Solexa细菌转录组测序合作协议-标准合同

合同编号 合同编号 S CQ FJ 02 技术开发 委托 合同技术开发 委托 合同 项目名称 细菌转录组测序服务协议书项目名称 细菌转录组测序服务协议书 委托方 甲方 委托方 甲方 重庆大学生命科学院重庆大学生命科学院 受托方 乙方 上海翰宇生物科技有限公司受托方 乙方 上海翰宇生物科技有限公司 签订时间 签订时间 2013 年年 9 月月 签订地点 重庆签订地点 重庆 2 上海翰宇生物科技有限公司 Shanghai Hanyubiotech Co Ltd 地址 上海市浦东新区张江高科蔡伦路 103 号 A1 座 2 楼 2rd Floor A1Building No 103 Cai Lun Rd 电话 86 021 传真 86 21 E mail zhengyan 填 写 说 明 一 本合同为中华人民共和国科学技术部印制的技术开发 委 托 合同示范文本 各技术合同登记机构可推介技术合同 当事人参照使用 二 本合同书适用于一方当事人委托另一方当事人进行新技术 新产品 新工艺 新材料或者新品种及其系统的研究开 发所订立的技术开发合同 三 签约一方为多个当事人的 可按各自在合同关系中的作用 等 在 委托方 受托方 项下 增页 分别排列为共 同委托人或共同受托人 四 本合同书未尽事项 可由当事人附页另行约定 并可作为 本合同的组成部分 五 当事人使用本合同书时约定无需填写的条款 应在该条款 处注明 无 等字样 3 上海翰宇生物科技有限公司 Shanghai Hanyubiotech Co Ltd 地址 上海市浦东新区张江高科蔡伦路 103 号 A1 座 2 楼 2rd Floor A1Building No 103 Cai Lun Rd 电话 86 021 传真 86 21 E mail zhengyan 合同编号 S CQ FJ 02 根据 中华人民共和国合同法 的规定 合同双方就 2 个 青枯菌 样品转 录组测序分析进行专项技术服务 并支付相应的技术服务报酬 经协商一致 签定本合同 第一条 本合同合作研究开发项目的要求如下 1 技术目标 1 测序机型 Illumina Hiseq2000 2 完成 2 个样品转录组测序 请详细认真填写样品信息表 3 每个样品完成 1 个 cDNA 文库的构建 默认为 PE300 文库 共 2 个测序 文库的构建 原始数据测序质量 Q20 85 4 完成每个样本 1 G 的测序量 共 2 G 数据总量 对应合同对应合同样品类型样品类型备注备注 Solexa 细菌转细菌转 录组测序合同录组测序合同 1 总 RNA 2 菌液 3 cDNA 排列顺序为推荐优先级 2 技术方法和路线 1 基因组测序样品制备 2 上机测序 3 信息分析 转录组生物信息分析内容转录组生物信息分析内容 客户根据自己的需求选择具体的生物信息分析内容 合同编号 S CQ FJ 02 联系客户周大祥 项目类型 转录组 测序机型 Illumina HiSeq 样品物种来源 青枯菌 项目信 息 合同测序量 每个样品测 1G 数据 两个样品共测 2G 数据 4 上海翰宇生物科技有限公司 Shanghai Hanyubiotech Co Ltd 地址 上海市浦东新区张江高科蔡伦路 103 号 A1 座 2 楼 2rd Floor A1Building No 103 Cai Lun Rd 电话 86 021 传真 86 21 E mail zhengyan 默认数据库 NR Swiss Port CDD KEGG 如有特殊要求 请明确指出 附注 附注 1 聚类图分析的样本 聚类图分析的样本 客户是否提供参考基因组 是 否 附加信息 提供 参考基因组信息 分析内分析内 容容 无参无参 考基因考基因 组组 请根据需要选择 打钩 请根据需要选择 打钩 备注备注 1 对原始数据进行去除接头 污染序列及低质量 reads 的处理 2 数据产出统计及测序数据的成分和质量评估 3 组装结果分析 Contig 长度分布 Unigene 长度分布 4 样本混合拼装 5 样本分开拼装 两种拼装方法选其一 免费 标准信标准信 息分析息分析 6 Unigene 功能注释 7 Unigene 的 GO 分类 8 Unigene 的 KOG 分类 9 Unigene 代谢通路分析 功能注释 需要比对 NR swiss prot Go KEGG 数 据库 高级信高级信 息分析息分析 10 Unigene 表达差异分析 两个或两个以上的样本 11 Unigene 在样品间的差异 GO 分类 需两个或两个以上 样品 和 Pathway 富集性分析 12 聚类图 13 可变剪接 客户需确 认哪些样 本之间做 聚类图 生物信 息分析列 表 定制化定制化 信息分信息分 析析 SNP 分析 预测新转录本 基于标准 信息分析 差异比较 顺序 聚类图样 本 备注 5 上海翰宇生物科技有限公司 Shanghai