获得lammps data文件的几种方法_第1页
获得lammps data文件的几种方法_第2页
获得lammps data文件的几种方法_第3页
全文预览已结束

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

1、获得lammps data文件的几种方法 方法一 最近看到有关lammps中data文件的写法的提问，由于lammps自己产生初始坐标文件的能 力和每一个人要模拟的方向不同，因而许多初始坐标要求自己写成data文件，lammps对于 读入的data文件有自己的格式要求，所以当格式不符合要求时候会报错，我把自己的一点 关于data文件的写法心得总结一下，供大家参考 1.首先可以先仔细阅读手册中关于data文件的章节，真正明白data文件的格式及其用法 2.可以先模拟例子中和自己领域相关的例子，用restart命令达到可以继续计算的 *.rastart文件，在lammps的工具文件夹中有resta

2、rt2data工具，可以看看手册，怎么使 用这个工具，然后吧*.restart文件转化成data文件，这个文件是可以看到格式的，严格 按照这个格式修改自己写的data文件，这样就ok了 方法二 我仔细看了readme以及各位前辈有关msi2lmp工具的使用心得，按照步骤一步一步来的。 按照以下顺序来的： 1.直接把msi2lmp.exe拷贝到指定文件夹下 2.在ms中建立好结构模型后，在ds模块或者forcite模块中指定力场类型，如对xxx结构 指定为cvff力场，export结构保存为.car格式，同时自动有.mdf格式的文件生成 3.将xxx.car和xxx.mdf文件拷贝到msi2lm

3、p.exe所在的文件夹，并将 tools/msi2lmp/biosym_frc_files文件中对应的力场文件拷贝到这个文件夹中（如上面的 cvff.frc） 4.在这个文件目录下，通过终端命令行./msi2lmp.exe xxx -class i -frc cvff data.xxx 运行程序，运行成功生成data.xxx文件和xxx.lammps05文件，data.xxx是空的可以直接 删除，数据在xxx.lammps05文件中 但是我执行这个终端命令行，服务器却说是msi2lmp.exe permission denied，只有data.xxx 生成，没有xxx.lammps05文件。不

4、知道是什么原因？我在指定力场的时候是直接将所有原 子的property中的forcefieldtype 指定为cvff，没有用模块，这样是不是不行啊？如果 需要用模块指定力场，是不是要简单运行一下啊？ 回复：你没有执行msi2lmp.exe 的权限 更改文件的使用权限即可 回复：除了xy_zuo说的 可能你指定力场的时候也有问题 不知道你说的“直接将所有原子的property中的forcefieldtype 指定为cvff”是 1，直接把forcefieldtype的值改为“cvff”？ 2，还是改为cvff力场中对应原子的力场类型？ 如果是1，那基本上等于没有指定力场，这时你应该在forcite中设置 在calculate中先把力场选好，然后在对应力场的more选性中auto指定就可以了 property窗口用来

人人文库> 全部分类> 生活休闲 > 科普知识

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论