lncRNA命名规范

lncRNA命名规范每一条lncRNA的名字应具有唯一性“唯一性”，不能重名，一方面避免异议，另一方面方便HGNC对命名规则的管理和维护。lncRNA的名字应是描述基因的缩写每条lncRNA的标识都应是一个描述该基因的“缩写”或者“首字母简写”。例如BANCR就是由BRAF-activated non-protein coding RNA短语的首字母排列而成。lncRNA的名字应仅由拉丁字母和阿拉伯数字组成每条lncRNA的标识中不应出现标点符号，但可以用字母或者数字来代替标点符号。连字符仅在特殊场合使用。例如：反义编码蛋白基因可在标识中加连字符（BACE1-AS就是BACE1 antisense RNA的名字）。lncRNA的名字中的字母应为大写为了与其它种类物种的基因区别开来（如啮齿动物基因的标识只要求首字母大写，其余小写），人类基因标识中的字母都应为大写。例如“热气”（HOTAIR）基因，在人类中叫HOTAIR，而在老鼠中写成Hotair。lncRNA的名字中不应涉及具体的物种类型例如：如果基因名字中有H/h（代表人类），由于牵涉到同源基因的问题，就会造成一些疑惑和误导。lncRNA的标识应避免采用一些常用的词汇基因的名字中出现的常用词汇会带来一些混乱，给分析研究带来很多问题，因此，在命名中应避免出现常见词汇。例如：“AIRN”基因最初公布时叫AIR，从公共数据库中搜索可得到22万条不相关的信息，而搜索“AIRN”则只有10条信息。可见“AIRN”的搜索效率有效得多。同样的例子很多。lncRNA的标识应尽可能的反映其功能例如：XIST基因是X (inactive)-specific transcript的缩写，该基因的作用是参与沉默一对X染色体的转录。命名的时候尽量反映基因通常的功能，而不体现其突变表型。基因的命名应简洁明了，不应包含太多信息。功能性转录假基因应包含它们假基因的名字目前，一些数量较少的转录假基因被发现具有功能性，例如PTENP1基因就与“PTEN-targeting”miRNA结合一起参与调节PTEN的表达水平。具有功能的转录假基因在命名时应保留它们的假基因名称，并且不应改变其基于功能的名称。为了方便搜索，这个功能应加在标识的最后。PTENP1的命名就是这方面的例子。PTENP1 是phosphatase and tensin homolog pseudogene 1 (functional).功能未知的lncRNA命名规则对于未知功能未知的lncRNA应依据基因组上下文来命名，图一中给出如何系统化的命名的规则。如果有一个很接近的蛋白编码基因，lncRNA的名字应该以这个编码基因名字开始，然后制定以后后缀，这个后缀可以下方式分类：反义 （antisense,AS）,BACE1-AS;内含子（intronic,IT）,例如，SPRY4-IT1;重叠 （overlapping,OT）,例如，OSX2-OT;长链基因间lncRNA（Long intergenic lncRNAs，lincRNAs），以LINC为前缀，数字为后缀，例如LINC00485.本质上以上命名原则是以GNECODE的注释目录为基准， 反义RNA，正义内含子，正义重叠和长链基因间非编码RNA（lincRNA）.一些新的分类方法也应该考虑，特别对这些lnRNA，它们与编码基因是头 碰头（head to head）,因此推断它们拥有双向启动子，HGNC推荐命名这些lncRNA为反义上游（Antisense upstream,AU）,例如，GENE2-AU1。大家也应该注意到HGNC并不赞成以剪接变异体来命名，所以两个剪接变异体命名是以其中一个 lncRNA基因来命名，例如，GENE2-AS1；如果一个lncRNA基因编码的转录本跨多于一个蛋白编码基因，用lncRNA的5末端的第一个蛋 白