药物靶点和疾病靶点研究

药物相关数据库 分子靶点筛选数据库 疾病相关数据库 基因相关数据库 ReceptorReceptorReceptorReceptor（GPCRGPCRGPCRGPCR） Enzyme Enzyme Enzyme Enzyme （KinaseKinaseKinaseKinase） Ion ChannelIon ChannelIon ChannelIon Channel NucletideNucletideNucletideNucletide OthersOthersOthersOthers 药物靶点药物靶点 药物靶点情况 激酶活性检测-药物靶点筛选 BPSBPSBPSBPS BPS给您展示最全的激酶的底 物、磷酸化底物的精确位点， 最短活性多肽序列，参考Km 值，PH，温度、抑制剂等详细 信息。 - 药物靶点筛选药物靶点筛选 - - - - 设计高通量筛选方法设计高通量筛选方法 “BPS生物医药系统”（数据库检索系统）拥有 独一无二的专利信息 BPS拥有专业人员收集于大量相关文献的专利激酶底物信息，数量远远超过目前已有的 各种激酶信息库：收录 人类已发现的激酶706个，底物信息6583条 376376376376个人类激酶拥有多肽底物个人类激酶拥有多肽底物 75757575个激酶有其它底物个激酶有其它底物 706706706706个人类激酶个人类激酶 Kinase/Substrate Pairs Number: 6583658365836583 各大公司激酶活性检测信息量对比 BPSBPSBPSBPS系统系统 激酶数据库 包含4部分： 详尽的激酶底物信息 包含：激酶底物（Substrate），底物多肽序列，磷酸化位点，磷 酸化位点氨基酸残基种类，底物基因/mRNA/蛋白 ID， PubMed 参考文献ID（PMID）等。 包含激酶磷酸化反应参数和反应条件 包括：激酶别名，Km值，IC50值，Kcat值，激酶抑制剂，反应温 度，金属离子，辅助因子，参考文献等。 BPSBPSBPSBPS has has has has moremoremoremore information than any other information than any other information than any other information than any other sourcesourcesourcesource： The current most reliable and used Kinase reference: Manning G. 2002 Science, 298:1912-1934, “The Human Kinome” (published by SUGEN Inc.), focuses only on 518 kinases, and does not address downstream networks. 618618618618 Kinase Kinase Kinase Kinase OrtherOrtherOrtherOrther database: database: database: database: BPS has has has has moremoremoremore information: information: information: information: KinaseKinaseKinaseKinase Enzymes:Enzymes:Enzymes:Enzymes: 706706706706 ProteinProteinProteinProtein Substrates:Substrates:Substrates:Substrates: 4332433243324332 PeptidePeptidePeptidePeptide Targets:Targets:Targets:Targets: 5839583958395839 In addition, BPS also contains 200 atypical or yet unclassified kinases other than commonly studied kinases and downstream targets. BPS search engine bases on a database containing more kinase with substrates or target sites than any other database. 