(重要)MPICH向导.doc

Intel c 编译器 /opt/intel/cce/bin/iccIntel fortran 90 编译器 /opt/intel/fce/10.0.018/bin/ifortExport FC90=ifort-comm=shared 每个节点都是SMP节点。#cd /tmp/mpi-1.2.7#./configure -prefix=/cluster/mpich1.2.7 fc=ifort -rsh=ssh -comm=shared10月26日10.7#./configure -prefix=/cluster/mpich1.2.7 -with-comm=shared1. Q: My job runs to completion but exits with the message Timeout in waiting for processes to exit. This may be due to a defective rsh program (Some versions of Kerberos rsh have been observed to have this problem). This is not a problem with P4 or mpich but a problem with the operating environment. For many applications, this problem will only slow down process termination. What does this mean? A: If anything causes the rundown in MPI_Finalize to take more than about 5 minutes, it becomes suspicious of the rsh implementation. The rsh used with some Kerberos installations assumed that sizeof(FD_SET) = sizeof(int). This meant that the rsh program assumed that the largest FD value was 31. When a program uses fork to create processes that launch rsh, while maintaining the stdin, stdout, and stderr to the forked process, this assumption is no longer true, since the FD that rsh creates for the socket may be greater than 31 if there are enough processes running. When using such a broken implementation of rsh, the symptom is that jobs never terminate because the rsh jobs are waiting (with select) for the socket to close. The ch_p4mpd device eliminates this problem. # tar zxvf mpich.tar.gz tar 命令将 mpich.tar.gz 展成一个目录： /tmp/mpich- 1.2.7 假如不是使用 g77 编译器（ Linux 系统自带的 Fortran 77 编译器），使用其他的编译器，必须重新编译安装 mpich 软件包。 Mpich 软件包在 OSCAR 之后安装。 假如使用 intel 的 fortran 编译器， fortran 编译程式必须在 PATH 路径中。使用下面的命令检查一下： # echo $PATH 假如 PATH 中出现 intel 的 fortran 编译器，则跳过此处 PATH 的配置。假设 Intel 编译程式的安装路径使用缺省路径（假如修改缺省路径要相应修改），修改 /etc/profile 文档，找到 export 中带有 PATH 的一行，在 export 语句的前面增加下面一行： PATH=/opt/intel_cc_80/bin:/opt/intel_fc_80/bin:$PATH 然后注销，重新登陆，使用 echo 命令检查一下，然后运行 ifc 命令检查一下是否配置正确。 # echo $PATH # ifc 假如有问题，必须检查问题所在，并改正。 配置 在编译之前必须配置 mpich 软件包，以便编译出符合本地环境的 mpich 软件。首先确定编译之后的安装路径，假设安装之后的路经定位： /usr/local/mpich- 1.2.7 ，其次确定是否使用 g77 编译器，假如使用，无须配置，假如使用其他的编译器，必须配置，本例中使用 intel 的 fortran 编译器，所以配置如下： # cd /tmp/mpich- 1.2.7 # ./configure fc=ifc prefiix=/usr/local/mpich- 1.2.7 其中， -fc 指定 fortran 的编译器， ifc 是 intel fortran 编译器的程式名。 -prefix 指定安装路径。假如 configure 没有提示错误，执行完成，表示执行成功。 注意：假如 configure 执行失败，最好将 mpich- 1.2.7 安装目录全部删除，重新从准备开始安装。 