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.,Zakery2016年5月26日,如何在phytozome中找物种同源基因并用DNAman比对序列,.,首先到phytozome网站上选择你要找的物种，比如水稻Oryzasativav7_JGI(Rice),.,点击BLASTsearch,.,在targettype中选择proteome，把氨基酸序列复制到BLAST框中，点GO,.,这是结果，得分越高说明同源性越高,.,点击第一个前面字母G，得到如图可以看到CDSsequence和Peptideequence,.,把基因名和CDS序列如图复制到记事本，把txt格式改为SEQ格式（直接更改扩展名）,.,接下来就是用DNAman分析了,选择输入序列,.,选择序列文件所在位置,.,注意输入的序列是DNA或者是蛋白质序列,打勾相应的选项,然后一直点击下一步,.,选项不需要修改,默认就行,.,选项不需要修改,默认就行,.,选项不需要修改,默认就行,.,注意,由于是用了免费的版本,它会在这里加上了一段标记,手工去除它.,序列前面一般会加上CREATED.FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记,.,这是去除后的序列情况,.,点击这个按钮,出现下拉菜单,.,保持EMF格式的文件即可,然后用图片查看器打开可以放大缩小而不改变像素,.,前面软件演示所用的序列比对后做出来的图,注意:由于前面软件自动加了约为几十个bp长度的标记,因此在
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