医学文献检索与利用a第2讲pubmed检索-交大医2014版新教材

1 第二讲文摘型生物医学数据库 信息资源中心医学文献检索教研室 2 主讲内容 MEDLINE PubMed检索系统SinoMed中国生物医学文献服务系统EM EMB荷兰医学文摘BA BIOSISPreviews美国生物学文摘 基于OVID ISIWebofKnowledge系统平台 CA SciFinderScholar美国化学文摘CINAHL美国护理学数据库 3 数据库检索AP15 4 一 PubMed数据库简介 PubMed是美国国家医学图书馆 NLM 下属的国家生物技术信息中心 NCBI 开发的 基于WWW的医学数据库查询系统 网址 http www pubmed govhttp www ncbi nlm nih gov pubmed 5 PUBMED免费5000种左右来源期刊 其中英文期刊约占85 2000万余条高质量的文献题录 摘要每日完成来自全球的检索 200万次医学 护理 牙科 兽医 保健 临床前生命科学的期刊全文链接超过3000 种数据更新迅速 每日更新 星期二 星期六 特点 收录范围广 内容全 检索途径多 检索体系完备 可部分获取原文 6 二 通过PubMed可检索如下信息 oldMedlineMEDLINEPreMedline出版商提供的书目信息NCBI其它数据库的相关记录 7 oldMedline 1950 1965年间发表的200多万篇文献没有MeSH字段和摘要记录中用 PubMed OLDMEDLINEforPre1966 标记表示 8 MEDLINE 是美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库 收录1966年以来70多个国家4000种左右生物医学期刊的书目信息和著者文摘 每周更新 每条记录均带有 PubMed IndexedforMEDLINE 标志 9 收集未正式给予MeSH词 出版类型等深度标引信息的一个临时库 NLM每天把最新记录加入到PreMedline库中 每条记录均带有 PubMed inProcess 标志 工作人员在一周内将这些记录标引 然后转入MEDLINE 同时从PreMedline中删去 PreMedline 10 Pre Medline Medline NewData Collect PubMed Process 11 出版商提供的书目信息 出版商提供的是整本期刊的信息 若有部分没有被MEDLINE收录 PubMed仍保存 在记录中做如下标记 PubMed assuppliedbypublisher 12 PubMed建立了与NCBI其他数据库之间联系 它们是双向网络互连的关系 见下页图 NCBI其它数据库的相关记录 13 Affiliation AD ArticleIdentifier AID AllFields ALL Author AU Book book CommentCorrectionsCorporateAuthor CN CreateDate CRDT CompletionDate DCOM EC RNNumber RN Editor ED EntrezDate EDAT Filter FILTER FirstAuthorName 1AU FullAuthorName FAU FullInvestigatorName FIR GrantNumber GR Investigator IR ISBN ISBN Issue IP Journal TA Language LA LastAuthor LASTAU LocationID LID MeSHDate MHDA MeSHMajorTopic MAJR MeSHSubheadings SH MeSHTerms MH ModificationDate LR NLMUniqueID JID OtherTerm OT OwnerPagination PG PersonalNameasSubject PS PharamcologicalAction PA PlaceofPublication PL PMID PMID Publisher PUBN PublicationDate DP PublicationType PT SecondarySourceID SI Subset SB SupplementaryConcept NM TextWords TW Title TI Title Abstract TIAB TransliteratedTitle TT UID PMID Volume VI 三 PubMed记录字段说明 15 四 PubMed基本检索 自由词检索组合检索字段限制检索著者检索刊名检索日期或日期范围检索 截词检索强制检索 16 PubMed基本检索 在检索框中键入一个或多个英文单词 大写或小写均可 点击检索按钮 PubMed系统会自动在主题词表 期刊名表 短语表及作者索引中查询与输入的词相匹配的形式 这就是它特有的 自动词汇匹配功能 自由词检索 17 PubMed对输入检索框中的检索词进行智能化地校对 将其逐步地与其数据库中的各类术语匹配的原则 MeSHTranslationTable主题词注释表 JournalsTranslationTable期刊注释表 CommonPhraseList常用词组表 AuthorIndex作者索引表 NoMapping 检索词拆分AND 自动词汇匹配 18 备注 如果在上述4个表或索引中仍找不到相匹配的词时 PubMed就将短语劈开 再重复以上顺序单独分别查找 直到找到相匹配的词 如果仍找不到匹配词 则用AND将短语中的单个词连接起来在全部字段中查找 例 检索h1n1influenza转换为 h1n1 AllFields AND influenza human MeSHTerms OR influenza AllFields AND