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,打开ClustalX,1,2,3,4,进行完全比对,5,6,7,由于后面无法用aln格式转化的meg格式打开，所以此改用fasta格式保存并命名为cob2,8,9,选择此项可打开比对过的文件,10,11,12,13,14,15,16,17,选择邻接法（NJ法）构建系统发育树,18,设置Bootstrap值为100,设置Gap处理为两两删除,设置模型为Kimura-2-Parameter,19,此为原始的树,20,此为经过Bootstrap计算的树并选择左边图标PlaceRootonBranch选择NC006081为外群,21,此为树根，即所有物种最近共同祖先,外群,树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。,22,选择最大简约法（MP法）构建系统发育树,23,设置Bootstrap值为100,24,此为原始的树,25,此为经过Bootstrap计算的树并选择左边图标PlaceRootonBranch选择NC006081作为外群,26,此为树根,外群,树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。,27,对比NJ法和MP法做出来的树，NJ法的自展支持率相对较高，且两树中个别序列的位置也不同。,28,以同样的方法制作cox1序列的系统发育树结果如下,29,此为NJ法的原始树,30,此为NJ法经过Bootstrap计算的树并选择左边图标PlaceRootonBranch选择NC006081作为外群,31,此为树根,外群,树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。,32,此为MP法原始的树,33,此为MP法经过Bootstrap计算的树并选择左边图标PlaceRootonBranch选择外群,34,此为树根,外群,树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。,35,对比N
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