 4 I 1 D 2 分别为 insertion and deletion 直接 CTRL H 就行了 无基因型的以 0 0 表示 注意 两数字中间有一个空格 查看原图 投票 2 收藏 4 举报 承德医学院真火了 draco603 常驻站友 3 2009 11 24 02 05 回复 资源分享 图解用试验数据进 消息 引用 分享 3 楼 第 3 步 制备样品 LOCUS 的位置文档 也就是以第一个