Hanyubiotech Co Ltd 地址 上海市浦东新区张江高科蔡伦路 103 号 A1 座 2 楼 2rd Floor A1Building No 103 Cai Lun Rd 电话 86 021 传真 86 21 E mail zhengyan 2 差异表达分析信息表差异表达分析信息表 必填必填 样品名称 比较顺序 备注 致病性青枯菌A 无致病性青枯菌B 填写说明 填写说明 请将需要比较的样品名称 比较先后顺序进行说明 例如填写 A B 则比较顺序为 A 样品在前 B 样品在后 而如果是 B A 则比较顺序为 B 样品在前 A 样品在后 目前我们支持同一组别比较样品数目为 2 如果是需要 A B C 3 组样品之间比较 则需拆分为 A B B C A C 这种形式来分析 请标明那组样品为基准 第二条 乙方应在本合同生效后 5 个工作日内向甲方提交研究开发计划 研究开发计 划应包括以下主要内容 乙方首先对甲方提供的 2 个 RNA 样品进行检测 检测合格后根据制定方案进行大规 模测序 完成测序后对数据进行相应的生物信息分析工作 第三条 乙方应按下列进度完成研究开发工作 1 乙方在收到甲方样品及相关信息单 附件一 后开始样品检测 2 乙方在样品检测合格 预付款到位后的 40 个工作日内完成全部测序及测序数据的 处理工作并向甲方提供项目完成报告 3 乙方在项目尾款到位后 5 个工作日内向甲方提供项目所有原始测序数据和分析结果 4 若在测序或数据处理中遇到技术障碍 乙方应与甲方及时沟通 双方沟通时间应从 本条第 2 点中的 40 个工作日中扣除 第四条 甲方应向乙方提供的技术资料及协作事项如下 1 技术资料清单 1 提供 RNA 样品相关的文献资料 详细填写转录组测序 RNA 样品信息表 2 提供合格的 RNA 样品 样品要求详见转录组测序样品要求 2 提供时间和方式 本合同签订后 5 个工作日内 甲方以书面 电子邮件或其它形式 提供上述技术资料 3 其它协作事项 无 第五条 甲方应按以下方式支付研究开发经费和报酬 1 研究开发经费和报酬总额为人民币贰万圆整 20 000 00 按照每样品人民币壹万圆 10 000 00 收取 信息分析费用为每样品人民币包含其 中 6 上海翰宇生物科技有限公司 Shanghai Hanyubiotech Co Ltd 地址 上海市浦东新区张江高科蔡伦路 103 号 A1 座 2 楼 2rd Floor A1Building No 103 Cai Lun Rd 电话 86 021 传真 86 21 E mail zhengyan 其中 1 包含 RNA 提取费用 2 无 2 研究开发经费由甲方分期支付乙方 具体支付方式和时间如下 1 合同生效后 5 个工作日内 甲方把相当于协议金额的 80 预付款人民币壹万 陆仟圆整 16 000 00 转入乙方帐户 2 乙方完成全部数据分析后 向甲方提交项目结题报告 甲方在认可乙方项目 结题报告后 5 个工作日内把项目余款人民币肆仟圆整 4 000 00 转入乙方 帐户 届时乙方将所有测序数据和分析报告提交给甲方 3 若经多次检验 甲方样品达不到乙方要求而导致项目终止 甲方应支付样品 检测费用人民币贰佰圆整 200 00 样本 次 第六条 本合同的变更必须由双方协商一致 并以书面形式确定 但有下列情形之 一的 一方可以向另一方提出变更合同权利与义务的请求 另一方应当在 5 个工作日内予 以答复 逾期未予答复的 视为同意 1 甲方提供的工作条件 样品等不符合乙方要求 但甲方坚持要求履行合同 2 乙方因不可克服的技术障碍导致合同无法正常履行 第七条 未经甲方同意 乙方不得将本合同项目部分或全部研究开发工作转让第三方 承担 但有下列情况之一的 乙方可以在通知甲方后 将本合同项目部分或全部研究开发 工作转让第三方承担 1 乙方完成工作项目需要使用关联公司的技术时 2 乙方完成工作项目遇到不可克服的技术障碍时 第八条 在本合同履行中 因出现在现有技术水平和条件下难以克服的技术困难 导致研究开发失败或部分失败 双方可协商后终止项目 按照乙方实际已完成的工作量 支付乙方研发费用 一方发现技术风险并有可能致使研究开发失败或部分失败的情形时 应当在5 个 工作日内通知其它合作方并采取适当措施减少损失 逾期未通知并未采取适当措施而致 使损失扩大的 应当就扩大的损失承担赔偿责任 合作各方确定 书面确认的方式认定 认定技术风险的基本内容应当包括技术风险 的存在 范围 程度及损失大小等 认定技术风险的基本条件是 1 本合同项目在现有技术水平条件下具有足够的难度 2 乙方在主观上无过错 第九条 在本合同履行过程中 因作为研究开发的技术已经由他人公开 包括以专利 权方式公开 合作一方或多方应在 5 个工作日内通知其它合作方解除合同 逾期未通知并 致使其它合作方产生损失的 其它合作方有权要求予以赔偿 因为前款原因解除合同时 甲方应按照乙方实际发生的工作量支付费用 