蛋白质二级结构预测

第3章蛋白质序列分析,3.1蛋白质一级结构分析3.2蛋白质结构特性分析3.3蛋白质功能特性分析3.4蛋白质二级结构预测3.5蛋白质三级结构预测,3.4蛋白质二级结构预测,164,预测目的：看一看所提交的蛋白质序列在哪里会形成-螺旋和-折叠？现阶段：准确率不高。,3.4.1SOPMA,网址：http:/npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html,2)Clickhere.,1)Pasteyoursequencehere.,Example3-23,对下面的蛋白质序列做二级结构预测分析MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ,ResultofSOPMA(1/2),ResultofSOPMA(2/2),3.4.2PredictProtein(1/6),166,网址：/,Clickhere,PredictProtein(2/6),swjs8879705988797059,ShengwuJishu,Thenclickhere,PredictProtein(3/6),Clickhere,PredictProtein(4/6),swjs88797059,Thenclickhere,PredictProtein(5/6),Clickhere,PredictProtein(6/6),Study1,Thenclickhere.,Pasteyoursequencehere.,Example3-24,165,对下面的序列进行二级结构预测分析。MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ,Wait.(about5minutes),Clickhere,Toreceiveyouremail,将该网址复制后粘贴到网页浏览器中打开,预测结果目录,图3.87对序列进行PROSITE搜索,蛋白激酶C磷酸化位点S/T-R/K,酪蛋白激酶II磷酸化位点S/T-D/E,酪氨酸激酶磷酸化位点,十四烷酰化位点,图3.88SEG搜索的低复杂度序列,是指编码这些氨基酸的DNA序列为低复杂度序列,图3.89ProDom搜索结果,PSI-BLAST搜索结果,图3.90以MSF格式显示比对(1/2),图3.90以MSF格式显示比对(2/2),图3.91PROF预测结果（普通）,AA:氨基酸OBS_sec:二级结构的观测值PROF_sec:预测的二级结构Rel_sec:预测二级结构的可信度SUB_sec:预测的二级结构的集合H:螺旋E:折叠L:随机卷曲O_3_acc:相对亲水表面的观测值P_3_acc:预测的相对亲水表面(b=09%,i=9%36%,e=36%100%)Rel_acc:预测亲水表面的可信度SUB_sec:预测的亲水表面的集合,PROF预测结果（详细）,图3.92球蛋白预测,Practice,把刚才课堂上讲的内容练习一遍。,Summary,SOPMAPredictProtein,SOPMA,网址：http:/npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html,2)Clickhere.,1