蛋白酶/肽酶活性检测-药物靶点筛选 BPSBPSBPSBPS BPS可以让您轻松了解蛋白酶的底物，多肽序列，裂解位点，裂解反应 发生过程和抑制反应及参数。 最全的蛋白酶活性反应参数库 27,891 条底物多肽（氨基酸序列）底物多肽（氨基酸序列） 24,225 个活性位点活性位点 1,000 个有活性底物的蛋白酶有活性底物的蛋白酶 27,891 对蛋白酶底物对（蛋白酶底物对（Protease/Substrate Pair)Protease/Substrate Pair) 精确的蛋白酶活性参数 包含：蛋白酶、底物名称，底物蛋白ID、底物的分子序列、 裂解位点、多肽氨基酸序列、活性位点处的氨基酸残基范围、 参考文献等。 最全的蛋白酶/肽酶信息 包含3部分：底物、抑制剂和抑制常数 MiRNA靶点和信号转导 信号转导信号转导疾病调控疾病调控 靶点基因靶点基因 miRNAmiRNAmiRNAmiRNA 最全的miRNA靶点 高达 879,049 条miRNA靶点信息 P值筛选，靶点基因更可靠 批量查询和一键导出到Excel，分析更容易 此外，可检索miRNA的信号转导、miRNA与 肿瘤的关系等，让科研更轻松 5个miRNA数据库的集合 包含5部分： SNP位点筛选 从百万SNP位点中挑选特定疾病相关的 SNP位点 挑选特定基因相关的SNP位点 挑选特定信号转导相关的SNP位点 挑选特定药物相关的SNP位点 BPS可筛选特定SNP位点集合 人类有300万SNP 与疾病有关的SNP与某一信号转导有关与某种药物有关与某一基因相关 如：EGFR/ERBB 信号转导通路 如：KIT基因相关 SNP 如：infliximab相 关SNP 如：肿瘤 您需要研究的也许只是其 中一小部分。 全基因组大规模的筛选显然是耗 时耗力！ BioPham生物医药系统（BPS）的特色 和优势 1. 精确性 2. 快捷性 3. 支持批量数据查询 4. 支持一键导出到Excel功能 5. 支持多类型关键字查询: 丰富的检索类别 6. 专业词汇注释系统 7. 浏览功能（Browse） 8. 直观的操作界面 9. 明确的医药关联信息 10. 文献支持功能 11. 最全的药物/疾病靶点库 12.快捷的药物信息查询 13. 轻松查询的基因组信息 1. 精确性 BPSBPSBPSBPS系统具有精确性：系统具有精确性： 也许很多老师和同学会有这样一个疑问：那就是BPS系统上有的信息， NCBI上都有。那BPSBPSBPSBPS系统系统系统系统有什么优势呢？ 我的回答是：是的，NCBI上有远远大于BPS数据库系统的生物医药学信 息。但是，用过NCBI的同学和老师应该有这样的感受，那就是由于NCBI 上海量信息的存在，往往让我们无从下手，我们很难从它里面快速准确 地找到我们所需要的精确的信息。 BPS的优势：精确性 举个简单的例子：在NCBI上我们要查找 人的ABL1基因信 息，检索NCBI检索的结果会出现很多ABL1， Abl1， abl-1。等其他物种的基因结果，以及 人的ABL2， BCR，GRB2，CABLES1等似是而非的结果。，然后我们 必须从中选择正确的结果，点击进去，看到的是一大堆信 息，如核酸序列信息，文献信息，蛋白信息，相互作用信 息，无数的超链接,等等. 加上大量数据库定义的编号，专业词汇，我估计大家要看 完这一页，怎么说也得要几十分钟。这跟读大半篇英文文 献没什么区别了。 BPS的优势：精确性 但也许我们只想查找这个基因有几个蛋白产物， 有哪些功能，与什么疾病有关而已。而我们得到 的结果却似是而非；也许这些它都提供了，但我 们却很难轻松地找出来。 这样的方式查找一个两个基因还行，要是有几百 个，上千个基因呢？ 同样的现象也会出现在其他 医药信息的查询中。 对于咱们国内的老师和同学来说，这是否意味着 一种巨大的时间和精力的浪费呢。 BPS的优势：精确性 而而BPSBPSBPSBPS系统系统却可以精确的查到您需要的信息：您却可以精确的查到您需要的信息：您 可以只查找可以只查找 EGFREGFREGFREGFR，而不会出现，而不会出现EGFEGFEGFEGF，ERBB2ERBB2ERBB2ERBB2 等干扰信息。