human AllFields OR humaninfluenza AllFields OR influenza AllFields 19 PubMed主页 www pubmed gov h1n1influenza 20 21 22 Medline显示格式 23 PubMed基本检索 组合检索 常用的逻辑关系词有AND OR NOT等 逻辑与 AND 检出记录中同时含有检索词A和检索词B 如 AANDB 逻辑非 NOT 在含检索词A的记录中 去掉含检索词B的记录 如 ANOTB 逻辑或 OR 检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献 如 AORB 24 PubMed基本检索 采用字段限制方式进行检索 检索规则 检索词 字段标识 或 检索词组 字段标识 字段限制检索 25 例 查找作者为crick在1993年发表有关DNA方面的文献 检索式 DNA mh ANDcrick au AND1993 dp 26 PubMed基本检索 常用检索字段描述和标识 1 Title ti 篇名字段Abstract ab 摘要字段Affiliation ad 著者地址字段 Authorname au 文章的作者 检索格式 姓 名 如 smithja au Journaltitle ta 期刊名称 如 cell ta Language la 论文出版语种 语种检索时可只输入前3个字母 如 chi la chinese la English lang eng la 比如 检索文章题目中含有高血压的中文文献检索式 hypertension ti ANDchi la 27 例 检索文章题目中含有高血压的中文文献检索式 hypertension ti ANDchi la 28 PubMed基本检索 常用检索字段描述和标识 2 Publicationdate dp 出版日期指论文所在期刊的出版日期日期检索的形式为 YYYY MM DD DP 要检索一段时期内的文章 日期之间可以加冒号 如 1993 01 1995 06 DP Publicationtype pt 出版类型 有综述 新闻 传记 临床试验等 如 review pt MeSHterms mh 主题词字段 如 hypertension mh Subheadings sh 副主题词 与主题词组配检索 29 PubMed基本检索 按照姓氏 空格 名首字母缩写 不用标点 的格式键入作者姓名 如 smithja或jonesk 系统会自动在作者字段内进行检索 姓名第一个字母可用大写也可用小写 姓前名后 姓用全称 名字一般用缩写 考虑到作者姓名的不同形式 PubMed采用自动转换功能进行作者姓名检索 如 smithj将检索成smithja smithjb smithjr等 精确检索 可以用双引号将作者名引起来 再加作者字段限定 AU 如 smithj au 这样可避免PubMed自动转换 实现精确查找 作者姓名检索 30 PubMed基本检索 作者姓名检索按照姓 全写 名 缩写 之间不用标点键入作者姓名 smithj 31 PubMed基本检索 精确检索避免PubMed自动词汇转换 实现精确查找 smithj au 32 PubMed基本检索 在检索框中键入期刊名 如 Europeanjournalofimmunology 系统的 自动词语匹配 功能会将它转换成 EurJImmunol journal 进行检索 也可直接输入Medline的期刊标准缩写形式EurJImmunol 或输入该刊的ISSN号 国际标准连续出版物代码 检索 即 1521 4141 如果一个杂志名恰好是主题词或关键词 如 cancer science cell等 PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中的主题词进行检索 因此 需要将检索请求进行标准化处理 即 cell journal 或 cell ta 期刊检索 33 PubMed基本检索 期刊的一般检索 是在检索输入框中键入期刊名或期刊的ISSN号 EurJImmunol 34 PubMed基本检索 截词检索的作用 扩大检索范围 提高查全率 截词符 代表零到多个字符 只可用于词尾 如 bacter 可以检出bacter bacteria bacteriophage bacterium等单词 截词检索 35 PubMed基本检索 截词检索可以扩大检索范围提高查全率 bacter TI 36 PubMed基本检索 PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语检索 如 在PubMed主页的检索提问框中键入 singlecell 并用双引号引起来 点击 GO 按钮 系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索 如果不使用双引号进行强制检索 系统就会将其分成2个词 single和cell检索 其检索表达式为 singleANDcell 很明显这样的检索结果是不符号要求的 强制检索 37 PubMed基本检索 强制检索 普通检索 singlecell singlecell 38 MeSHDatabase 五 MeSH检索例 请检索有关中草药治疗胃癌方面的文献 39 通过Herbal plantdrugs Chinesedrugs Chineseplant Chineseherbal等均可检索到中草药的MESH词 40 Drugs ChineseHerbal therapeuticuse Mesh AND StomachNeoplasms drugtherapy Mesh 例 请检索有关中草药治疗胃癌方面的文献 41 42 六 PubMed高级检索 43 11AND 7 cell Journal AND smithj Author