质粒图谱的阅读

1 第六章基因克隆的技术路线 2 基因工程 上游 大体步骤 获取目的基因 目的基因与载体连接 连接产物导入细胞 目的基因表达 逆转录PCR法PCR法直接调用法 各种质粒各种病毒皆经改造 原核细胞真核细胞哺乳动物细胞植物细胞 3 第一节获得目的基因 4 直接分离目的DNA经限制酶切割 电泳分离DNA片断 适用于获得细菌 质粒 病毒等低等生物的基因片段 真核生物的染色体DNA中含有内含子序列 不适合于基因工程的需要 5 2 cDNA文库 ThecDNAlibrary containsonlycomplementaryDNAmoleculessynthesizedfrommRNAmoleculesinacell 以mRNA为模板 逆转录合成的互补DNA 以此得到的某种细胞内所有mRNA的cDNA 称为cDNA文库 6 3 RT PCR 基本原理 将细胞中mRNA逆转录为cDNA 以cDNA为模板 进行PCR反应 7 第二节重组DNA分子的构建 8 Linkofcohesiveend 粘末端连接 一 目的基因与载体的连接 9 Linkofbluntend 平末端连接 10 平末端连接 RecombinantDNA T4DNAligase vector 1 11 平末端连接的缺点 moredifficultligation连接困难 2 directioninsertion双向插入 self reconnection自身环化 noeasywayofretrievingtheinsert重新筛选插入的片断困难 12 vector 1 2 vector 1 2 A A B A B 平齐末端连接时 插入的方向是随机的 称为双向插入 会给后续的工作造成很多麻烦 13 EcoRI EcoRI 单酶切粘末端连接 14 单酶切粘末端连接的特点 优点 Usingthesameoneenzymetocut用同一种酶切 Ligatedeasilyandcoveniently连接容易方便缺点 Self reconnectionofvector载体自身环化 Insertedintwodirections双向插入 15 单酶切粘末端的双向插入 GCTTAA AATTCG AATTCG GCTTAA GCTTAA AATTCG GCTTAA AATTCG 16 17 AATTCxxxxxxAGxxxxxxTTCGA GAGCTTCTTAAA GAATTCxxxxxxAAGCTTCTTAAGxxxxxxTTCGAA ligase 双酶切粘末端连接 EcoRIHindIII EcoRIHindIII 18 双酶切粘末端连接的特点 Usingthesametwoenzymestocut Ligatedeasilyandconveniently noself reconnectionofvector Insertedinonedirection定向插入缺点操作比较麻烦 如果两种酶要求的条件不同 需要进行两个阶段的反应 19 几种实验方法 利用相应的技术方法 使实验顺利进行 20 Linkofhomopolymerictails 添加同聚尾避免质粒的自身环化 末端转移酶 21 添加接头 引入限制酶的切割位点 然后用相应的酶切割 22 野生型细菌具有针对外源DNA的限制和修饰系统 会切割外源DNA分子 因此用于基因工程的受体菌 需经筛选和人工改造 第三节重组子导入细胞 23 外源DNA转入细胞的过程叫做转化 但不包括由病毒介导的DNA转入 常用的方法有两种 24 ThefirstisachemicalmethodutilizingCaCl2andheatshocktopromoteDNAentryintocells 氯化钙法 利用氯化钙和热休克使受体菌成为感受态细胞 促进外源DNA的进入 25 宿主细胞与重组DNA在00C的氯化钙溶液中孵育 快速转入420C造成热休克 经此处理后的细胞 容易 接受外源的DNA 一般叫做感受态细胞 26 处理宿主细胞低渗溶液 热休克E coli 0 1MCaCl2competent E coli cells被转化的宿主细胞 Low osmosismakescellexpanding 0 4 RecombinantDNA 42 Heatmakescellmoreexpandingandmembranemorepermeable 27 处于感受态的细菌表面正电荷增加 细胞膜的结构有改变 通透性增强 转化子易于进入细胞 28 其他处理受体细胞的方法 利用二甲基亚砜 DMSO 处理细胞二巯基苏糖醇 DTT 处理细胞 利用聚乙二醇 PEG 处理细胞 29 WhencompetentcellsaremixedwithDNA somecells actually veryfew becometransformed theyacquirerecombinantvectorDNA Pseudo positive positive 30 第四节重组子的筛选与鉴定 31 