蛋白质二级结构预测

第3章蛋白质序列分析 3 1蛋白质一级结构分析3 2蛋白质结构特性分析3 3蛋白质功能特性分析3 4蛋白质二级结构预测3 5蛋白质三级结构预测 3 4蛋白质二级结构预测 164 预测目的 看一看所提交的蛋白质序列在哪里会形成 螺旋和 折叠 现阶段 准确率不高 3 4 1SOPMA 网址 2 Clickhere 1 Pasteyoursequencehere Example3 23 对下面的蛋白质序列做二级结构预测分析MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ ResultofSOPMA 1 2 ResultofSOPMA 2 2 3 4 2PredictProtein 1 6 166 网址 Clickhere PredictProtein 2 6 ShengwuJishu Thenclickhere PredictProtein 3 6 Clickhere PredictProtein 4 6 Thenclickhere PredictProtein 5 6 Clickhere PredictProtein 6 6 Study1 Thenclickhere Pasteyoursequencehere Example3 24 165 对下面的序列进行二级结构预测分析 MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ Wait about5minutes Clickhere Toreceiveyouremail 将该网址复制后粘贴到网页浏览器中打开 预测结果目录 图3 87对序列进行PROSITE搜索 蛋白激酶C磷酸化位点S T R K 酪蛋白激酶II磷酸化位点S T D E 酪氨酸激酶磷酸化位点 十四烷酰化位点 图3 88SEG搜索的低复杂度序列 是指编码这些氨基酸的DNA序列为低复杂度序列 图3 89ProDom搜索结果 PSI BLAST搜索结果 图3 90以MSF格式显示比对 1 2 图3 90以MSF格式显示比对 2 2 图3 91PROF预测结果 普通 AA 氨基酸OBS sec 二级结构的观测值PROF sec 预测的二级结构Rel sec 预测二级结构的可信度SUB sec 预测的二级结构的集合H 螺旋E 折叠L 随机卷曲O 3 acc 相对亲水表面的观测值P 3 acc 预测的相对亲水表面 b 0 9 i 9 36 e 36 100 Rel acc 预测亲水表面的可信度SUB sec 预测的亲水表面的集合 PROF预测结果 详细 图3 92球蛋白预测 Practice 把刚才课堂上讲的内容练习一遍 Summary SOPMAPredictProtein SOPMA 网址 2 Clickhere 1 Pasteyourseq