等干扰信息。 您可以只检索基因的名称，也可以只检索基因的您可以只检索基因的名称，也可以只检索基因的 别名，您可以只核酸序列编号别名，您可以只核酸序列编号, , , , 也可以只查找蛋也可以只查找蛋 白序列编号，或者染色体编号等。白序列编号，或者染色体编号等。 您可以查找与这个基因有关的有哪些疾病，也可您可以查找与这个基因有关的有哪些疾病，也可 以只查找与某一疾病有关的特定基因。以只查找与某一疾病有关的特定基因。 这就是BPS系统的精确性-犹如浩瀚医药信息海洋中的GPS系 统，对生物医药学信息进行精确定位。 2.快捷性 BPSBPSBPSBPS系统系统具有快捷性：具有快捷性： 也许很多同学和老师也许都有过这种感受：也许很多同学和老师也许都有过这种感受： 在在NCBINCBINCBINCBI， EBIEBIEBIEBI等生物信息学网站上查找某一等生物信息学网站上查找某一 信息，往往受限于这些网站的网络速度、国内出信息，往往受限于这些网站的网络速度、国内出 境网络带宽限制和数据库反应时间，导致查询速境网络带宽限制和数据库反应时间，导致查询速 度缓慢。查找一个基因的功能就要半分钟甚至更度缓慢。查找一个基因的功能就要半分钟甚至更 多。如果查询的几百个上千个基因或其他大量生多。如果查询的几百个上千个基因或其他大量生 物医药学信息时，这种缓慢的速度就难以让人忍物医药学信息时，这种缓慢的速度就难以让人忍 受了。受了。 此外这些网站还有一些连接限制措施，以防止用此外这些网站还有一些连接限制措施，以防止用 户的过度访问，这也也导致了批量信息查询的相户的过度访问，这也也导致了批量信息查询的相 对困难。对困难。 BPS的优势：快捷性 BPSBPSBPSBPS系统系统内置了最新的必要的生物医药数据信内置了最新的必要的生物医药数据信 息，相当于在本地内置了一个小型的息，相当于在本地内置了一个小型的NCBINCBINCBINCBI数据数据 库系统，查询起来方便快捷，不需要通过连接网库系统，查询起来方便快捷，不需要通过连接网 络等方式进行数据传输，也不受限于远程数据库络等方式进行数据传输，也不受限于远程数据库 的连接限制，任何数据查询都是在几秒以内。的连接限制，任何数据查询都是在几秒以内。 3. 支持批量数据查询 BPSBPSBPSBPS系统系统支持用户进行批量查询。用户可以同时支持用户进行批量查询。用户可以同时 查询几百个基因，几百种药物，或者几百条信号查询几百个基因，几百种药物，或者几百条信号 转导通路转导通路. . . .等。等。 只需要提供一个要查询信息的列表（如基因名称只需要提供一个要查询信息的列表（如基因名称 列表，药物名列表，药物靶点名称列表，基因列表，药物名列表，药物靶点名称列表，基因IDIDIDID 列表，列表，miRNAmiRNAmiRNAmiRNA列表列表）轻松点击鼠标就能自动）轻松点击鼠标就能自动 查询列表内所有项目，而不需要一个一个手动的查询列表内所有项目，而不需要一个一个手动的 输入查询。输入查询。 4. 支持一键导出功能 一键导出（一键导出（One-Key Export)One-Key Export)One-Key Export)One-Key Export)功能功能: : : : 研究人员查询到了数据结果之后，往往需要将查研究人员查询到了数据结果之后，往往需要将查 询的所有结果保存下来，进行深入分析。询的所有结果保存下来，进行深入分析。 BPSBPSBPSBPS系统系统可以将查询出来的结果一键导出到可以将查询出来的结果一键导出到 ExcelExcelExcelExcel文档中，供研究人员方便的进行数据分文档中，供研究人员方便的进行数据分 析，统计、排列查询结果，找出最有用的信息。析，统计、排列查询结果，找出最有用的信息。 5. 支持多类型关键字查询: 丰富的检索类别 BPSBPSBPSBPS系统系统可以更换查询关键字为各种类型：可以更换查询关键字为各种类型： 例例1 1 1 1： 在在基因与疾病关系数据库基因与疾病关系数据库中，研究人员既可以通中，研究人员既可以通 过基因名，查询哪些疾病与之相关，也可以通过过基因名，查询哪些疾病与之相关，也可以通过 基因基因IDIDIDID（Gene IDGene IDGene IDGene ID） ，孟德尔遗传变异疾病编，孟德尔遗传变异疾病编 号（号（Omim IDOmim IDOmim IDOmim ID）等方式来查询哪些疾病与之有）等方式来查询哪些疾病与之有 关联。