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实验四.多序列比对 一.实验目的：在多序列分析中，多序列比对具有广泛的应用，是许多其他分析的基础和前提，比如进化发生分析、构建位置特异性打分矩阵、找到一致序列等，本实验的目的是熟悉多序列比对相关的操作和编辑方法。二.实验基本要求：了解和熟悉多序列比对的原理和基本方法。三实验内容提要：1. 使用CLUSTALW 算法，比对一组蛋白质序列，该序列属于RAD51RECA，在DNA 的复制阶段起重要作用，这些序列可以从NCBI genbank、Uniprot 等序列服务器获取，序列的索引号码为：P25454，P25453，P0A7G6，P48295。将这些序列保存在一个文本文件。如果查询到的序列不止一个的话，选择第一个。a. 练习使用EBI CLUSTALW（http:/www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/）；b. 将序列数据拷贝复制到窗口中；c. 采用默认参数进行比对；回答：clustalw 算法的基本原理？2. 在BAliBASE 网站查找一组蛋白质：1csy。这些蛋白质的一致性为2040%，属于BAliBASE 参考序列1。正确的比对结果网址如下：http:/bips.ustrasbg.fr/en/Products/Databases/BAliBASE/ref1/test1/1csy_ref1.html这一序列名称分别为p43405, p62994, p23727, p27986.获取这4条序列的fasta 格式，放在一个文本文件中，选择ebi网站上（http:/www.ebi.ac.uk/Tools/msa/）的至少四个多序列比对工具（如MAFFT、MUSCLE、CLUSTALW、Clustal Omega、TCoffee、DbClustal）进行分析。三实验结果：1.使用CLUSTALW 算法进行比对2A.获取4条序列信息：B.打开http:/www.ebi.ac.uk/Tools/msa/建立引导树，在引导树的指导下运用CLUSTALW 算法进行比对：五.回答问题：CLUSTALW 算法基本原理：首先进行所有序列之间的两两比较，计算出他们之间的分化距离矩阵；然后从分化距离矩阵中计算出作为指导多
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