编译 配置完成之后，执行编译，编译出可执行代码。 # make 安装 编译完成之后，执行安装。 # make install 安装目录就是 prefix 配置的目录。现在修改 PATH 目录，这样运行 mpich 的程式无须输入全路径。修改 /etc/profile 文档，找到 export 中包含 PATH 的行，有 Intel 编译器，修改 PATH 行如下： PATH=/opt/intel_cc_80/bin:/opt/intel_fc_80/bin:/usr/local/mpich- 1.2.7 /bin:$PATH 假如没有，则输入下面一行： PATH=/usr/local/mpich- 1.2.7 /bin:$PATH 注意事项 假如运行 Intel 编译器编译的程式，出现动态链接库很难找到，使用下面命令将动态链接人为链接： ln s /opt/intel_fc_80/lib/动态链接库名 /lib/动态链接库名 上述动态链接库名相同。 另外需要注意的是：假如在集群环境，必须将动态链接库拷贝到各个节点上，同时做链接，每个节点上都作，否则程式不能在那个节点执行。由于集群环境中，节点对于服务器是信任关系，所以能够编写脚本自动完成这些琐碎的小事，例如：增加用户，拷贝库文档，链接动态链接库等等操作。MPI程序的编译n 用户登陆之后，可以对提交的程序进行调试，调试命令为:n (c )mpicc o yourproc (c+)mpiCC o yourproc yourproc.cppn (f77)mpif77 o yourproc yourproc.fn (f90)mpif90 o yourproc MPI程序的编译yourproc.f90MPICH 的安装 1： MPICH的安装 集群软件的安装#mkdir /usr/mpich#cd /usr/mpich#chmod +x mpich-1.2.7.tar.gz# tar xzvf mpich-1.2.7.tar.gz#cd mpich-1.2.7#vi /etc/profileMPI_HOME=/usr/ mpich/PATH=$MPI_HOME/bin:$PATHexport MPI_HOME PATH#source /etc/profile#./configure with-common=shared rsh=ssh -prefix=/usr/mpich# make# make install 对MPICH的测试# cd examples/basic# make cpi# ././bin/mpirun -np 4 cpi rootqingshengs password:rootqingshengs password:Process 0 of 4 on qingsheng.localdomainpi is approximately 3.1415926544231239, Error is 0.0000000008333307wall clock time = 0.003020Process 2 of 4 on qingsheng.localdomainProcess 1 of 4 on qingsheng.localdomainProcess 3 of 4 on qingsheng.localdomain根据上面显示程序执行的结果，表明MPICH并行环境已经成功的搭建。在不同的机器上运行MPI程序此处只给出怎么进行配置，因为条件限制，MPI只在一台PC机上运行。而在不同PC上的运行包括两种情况。(1) 执行程序在相同目录情况下的MPI配置要使得MPI程序启动后能够在多个主机上并行执行，还必须对可用的主机进行设置，响应的配置文件为/usr/mpich/mpich-1.2.7/util/machines/machines.LINUX,这个文件的目录可能不同，这要看解压释放mpich.tar.gz时的具体位置，本例释放的位置是在根目录下，见上述MPICH的安装中的第a步。编辑该文件，在每一行写上可用的机器名。例如：#vi /usr/mpich/mpich-1.2.7/util/machines/machines.LINUXqingshengmain 这样就有qingsheng和main两台PC供MPI使用。使用这种方式启动时，可执行程序放在不同机器的相同账户的相同路径下，这里我们把qingsheng和main中的可执行文件cpi放在/usr/mpich/examples/cpi 下运行#mpirun -np 4 cpi如果不使用缺省的配置文件，则需要在命令行给出配置文件，该配置文件的格式与machines.LINUX相同，比如mpirun machinefile hosts np 4 cpi则需要在hosts 中给出可使用的机器名字即可，以本文中的两台机器为例# vi hostsqingshengmain在运行MPI程序时，可能会出现如下错误：rm_17139: p4_error: rm_start: net_conn_to_listener failed: 39088 p0_26038: p4_error: Child process exited while making connection to remoteprocess on gram: 0如果你将上述的步骤逐一完成，但还是发生这样的错误时，那么极有可能是设置了防火墙的原因，建议关闭防火墙再做试验。(2) 执行程序在不同目录下的配置上述配置方法的前提是：可执行程序必须放在各执行机器下的相同目录下，这样可能带来不便，有一种更为灵活的配置方式，它