序列比对,构建进化树

1从NCBI上下载某个基因在其他物种的序列比如，下载caveolin基因在其他物种的序列NCBI地址：/在search一栏的下拉列表中选择Nucleotide,for后面的一栏中输入自己要查询的基因。完毕，点击GO确认。可得到一下结果：每一条记录分别是某个物种的caveolin的序列，以第10条记录为例，称为GenBank 登录号。为拉丁文的人类的字母，表示物种，表示基因名称（caveolin基因家族共有3个主要基因，分别称为1，2，3）表示此序列为cDNA,不含内含子。 下图中的NEXT表示翻页，查看剩余的记录。打开第10条记录可看到下图：现在你需要保存下来得就是上面的这一串（碱基）核酸序列。复制黏贴（包括上面表示顺序的数字）到TXT文本中备用。打开DNAMAN软件，左上角点击file-new，出现下图：可以把先前从NCBI下载的序列（保存到TXT文本中得）复制到箭头指示处，得到：并按照上图左上角file-save as(注意此文件得保存名称为保存的此物中得名称)，已上是DNAMAN软件中seq序列格式的保存方法。2 序列编辑和比对（DNAMAN软件）你们实验PCR得到的序列只是某个基因上的一部分，所以为了进行不同物种间的比对，要把下载下来的其他物种的某个基因的序列进行删减，以使两段基因是大约相同长度的片段进行比对。以人类caveolin1基因为例说明一下。按照1，2，3得顺序依次打开，得到下图：点击上图中的1，你会得到下图，点击2是清楚所有刚才选进比对的序列（为了重新选择序列），3是有选择的删除某个序列。当然，把你的所有准备的序列保存好以后，从查找范围这个下拉列表中寻找你要比对的序列。可以按住ctrl点击你要比对的几个序列（同时选中）选完点击 打开。再点下图中得确定键。得到下图：找好这两个物种重合的那个核苷酸的序号（前后两段都是），然后打开你保存的seq格式的序列，数出刚才比对重合部分的后端的碱基数，把这个碱基后面的序列删掉，再用此方法把比对重合部分前段得序列删掉，保存。注：此处比对得两个序列一个是你实验得到的基因序列，另一个是从NCBI下载的其他物种的序列，一般情况下你试验得到的测序序列会短于下载的其他物种的序列，所以要在这里进行下载的序列的编辑。把你已经编辑好的序列按照上述比对方法（用你的实验得到的序列和同基因在其他物种的序列（并且是你已经掐头去尾编辑过的）两两比对，可以得出某个基因在两两物种之间的同源性）如下图：椭圆中的数字就是某基因在两个物种间的同源性。另一种获得两物种某基因之间同源性的方法是：打开NCBI网站/点击箭头指示的blast，得到：点击箭头指示处在1空白处黏贴上你的测序序列，2处选中，点击下面的blast你将得到一个你测序序列与多个物种间某个基因的同源性。如下图：1为物种名称及描述，2为同源性为了进行比对，要把序列格式转化成FASTA格式。转化方法：新建TXT格式文档，第一排开始先写一个大于号（）,紧接着是写上物种名称。如上图。另起一行，把该物种的某基因的序列拷贝上。注：这里的要拷贝过来的序列是经过上一步的掐头去尾的序列，得到：然后保存。方法：文件-另存为-保存类型选所有文件-文件名：物种名称.Fasta3 序列比对与进化树构建，（可拷贝到你的论文中的图片）打开Clustaxl软件，单击在左上角的文件，载入序列，就可载入一条fasta格式的序列了。载入完一条之后再点击添加序列就可载入第二条序列，后面要载入更多的序列也是点击添加序列。载入完你要比对的序列后点击编辑下的选定全部序列，接着点击比对-进行完全比对。得到：点击 对齐 1是进化树文件的保存路径和名称，2是序列比对文件的路径和名称。保存完这两个文件，可以用MEGA软件分别打开它们。下图为序列比对文件打开后的界面：1为选定的格式，2为文件保存的名称和路径。用MEGA软件打开此文件。得到这样一个界面：1是指物种名称，2处的星号是指物种间同源的序列部分，星号空缺的地方是指不一样的碱基。把全部序列比对的界面一次截屏黏贴到你论文中。下面打开的是进化树的文件，界面如下：可以通过截图把下面这个图拷贝到你论文