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在HPLC中的应用降低三氟乙酸用量，改善质谱分析 在反相色谱分离多肽和蛋白质的实验中，使用三氟乙酸 (TFA) 作为离子对试剂是常见的手段。流动相中的三氟乙酸通过与疏水键合相和残留的极性表面以多种模式相互作用，来改善峰形、克服峰展宽和拖尾问题。三氟乙酸与多肽上的正电荷及极性基团相结合以减少极性保留，并把多肽带回到疏水的反相表面。以同样的方式，三氟乙酸屏蔽了固定相上残留的极性表面。三氟乙酸的行为可以理解为它滞留在反相固定相的表面，同时与多肽及柱床作用，这已在 Vydac Advances for Spring, 1997 中得到了报导 。 三氟乙酸优于其他离子修饰剂的原因是它容易挥发，可以方便地从制备样品中除去。另一方面，三氟乙酸的紫外最大吸收峰低于 200nm ，对多肽在低波长处的检测干扰很小。 改变三氟乙酸的浓度，可以细微地调整多肽在反相色谱上的选择性。这一影响对于优化分离条件、增大复杂色谱分析（如多肽的指纹图谱）的信息量是非常有益的。 三氟乙酸添加在流动相中的浓度一般为 0.1% ，在这个浓度下，大部分的反相色谱柱都可以产生良好的峰形，当三氟乙酸浓度大大低于这个水平时，峰的展宽和拖尾就变得十分明显。 LC/MS 液质联用 在过去的十年中，反相色谱与电喷雾质谱联用已成为多肽和蛋白质的分子量测定和结构分析的重要工具。然而，含有三氟乙酸的流动相对离子的产生具有抑制作用，一定程度上降低了液质联用技术的灵敏性和分析可靠性。这种抑制作用可以通过柱后加成技术部分地克服，但将使色谱系统极大地复杂化。将流动相中三氟乙酸的浓度降低 10 倍可以消除这种抑制作用，但同时也会造成色谱分析质量的降低。 Vydac 公司开发了三种液质联用专用反相色谱柱，在使用较低浓度的三氟乙酸时，仍可以得到对称性好、柱效高的多肽和蛋白质色谱峰。这些柱子基于 Vydac 公司品质卓越的高纯硅胶（ 300A）及 C18 和 C4 键合相，并通过专利的硅胶处理技术大大减轻了对 TFA 的依赖。 二种可选的 C18 反相填料 - 多元键合型和单体键合型，具有细微的选择性差异。在复杂样品，如蛋白质消化物的分离时，这种差异有助于优化分离效果或提供二套特征峰的位置。对于某些样品，特别是蛋白质消化物在 Vydac 液质联用专用反相色谱柱上的分离，在流动相中仅添加乙酸而不使用三氟乙酸就能够获得出色的分离效果。关于在单体键合 C18 液质联用色谱柱上的分离及以乙酸作为流动相改
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