PDB数据库简介PPT课件_第1页
PDB数据库简介PPT课件_第2页
PDB数据库简介PPT课件_第3页
PDB数据库简介PPT课件_第4页
PDB数据库简介PPT课件_第5页
已阅读5页，还剩16页未读， 继续免费阅读

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

精选,1,PDB数据库简介,精选,2,生物数据库的种类,精选,3,生物数据库的种类,序列数据库核酸序列数据库(EMBL、GenBank、DDBJ)常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR)结构数据库蛋白质结构数据库(PDB)蛋白质分类数据库(SCOP、CATH)其它数据库,精选,4,ProteinDataBank蛋白质结构数据库/pdb/home/home.do,精选,5,一、基本概况,美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库,PDB蛋白质晶体结构资料数据库(ProteinDateBank)。PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织(ResearchCollaborationforStructuralBioinformatics,RCSB)负责。,精选,6,1、数据,来源主要通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。信息原子的空间坐标、引用文献、形成-helix和-sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的ligand、参与生化功能的residue等。,精选,7,2、数据结构,结构记录,名称、参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐标等信息。,显式序列信息,隐式序列信息,以关键字SEQRES作为显式序列标记，以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息。,即为立体化学数据，包括每个原子的名称和原子的三维坐标。,精选,8,3、数据查询,PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符串，可由大写字母AZ和数字09组合而成，如1LDM。PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询，可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓名、结构表达）进行检索。,是pdb文件在数据库中的编号,从PDB数据库下载结构常会得到一个以这个编号命名的pdb文件，如1LDM.pdb,精选,9,二、简单使用,搜索栏,高级搜索,精选,10,搜索到408条结果,精化搜索结果,检索CDK2,精选,11,相关介绍,下载氨基酸序列及二级结构的信息,分辨率不同,配体不同,精选,12,PDB数据库文件,包括分子类别、发布日期，PDB-ID,关键字列表,测定结构所用的试验方法,精选,13,以关键字SEQRES打头306个氨基酸的显式序列信息,精选,14,X轴坐标,Y轴坐标,Z轴坐标,原子,氨基酸,精选,15,PDB数据库的详细字段说明,精选,16,PDB数据库的详细字段说明,精选,17,PDB数据库的详细字段说明,精选,18,详细信息,精选,19,三维结构,-螺旋,-折叠,配体小分子,精选,20,三、结构模型显示,生物大分子三维立体结构显示的软件：PyMol、RasMol、Chimera、
人人文库> 全部分类> 教育资料 > 课件下载

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论