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文档简介
用CLUSTAL和MEGA做系统发生树 1 CLUSTAL能读取的数据格式 把所有的序列放到一个文本文档里 在序列名的前面加上 号 2 3 4 5 6 7 由于测序长短不一 需要选择一个对齐的位点 如上图的62号位点 同样的 末端也需要对齐 8 684位对齐 9 10 11 在目标序列所在的文件夹会生成两个文件 一个是ALN文件 另一个是dnd文件 以下的步骤我们需要aln文件 12 打开MEGA4 1 13 先将aln文件转化成meg文件 MEGA4才能处理 FileConvertToMEGAFormat 14 找到刚才生成的aln文件 15 16 17 18 有时在转化好的MEGA文件下面会有一些星号 要把这些星号删除掉 19 保存 20 我保存到了桌面上 接下来就要做树了 点击左侧的选项 21 22 选择蛋白序列还是核酸序列 点击OK 23 选择是否是蛋白编码序列 24 选择核酸的类型 点击OK 25 这个窗口给出了好多这些序列的统计信息 可以看一下 关闭 26 如图所示 从上面的选项可以选择自己需要做的树 为什么选择哪种树 要考虑好 27 28 双击那些数字就可以编辑 将数字替换成物种的名字 29 最后将这个图拷贝到剪切板上 可以粘到Wo
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