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.,1,PDB数据库简介,.,2,生物数据库的种类,.,3,生物数据库的种类,序列数据库核酸序列数据库(EMBL、GenBank、DDBJ)常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR)结构数据库蛋白质结构数据库(PDB)蛋白质分类数据库(SCOP、CATH)其它数据库,.,4,ProteinDataBank蛋白质结构数据库/pdb/home/home.do,.,5,一、基本概况,美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库,PDB蛋白质晶体结构资料数据库(ProteinDateBank)。PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织(ResearchCollaborationforStructuralBioinformatics,RCSB)负责。,.,6,1、数据,来源主要通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。信息原子的空间坐标、引用文献、形成-helix和-sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的ligand、参与生化功能的residue等。,.,7,2、数据结构,结构记录,名称、参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐标等信息。,显式序列信息,隐式序列信息,以关键字SEQRES作为显式序列标记，以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息。,即为立体化学数据，包括每个原子的名称和原子的三维坐标。,.,8,3、数据查询,PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符串，可由大写字母AZ和数字09组合而成，如1LDM。PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询，可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓名、结构表达）进行检索。,是pdb文件在数据库中的编号,从PDB数据库下载结构常会得到一个以这个编号命名的pdb文件，如1LDM.pdb,.,9,二、简单使用,搜索栏,高级搜索,.,10,搜索到408条结果,精化搜索结果,检索CDK2,.,11,相关介绍,下载氨基酸序列及二级结构的信息,分辨率不同,配体不同,.,12,PDB数据库文件,包括分子类别、发布日期，PDB-ID,关键字列表,测定结构所用的试验方法,.,13,以关键字SEQRES打头306个氨基酸的显式序列信息,.,14,X轴坐标,Y轴坐标,Z轴坐标,原子,氨基酸,.,15,PDB数据库的详细字段说明,.,16,PDB数据库的详细字段说明,.,17,PDB数据库的详细字段说明,.,18,详细信息,.,19,三维结构,-螺旋,-折叠,配体小分子,.,20,三、结构模型显示,生物大分子三维立体结构显示的软件：PyMol、RasMol、Chimera、
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