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文档简介
基于结构的虚拟筛选与Maestro的使用,朱孔凯2015-7-22,药物发现面临的挑战,化学空间,1020类药化合物,生物空间,104105蛋白,药物发现,先导化合物,药靶,正确的小分子+正确的药靶,高通量筛选VS虚拟筛选,优点:可进行大规模(上百万分子)筛选。缺点:费钱;有些体系不适合;命中率低。,晶体结构,已知,未知,基于配体的方法,基于结构的方法,分子对接,已有活性化合物,相似性搜索,药效团模型,机器学习,没有活性化合物,常用的分子对接程序有DOCK,AutoDOCK,Glide,Gold等。,Maestro,登陆:(Putty、Xshell),Maestroisthegraphicaluserinterface(GUI)forallSchrdingersoftware.,Prime-蛋白质结构预测;Glide-配体-受体分子对接;Liaison-预测结合与亲和力;Qsite-研究蛋白质活性区域内的反应机制(QM/MM);Phase-作基于配体的药效建模;QikProp-用于候选药物的ADME性状预测;LigPrep-用于小分子配体的准备;Epik-对生物环境中的配体质子化状态做精确枚举;Jaguar-高性能初始量子力学组件;MacroModel-应用于材料及生命科学等的化学研究;Strike-用于检查组织性能关系的化学方法统计程序;,分子对接(Glide),分析对接结果,ApplicationsG
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