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消化道微生物群落分布及构成具有空间特异性。纵向来看,食管、胃、十二指肠、回肠、空肠和结肠的细菌群落构成及菌量存在差异,各部位细菌数目分别为1012、1045、1067、1078和101012CFU/ml;横向来看,胃液与胃黏膜菌群、粪便与大肠黏膜的菌群构成及数量不尽相同。消化道真菌群落虽然含量远远低于细菌群落,但同样是消化道微生物群落的重要组成部分。正常情况下,粪便中真菌细胞数为10103个/g,相应细菌群落含量较高,为10111012个/g。人类出生后数天或数周消化道内即出现真菌定植。早期基于培养方法的研究认为,70%健康人消化道内存在真菌,其中大部分为念珠菌和酵母菌等。因受到分类和鉴定方法的限制,有大量与人体相关的真菌仍然未知。一、食管早期基于细菌培养的研究认为,食管无菌或仅有少量暂住菌。目前少量针对食管细菌群落高通量测序分析的研究报道,正常食管菌群主要以链球菌属、普里沃菌属和韦荣球菌属为主,多来自于口咽部的定植细菌;食管菌群构成虽复杂但相对稳定,大部分食管内细菌已知并可培养。有学者将食管菌群构成分两型:型,见于正常食管黏膜,以链球菌属为主;型,见于食管炎和Barretts食管,以普里沃菌属、拟杆菌属、嗜血菌属和韦荣球菌属等革兰阴性厌氧菌/微需氧菌为主。型至型的转变可能导致食管炎症和肠化。二、胃、十二指肠胃酸的酸度很高(pH2-3),以前认为胃内基本无活菌。但是目前少量基于微生物高通量测序的研究证实,胃内除幽门螺杆菌(H.pylori)之外仍有大量其他细菌种属,常见有链球菌、奈瑟球菌和乳酸菌属等。H.pylori与胃内其他菌群相互影响、相互作用,如乳杆菌、双歧杆菌和酵母菌属等益生菌种可以阻止H.pylori在胃黏膜的定植、黏附和生长。十二指肠内的细菌与胃类似。三、结肠、直肠结肠和直肠则有大量细菌,主要是类杆菌(Bacteroides)、双歧杆菌(Bifidobacterium)、大肠埃希氏菌、乳杆菌、铜绿假单胞菌、变形杆菌(Proteus)、梭菌(Clostridium)等。1克干粪含菌总数在4千亿个左右,约占粪重的40%,其中99%以上是厌氧菌。肠道菌群受饮食、年龄等因素影响很大。多食蛋白质的人,大肠埃希氏菌生长旺盛;以吃淀粉为主的人,乳杆菌较多。哺乳期婴儿的肠道菌群主要是双歧杆菌,占总菌数的90%左右;随着成长,双歧杆菌下降,类杆菌、乳杆菌、梭菌等逐渐增多。婴儿刚出生时肠道是无菌的,1-2小时后就有菌出现。开始时菌种和数量少,随后逐步增多。先定殖的是需氧菌,然后是厌氧菌。因前者生长繁殖需消耗周围微环境中的游离氧,这有利于厌氧菌的繁殖。此过程约1周左
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