甚至可以通过参考文献编号来查询哪些基关联。甚至可以通过参考文献编号来查询哪些基 因或疾病与之相关。反之亦然。因或疾病与之相关。反之亦然。 BPS的优势：丰富的检索类别 例例2 2 2 2： 在在基因与单核苷酸多态性位点（基因与单核苷酸多态性位点（SNPSNPSNPSNP）的关系）的关系数据数据 库中，研究人员可以通过库中，研究人员可以通过单核苷酸多态性位点编号，单核苷酸多态性位点编号， 基因名，基因号，基因基因名，基因号，基因mRNAmRNAmRNAmRNA序列编号，染色体，序列编号，染色体， 孟德尔遗传变异疾病编号，文献编号孟德尔遗传变异疾病编号，文献编号中的任意一项的中的任意一项的 关键字来查询其他几项的相关信息。反之亦然。关键字来查询其他几项的相关信息。反之亦然。 6. 专业词汇注释系统 BPSBPSBPSBPS系统系统具有生物医药行业的专业词汇注释具有生物医药行业的专业词汇注释 系统，可以帮助科研工作者理解各种专业性系统，可以帮助科研工作者理解各种专业性 术语。术语。 例如：例如： Official SymbolOfficial SymbolOfficial SymbolOfficial Symbol，没有生物信息学背景的人很难，没有生物信息学背景的人很难 理解这样的术语。在理解这样的术语。在BPSBPSBPSBPS系统中，它被系统中，它被Gene Gene Gene Gene NameNameNameName取代，从而让大部分人都能看明白：这就是取代，从而让大部分人都能看明白：这就是 指代一个基因的简称，或直接叫基因名。但在指代一个基因的简称，或直接叫基因名。但在BPSBPSBPSBPS系系 统中，统中， Official Symbol/Entrez Gene Official Symbol/Entrez Gene Official Symbol/Entrez Gene Official Symbol/Entrez Gene Symbol/Approved Symbol/Entrez Gene Symbol/Approved Symbol/Entrez Gene Symbol/Approved Symbol/Entrez Gene Symbol/Approved Symbol/Entrez Gene NameNameNameName被标注在右边的注释系统（被标注在右边的注释系统（AbbreviationAbbreviationAbbreviationAbbreviation） 内，以供研究人员参考。内，以供研究人员参考。 7. 浏览功能（Browse） BPSBPSBPSBPS系统系统为方便研究人员了解本系统内信息的结为方便研究人员了解本系统内信息的结 构，方便查询，特意设置了一个浏览构，方便查询，特意设置了一个浏览 （ BrowseBrowseBrowseBrowse）选项。科研人员可以点击这个选）选项。科研人员可以点击这个选 项，先浏览系统内的生物医药学信息结构，通过项，先浏览系统内的生物医药学信息结构，通过 示例信息的演示，了解输入关键词查询的类型，示例信息的演示，了解输入关键词查询的类型， 从而轻松使用从而轻松使用BPSBPSBPSBPS系统系统检索得到自己感兴趣的内检索得到自己感兴趣的内 容。容。 8. 直观的操作界面 BPSBPSBPSBPS系统系统是目前为止首个可以通过直观界面就能是目前为止首个可以通过直观界面就能 分析大量生物医药学数据的信息系统。分析大量生物医药学数据的信息系统。 也是首个专注于阐述疾病，药物和基因组之间相也是首个专注于阐述疾病，药物和基因组之间相 互关系的信息系统。互关系的信息系统。 涵盖了目前已知的所有靶向医药领域涵盖了目前已知的所有靶向医药领域 也是最易使用的功能基因组分析工具。也是最易使用的功能基因组分析工具。 BPS的优势：直观的界面，简单的操作 在生命科学领域，揭示药物，疾病与基因之间的关联 信息是至关重要的。 然而，至今尚未有一种工具可以对海量的生物医药学 数据进行专业性的关联分析和查找。在大多数情况 下，研究人员不得不学习一些晦涩的编程语言（如 Perl语言，R语言）和使用一些复杂的生物学软件， 以便分析和整理这些数据。这些工作既耗时又耗力， 且不易被研究人员理解和使用。 