SPM数据转换教程

SPM中文手把手教程:多种数据转换的方法更有进步和乐趣.写教程是最艰巨的工程,许多错误和遗漏,欢迎大家批评补充. 使用SPM进行数据处理前,必须先将其它档案格式转换成spm可以读取的Analyze档案格式,包含.img档和.hdr标头档,相关的转档软件有XMedCon和MRIcro. 1.利用AFNI数据转换 首先使用afni的三维数据重建: to3d -time:tz 177 20 2s altplus * 生成+orig文件 然后: 3dAFNItoAnalyze -4D -orient LPI *epi+orig 将生成*.hdr与*.img文件. (*代表你所用的任意文件名) 然后打开MRIcro软件: 选择要转换的hdr,img文件, processing, ok. 选择面板上部 File -Save as 4d to 3d - Save as intel -Save (这里有点忘了:) 2.直接用MRIcro转换:(此部分转自核医学论坛) 1。点Import/convert foreign to analyze,在出现的对话框中，number of files为你的数据的总文件数，slice increment1，volume increment0，volumes为你的实验的volume数。填好后，先点design，后点select，然后选中你的数据的第一个文件。然后保存。 2。点file/open，打开刚才保存的img文件。 3。点file/save as .rotate/clip/format/4D-%26gt;3D,然后点击“save intel”。即可 这样保存后的文件就可以被SPM处理了 MRIcro的Import-%26gt;Convert中的volume可以理解为完整头部像数目。在从GE Signa 1.5T 中获得的fMRI Dicom数据中，是1个slice存成一个dicom image文件，因此，volume数，也就是整个dicom image目录所包含的完整头部扫描图像数目，等于 整个dicom image目录下所有单个slice dicom image文件除于实验时设置的slices数。 简单地说，一个fMRI实验，层数为16，获得512个slice dicom image文件，则其volumes=512/16=32。 注: SPM的dicom import是可以导入dicom文件，但导入的这些图像还是2D的，不是3D的，不能用于fMRI分析。要先把2D的slice重建成3D的volume，就可以用于fMRI分析了。MRIcro可以干这活: 先把3次BOLD的文件分别移动到三个不同的文件夹里，然后用MRIcro依次导入转换每个目录的slice dicom file成一个ANALYZE文件（4D的），再另存为多个img，hdr文件（4D%26gt;3D），个数就是volume数，也就是目录下文件数除于层数。（这是针对从GE Signa 1.5T 上刻录的光盘上的dicom格式数据来讲的，其它机器的数据存放方式可能有所不同，请相应具体分析） 3.使用XMedCon转换PET数据: 将有Brain影像的档案由MO片读出,档案格式为 .v档转. 例如:Chang_10_9e2_de11.v_826420_49y Chang_10_9e2_de11.v为档名,826420为病例号,49y为年龄. 使用XMedCon将.v档转为analyze档. 打开XMedCon: 选film打开open档案: 选择要转档的档案后,按OK: 出现影像: 再选film并save as analyze: 储存於设定的资料夹后按OK: 按OK后,此时档案格式转为.hdr及.img 由刚储存的资料夹检视:档案转为.hd及.img 由matlab打开spm2: 首先打开matlab: 选择新档案存放的资料夹: 在Command Window键入:addpath D:statistical activation images重叠於解剖影像anatomical image之上. zhuzude 溅出的水花儿： 我的问题是，现在我们都用AFNI直接做配准，但是手工的活,对于新手来说是比较辛劳的,有没有已经发表的文章，是采用SPM来配准，但是用AFNI进行数据处理的?我找了一下,没找着. 2007-03-19 16:18 cell 溅出的水花儿： 现在AFNI也可以自动配准了 看auto_tlrc命令 2007-03-19 17:22 新皮层 溅出的水花儿： 但是据个人经验,使用auto_tlrc要慎重, 完成之后最好手动检查一下对齐效果 2007-03-19 18:05 cell 溅出的水花儿： 嗯 在做auto_tlrc之前最好还是手动校正一下,能自己去头皮最好 另说句玩笑话: 用SPM做,你连手动的机会都没有 用AFNI至少能监控一下_ 2007-03-21 08:25 cell 溅出的水花儿： 1.利用AFNI数据转换 i%26X k Cv(vXX2 首先使用afni的三维数据重建: to3d -time:tz 177 20 2s altplus * 生成+orig文件 j_8mES6 然后: 3dAFNItoAnalyze -4D -orient LPI *epi+orig L%26gt;lAv7%26gt;3 将生成*.hdr与*.img文件. (*代表你所用的任意文件名) 0c:(a/Pm3 这里的LPI是要根据你采集数据的三个方向来定的 注重 最好一开始就搞清楚 否则后患无穷 2007-03-21 08:26 新皮层 溅出的水花儿： 对,方向问题很重要. 现在有些实验室在大脑一侧放置鱼肝油来帮助确定方向. 不然还真不好分清. 2007-03-26 05:15 micphone 溅出的水花儿： 支持！ 2007-04-02 20:13 eurostar 溅出的水花儿： very good discussion! 2007-04-11 19:40 爱恨情愁 溅出的水花儿： 支持！ 2007-04-18 03:24 whtuye 溅出的水花儿： 谢谢分享！ 3T GE使用MRIcro转换DICOM成ANALYZE也是一样的（SPM）处理 不过PHILIPS就不一样了 2007-05-02 00:34 sunboy4554 溅出的水花儿： 要是有截图就更好了 辛劳啦 2007-05-03 20:43 hyuniv 溅出的水花儿： 好问一顶要顶 2007-05-12 15:19 binggo 溅出的水花儿： 呵呵，顶顶 2007-05-12 17:48 candy 溅出的水花儿： AFNI做的也是FMRI吗?AFNI与SPM两者的区别是什么啊?请指教一下啊 2007-05-14 09:38 yangqiu 溅出的水花儿： 支持原创 2007-06-05 19:19 cell 溅出的水花儿： 等忙完了这段时间的答辩,得好好写写AFNI的操作流程 2007-06-05 22:19 netlab 溅出的水花儿： 总版的这个决心一定要大力支持, 使劲儿顶! 2007-06-06 00:33 pp06 溅出的水花儿： 学习中 2007-06-11 17:01 eurostar 溅出的水花儿： Quote:引用第15楼candy于2007-05-14 09:38发表的 : AFNI做的也是FMRI吗?AFNI与SPM两者的区别是什么啊?请指教一下啊 see this link: 2007-06-11 19:56 mwm_mwm 溅出的水花儿： 支持免费！ 2007-06-12 00:06 sas2007 溅出的水花儿： 感谢分享 2007-07-09 01:34 cell 溅出的水花儿： 可用auto_align自动配准 2007-07-30 08:33 pp06 溅出的水花儿： up up up 2007-07-30 15:23 yangfeng 溅出的水花儿： 严重支持 2007-08-16 17:13 fc20072007 溅出的水花儿： 顶啊，顶啊 2007-08-19 19:08 luoli11 溅出的水花儿： 希望有时间也可以翻文章给大家，英文看的好累的说。 2007-08-22 12:12 mike76462001 溅出