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三维定量构效关系 3D QSAR Page 2 CADD 基于机制 基于结构 受体结构 蛋白三维结构已知 分子对接法 小分子 已知结构和活性 比较分子场分析法 CoMFA Page 3 三维定量构效关系 3D QSAR 一般研究过程 受体拮抗剂或激动剂 受体的活性部位形状及作用方式 虚拟的受体模型 计算 Page 4 比较分子场分析法CoMFA 理论基础 如果1组化合物以同样的方式作用于同一靶点 则其生物活性就取决于每个化合物周围分子场的差别 这种分子场可以反映药物分子和靶点之间的非键相互作用特性 用分子场研究药物与受体间的相互作用 Page 5 比较分子场分析法CoMFA 操作过程 前期准备1 逐一建造各化合物的分子2 结构优化3 研究药物的优势构象4 计算各原子的电荷密度 Page 6 比较分子场分析法CoMFA 操作过程 分子叠合根据基于公共骨架的叠合 基于能量场的叠合 基于惯性距的叠合 基于药效团的叠合及基于复合物结构的叠合等规则把优势构象重叠在一个能包容全部化合物的空间网格 31个甾体化合物的叠合图形 Page 7 比较分子场分析法CoMFA 操作过程 选择探针 H2O分子 疏水作用和氢键作用 CH3探针 立体作用 范德华力力场 H 探针 电性作用 静电力场 Page 8 比较分子场分析法CoMFA 操作过程 确定QSAR方程 探针每移动一步长 计算其在网格上与各原子相互作用的立体能和静电能 生物活性 偏最小二乘法交叉验证 Page 9 比较分子场分析法CoMFA 操作过程 建立等高线 红色负电性基团蓝色正电性基团绿色增大基团体积黄色减小基团体积 Page 10 CoMSIA CoMSIA是对CoMFA方法的改进与CoMFA相比 CoMSIA在力场中引入了与距离有关的高斯函数 静电场立体场 静电场立体场疏水场氢键供体场氢键受体场 Page
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