BPS的优势：直观的界面，简单的操作 应用1： 在人的约3万个基因中，基因芯片检测出来的差异表达基因往往 会有成百上千个。要分析这些基因的功能（Gene- Ontology），归纳这些基因主要发挥的哪些作用（富集分析 Enrichment），主要的致病机制(Pathway)等信息时，研究人 员往往不得不花费大量时间（315日），通过各种专业计算机 程序代码（R语言，Perl语言等）来获得他们想要的查询结果。 而通过而通过BPSBPSBPSBPS系统系统，只要接触过基本的生物医药学知识，任何人，只要接触过基本的生物医药学知识，任何人 都能轻松的查询并得到这部分信息。都能轻松的查询并得到这部分信息。 BPS的优势：直观的界面，简单的操作 应用2： 人大约有300万个SNP（单核苷酸多态性位点）。哪 些SNP是肺癌相关的？致病基因中哪些可能包含这些 SNP位点并导致疾病的发生？ 在面对大量的SNP位点信息时研究人员往往束手无 策。而检测所有的SNP位点的费用却又极其高昂。筛 选出最有可能的那部分位点进行基因检测将是SNP基 因分型研究的最佳选择。 BPSBPSBPSBPS系统系统可以通过简单的点击，帮您解决烦恼！可以通过简单的点击，帮您解决烦恼！ BPS的优势：直观的界面，简单的操作 BPSBPSBPSBPS系统系统是是自助生物信息学分析工具自助生物信息学分析工具： 由于由于BPSBPSBPSBPS系统系统 直观简单的操作性，任何一个具备生直观简单的操作性，任何一个具备生 物医药学基础知识的研究人员都可以自己进行生物信物医药学基础知识的研究人员都可以自己进行生物信 息学分析，如信号通路分析（息学分析，如信号通路分析（ PathwayPathwayPathwayPathway），基因功），基因功 能分析（能分析（Gene OntologyGene OntologyGene OntologyGene Ontology），），MicroRNAMicroRNAMicroRNAMicroRNA靶点基靶点基 因和信号通路分析，基因集合（因和信号通路分析，基因集合（Gene Set Gene Set Gene Set Gene Set ）分）分 析，基因分型分析（析，基因分型分析（ SNPSNPSNPSNP位点分析），甲基化分析位点分析），甲基化分析 等，所以等，所以BPSBPSBPSBPS系统系统也是一个自助生物信息学分析工具。也是一个自助生物信息学分析工具。 9. 明确的医药关联信息 BPSBPSBPSBPS系统系统聚焦于研究人员最关注的医药学关联信息：聚焦于研究人员最关注的医药学关联信息： 如：如： 药物在体内作用于哪些基因受体药物在体内作用于哪些基因受体/ / / /靶点；靶点； 疾病的致病基因有哪些；疾病的致病基因有哪些； 药物筛选时应选哪些靶点，结合位点，检测底物；药物筛选时应选哪些靶点，结合位点，检测底物； 基因在哪条信号转导通路上；基因在哪条信号转导通路上； 药物药物/ / / /疾病主要与哪条信号传导机制相关；疾病主要与哪条信号传导机制相关； 基因上有哪些基因上有哪些SNPSNPSNPSNP位点（基因分型）；位点（基因分型）； MicroRNA MicroRNA MicroRNA MicroRNA作用的靶点基因是什么；作用的靶点基因是什么； 10. 文献支持功能 BPSBPSBPSBPS系统系统在大部分医药学信息库中都包含了科研文献支在大部分医药学信息库中都包含了科研文献支 持，研究人员可以通过查询持，研究人员可以通过查询BPSBPSBPSBPS系统系统获得相关文献的查获得相关文献的查 询信息，通过这个信息，可以在公共文献数据库如询信息，通过这个信息，可以在公共文献数据库如 PubMedPubMedPubMedPubMed （ /pubm/pubm/pubm/pubm ed/ed/ed/ed/）上找到相应的参考文献，从而进一步深入了解上找到相应的参考文献，从而进一步深入了解 相关领域的发展状况相关领域的发展状况，减少非相关文献的盲目阅读和查减少非相关文献的盲目阅读和查 找，找，极大缩短了极大缩短了课题研究所课题研究所需的时间需的时间，启发研究人员的，启发研究人员的 科学灵感，从而早日获得丰硕科研成果。科学灵感，从而早日获得丰硕科研成果。 11. 最全的药物/疾病靶点库 1. 最全的激酶底物信息数据库 2. 前沿的药物靶点库：肽