gaussian+vasp 技巧1

Howtofindthetransitionstateefficiently Transitionstate 过渡态结构指的是势能面上反应路径上的能量最高点 它通过最小能量路径 minimumenergypath MEP 连接着反应物和产物的结构 如果是多步反应的机理 则这里所指反应物或产物包括中间体 Threemethodsforfindingthetransitionstate TS需要自己给出过渡态构型Qst2需要输入反应物和产物分子结构 先后通过两组连续的标题和分子说明部分定义Qst3需要输入反应物 产物和最初的过渡态结构 先后由三组连续的标题和分子说明部分定义 原子坐标顺序必须一致 QST2 反应物产物需要优化 反应物产物原子序数一样 反应物与产物中间应该没有别的中间体并且只有一个过渡态 且产物反应物构型变化不大 opt calcfc qst2 freq noraman空行RE空行反应物坐标空行PR空行产物坐标空行自定义基组 QST3 反应物产物需要优化 反应物产物原子序数一样 反应物与产物中间应该没有别的中间体并且只有一个过渡态 且产物反应物构型变化不大 opt calcall qst3 noeigentest freq noraman空行RE空行反应物坐标空行PR空行产物坐标空行Transtrationstate空行过渡态坐标空行自定义基组 经验 这个方法是计算中最常用到的方法 它只需要你提供在反应坐标上位于TS两边的结构就可以了 程序会拟合两个结构来计算过渡态 一般人说最好是反应物和产物 这里我不认同 我认为初始的两个species的反应坐标为TS n和TS n 且n越小越好 这样拟合的结果更为接近TS的结构 一般先要确定两个species一定是在反应坐标上位于TS两侧的 这一点很简单 只需要自由优化一下 看结构式跑向R还是跑向P就可以了 如果都跑向R P 那么就改变一下反应的主坐标参数 这个确认步骤很简单 只需要跑几个点 确认完两个结构现在反应坐标上位于TS两侧后 分别固定两个species的反应主坐标参数进行优化 目的是为了让除了主坐标参数以外的其他部分都达到一个较为合理的结构 便于qst2 qst3的进行 这一步优化不用优化到完全收敛 只需要在能量曲线平坦之后即可取出结构做qst2 qst3 节省时间 通常来说20步足以 QST2 QST3方法的优点是傻瓜式 只需要给出两个species即可 唯一需要注意的就是这两个species必须在反应坐标上位于TS的两侧 这个方法也有一个缺点就是时间耗费的比较长 但是这个方法在gaussian中是最常用的 也是最方便的寻找过渡态或者过渡态初始构型的重要方法 强烈推荐 TS 方法一 第一步是将主要参加反应的键长延长20 40 然后固定该键进行构象优化 然后再用TS calcfc找过渡态 如何固定键优化 新建一个文件夹 将需要延长键的那个结构的chk文件放入文件夹内 chk xx mem 800mb nprocshared 4 pb3lyp 6 31G d opt Modredgeom checkfreq noramanBCOTminus01191 8F随后将优化好的结构算过渡态opt calcfc ts noeigen 需要延长键的那个结构的文件名 15和19号原子将其距离固定为1 8A后优化 如果还没有找到的话 可以对你猜测的构象进行频率分析 然后查看有没有你所要的虚频 如果有的话用GVvibrations最下面的manualdisplacement调节震动 选中你需要的虚频向左调0 2 0 4或者你不要的虚频向右调0 2 0 4以微调构象 然后接着套用opt ts calcfc noeigen 继续找过渡态 方法二 从产物构象SCAN参加反应的键长 逐渐拉长键长优化然后看能量的变化趋势 注意这里只选择一个键 选取能量的最高点的坐标进行过渡态优化 opt modred01C1 414324000 094601000 31826800H1 423700000 107754001 42899000H2 474456000 127801000 00402400C0 668660001 30146700 0 16992700H1 264389002 14276400 0 50621500C 0 668907001 30134300 0