甲方不得以 作为研究开发的技术已经公开为由而拒绝支付服务费用 第十条 双方确定因履行本合同应遵守的保密义务如下 7 上海翰宇生物科技有限公司 Shanghai Hanyubiotech Co Ltd 地址 上海市浦东新区张江高科蔡伦路 103 号 A1 座 2 楼 2rd Floor A1Building No 103 Cai Lun Rd 电话 86 021 传真 86 21 E mail zhengyan 甲方 1 保密内容 包括技术信息和经营信息 该项目中涉及乙方技术机密的原始资料 技术路线 相关技术成本等 2 涉密人员范围 全部参与该项目人员 乙方 1 保密内容 包括技术信息和经营信息 该项目相关原始资料 样品 实验数据及 涉及甲方机密资料等 2 涉密人员范围 全部参与该项目人员 第十一条 乙方应当保证其交付给甲方的研究开发成果不侵犯任何第三方的合法权益 如发生第三方指控甲方实施的技术侵权的 乙方应当承担全部侵权责任 乙方的检测结果根据甲方提供的材料及样品做出 对甲方提供的材料及样本来源不承 担任何审查义务及法律责任 如因甲方提供的材料及样本导致乙方面对任何索赔 指控时 甲方应承担相应的法律责任 第十二条 双方确定 基于履行本合同 不论是单方独立完成或双方合作完成的与合 作项目有关的阶段性 最终科研成果及相关知识产权权利归属 按以下方式处理 甲方单 独所有 乙方对数据的发布和使用必须得到甲方的同意 第十三条 违约责任 双方确定 任何一方违反本合同约定 造成研究开发工作停滞 延误或失败的 按以下约定承担违约责任 1 甲方违反本合同第 无 条约定 应当 无 支付违约金或损失赔偿额的计算方法 2 乙方违反本合同第 无 条约定 应当 无 支付违约金或损失赔偿额的计算方法 第十四条 双方确定 在本合同有效期内 甲方指定周大祥为甲方项目联系人 乙方 指定何玮为乙方项目联系人 项目联系人承担以下责任 1 依据本合同约定内容推动双方正常履行合同 2 对该合同各条款相关事宜及时进行沟通 一方变更项目联系人的 应当及时以书面形式通知另一方 未及时通知并影响本合同 履行或造成损失的 应承担相应的责任 第十五条 双方确定 出现下列情形 致使本合同的履行成为不必要或不可能的 一 方可以通知另一方解除本合同 1 因发生不可抗力或技术风险 2 因对方违约使合同不能继续履行或没有必要继续履行 第十六条 双方因履行本合同而发生的争议 应协商 调解解决 协商 调解不成的 8 上海翰宇生物科技有限公司 Shanghai Hanyubiotech Co Ltd 地址 上海市浦东新区张江高科蔡伦路 103 号 A1 座 2 楼 2rd Floor A1Building No 103 Cai Lun Rd 电话 86 021 传真 86 21 E mail zhengyan 确定按以下第 种方式处理 1 提交 仲裁委员会仲裁 2 依法向乙方所在地人民法院起诉 第十七条 双方确定 本合同及相关附件中所涉及的有关名词和技术术语 其定义和 解释如下 Illumina 测序 利用单分子阵列测试 genotyping 此种测序方法首先提取样品总 RNA 然后经过反转录等一系列处理后形成 cDNA 片段 再将接头连接到片段上 经 PCR 扩增后制成 Library 随后在含有接头的芯片 flow cell 上将已连接了接头的 DNA 片段结合在 flow cell 上 经反应 将不同片段扩增 在下一步反应中 四种荧光标记的染 料应用边合成边测序 Sequencing By Synthesis 的原理 在每个循环过程里 荧光标记的 核苷和聚合酶被加入到单分子阵列中 互补的核苷与核苷酸片段的第一个碱基配对 通过 酶的作用引物开始延伸 多余的核苷被除去 这样每个单链 DNA 分子通过互补碱基的配 对被延伸 利用生物发光蛋白 比如萤火虫的荧光素酶 可通过碱基加到引物后端时所释 放出的焦磷酸盐来提供检测信号 针对每种碱基的特定波长的激光激发结合上的核苷的标 记 这个标记会释放出荧光 荧光信号被 CCD 采集 CCD 快速扫描整个阵列检测特定的 结合到每个片段上的碱基 通过上述的结合 重复几十个循环 这样就可以对核苷酸片段 中几十个碱基的序列进行测定 Q20 Quality Score 20 的意思是 Illumina 测序数据每读取 100 个碱基可能读错的碱基数 是 1 个 第十八条 合作各方约定本合同其它相关事项为 1 数据保存时限 在测序过程中 将产生如下数据 序列文件 fq 和相关生物信息分析结果文件 甲方需自行准备足够空间的存储设备进行数据拷贝 乙方将数据上传至FTP 服务 器供甲方下载 所有 上述序列文件 和相关分析结果文件 将在数据上传至 FTP 后的 1 个 月后删除 2 样品检测和处理 每个样品免费检测 2 次 超出的部分收费标准 人民币贰佰圆整 200 00 样本 次 对于检测不合格的样品 如需保存 甲方应在收到样品检测报