Aftertransformation onlyafewcellstakeuptheplasmidDNA andthereonlyhasonerecombinantmoleculeinonerecipientcell 受体细胞 soamethodisneededforselectingthose转化步骤后 转进重组质粒的细胞是较少的 因此需要挑选出含有重组子的细胞 32 Directselection直接筛选Antiboticresistance抗菌素抗性Markerrescueselection借助颜色筛选Insituhybridization原位杂交Immunologyselection免疫筛选Immunochemistrymethod免疫化学Enzymeimmunodetectionassay酶免疫分析 33 质粒载体带有氨苄青霉素抗性基因 在宿主细胞内该抗性基因表达出可水解氨苄青霉素的酶 因而宿主细胞可在含氨苄青霉素的琼脂糖平板上生长 利用抗生素抗性筛选 34 复制起点 氨苄青霉素抗性基因 35 36 37 2 利用颜色筛选插入失活现象 X gal 5 溴 4 氯 3 吲哚 B D 半乳糖苷 38 多克隆位点 半乳糖苷酶的基因内有多克隆位点 酶切插入外源DNA后 该基因无法表达 39 40 完整的LacZ基因内 经过改造加入了多克隆位点 但并不影响LacZ基因的表达 当质粒转化细胞后 完整的LacZ基因表达产物与细菌的有关基因表达产物共同组成有功能的半乳糖苷酶 该酶把无色的X gal切割成半乳糖和蓝色的5 溴 4 氯 靛蓝 使得菌落呈现蓝色 41 表示外源基因插入编码半乳糖苷酶的基因区段 42 43 44 蓝色菌落无插入序列 白色菌落含插入序列 转化菌具有氨苄青霉素抗性 可在加有氨苄青霉素的平板上生长 45 使用含Amp X Gal的琼脂糖平板筛选克隆 可能出现三种情况 1 载体自身环化 产生蓝色菌落 2带有正确插入目的基因序列的菌落 白色菌落 3未转化的细胞 不能生长 46 47 BluecoloniesrepresentAmpicillin resistantbacteriathatcontainpVectorandexpressafunctionalalphafragmentfromanintactLacZalphacodingsequence WhitecoloniesrepresentAmpicillin resistantbacteriathatcontainpInsertanddonotproduceLacZalphafragment 48 49 3 Insituhybridization原位杂交生长在琼脂糖平板上的菌落 可定点转移到硝酸纤维素膜上 加入放射性的探针 即带有放射性的与目的片断互补的核酸片断 与菌落杂交 经洗涤后的膜与X 光胶片作用 挑选出阳性克隆 50 51 DNAhybridization 52 53 54 55 56 免疫法筛选 外源基因在细胞内表达出的蛋白质 可与特异性的抗体结合 57 利用抗体筛选原理目的基因编码的蛋白质作为抗原 用特异性抗体与之反应 再根据颜色等变化 筛选出菌落 方法在琼脂平板上的菌落 转移到尼龙滤膜上 若某菌落带有目的基因 并可表达该目的基因所编码的蛋白质 则加入该蛋白质的特异抗体 可与该菌落结合 附着在滤膜上 不会被洗掉 该抗体可携带酶或荧光 易于检测 58 Screeningwithantibodiesisusedwhenclonedgeneisexpressedandantibodiesrecognizingtheencodedproteinareavailable 59 第五节基因表达产物的鉴定 60 基因表达 基因表达指某基因在细胞中转录为mRNA继而翻译成蛋白质的过程 61 研究基因表达的手段 1 RT PCR RNA 2 Northernblot RNA 3 Westernblot 蛋白质 4 免疫组化 蛋白质 62 1 RT PCR 基本原理 将细胞中mRNA逆转录为cDNA 以cDNA为模板 进行PCR反应 根据PCR产物的量 判断基因表达的强度 63 2 Northernblot 标记探针与膜固相RNA杂交 根据杂交信号强弱判断表达量 根据杂交信号位置判断分子长度 杂交信号 64 实验操作 1 RNA提取2 RNA电泳 分离不同长度RNA 3 转膜 形成固相RNA 4 探针标记 同位素 非同位素 5 杂交6 洗膜7 显影 放射性 酶促反应 65 Northernblot特点 因为没有扩增过程 Northernblot的结果可靠性高 可以确定未知基因的转录产物 mRNA 长度 优点 缺点 1 操作烦琐2 使用同位素可能污染环境3 灵敏度低4 对RNA质量要求高 66 3 Westernblot 标记抗体与固定在膜上的蛋白作用 根据信号强弱判断蛋白表达强度 根据信号位置判断蛋白分子量 标准分子量蛋白 特异性反应带 67 1 蛋白提取2 蛋白电泳 分离不同分子量蛋白 3