微生物的分类与鉴定

1、Chap.12 微生物的分类和鉴定,3 各大类微生物的分类系统纲要,Chap.12 微生物的分类和鉴定,微生物分类学（microbial taxonomy,分类:在研究微生物相似性的基础上，把每一微生物编 排在一定的分类单元中，制定出检索表,鉴定：运用现代分类系统，通过具体菌株描述，给 未知物一个具体的分类位置,命名：按照国际命名法规，给每个新的分类群一个 新的学名,一）种的概念,种(species)：微生物的基本分类单位，具有许多共 同特征的菌株的集合,典型菌株（type strain） 模式种（type species） 亚种 型、菌株,1 通用分类单元,细菌新种发表的要求 1）在IJSB

2、上发表 2）国内发表应送副本给IJSB编辑，以获 有效目录公布 3）提供模式种 4）符合命名法规要求 5）符合优先律,菌种保藏中心与菌种目录 ATCC：美国典型菌种保藏中心 CCTCC：中国典型菌种保藏中心： -下设：CCGMC、ACCC、CICC、 CMCC等6个中心 -菌种目录及菌种保藏和购买,二、学名的命名及有关法规,双名法：Bacillus subtilis 三名法： Acetobacter pasteurianus subsp. pasteurianus 名字的应用： Bacillus subtilis CMCC 63501 Bacillus subtilis Cohn 1874 B

3、acillus sp. Bacillus spp. 缩写：B . subtilis,2 微生物在生物界的地位 五界系统,三域学说,真核生物起源的内共生学说,古细菌生物学特征,3 各大类微生物的分类系统纲要,一、细菌、古生菌分类系统纲要 Bergeys Manual of Systematic Bacterialogy1,2版 Bergeys Manual of Determinative Bacterialogy 19版,1.古生菌：系统手册 （二版） 原核生物 -古生菌界（2门63属208种） -泉古生菌门 -广古生菌门 -细菌界,2.细菌的分类 系统手册 （一版，19841989年，共4卷

4、） 卷 类型 群（Section） 主要代表 Vol. 1 G- 111 section 肠杆菌，假单孢菌， Vol. 2 G+ 1217 section 芽孢杆菌，梭菌， Vol. 3 古生菌等 1825 section 甲烷菌，嗜盐菌， 光合细菌 Vol. 4 产孢放线菌 2633 section 链霉菌,3.真菌（Fungi）的分类系统 Ainsworth系统 The fungi , Ainsworth, 1973 Ainsworth and Bisbys Dictionary of the Fungi -7版，1983年，Hawksworth -8版，1995年， Hawksworth

5、,书355,一、经典分类鉴定方法（生理生化为主，形态为辅,通常指长期以来，在常规鉴定中普遍采用的（形态、 生理、生化、生态、生活史、血清学反应等指标,传统分类的细菌鉴定程序,细菌自动鉴定系统,API数值鉴定系统 BBL鉴定系统 Biolog鉴定系统,程序： 1、辅助特征 2、培养菌悬液加入生化反应板培养自动扫描 自动鉴定打印结果,二、现代分类鉴定方法,细菌化石,二、现代分类鉴定方法,1微生物遗传型的鉴定,1）DNA碱基比例的测定 （G+C）mol,G+C)mol%值只能做否定判断,G+C）mol%值差别5，属不同的种； 差别10，属不同的属,2） 核酸分子杂交法,DNA-DNA分子杂交原理：D

6、NA分子解链的 可逆性和碱基配对的专一性,DNA-DNA杂交（固相杂交法,单链DNA（待测菌株） 转硝酸纤维素膜 加入放射性标志参照菌DNA（单链） 洗去未杂交DNA 闪烁计数器计数测定放射强度,结论： 1. DNA同源性 60% （同种） 2. DNA同源性 70% （同亚种） 3. DNA同源性60 70% （不同亚种） 4. DNA同源性20 60% （同属,16s rRNA分析作为细菌进化的 计时器,生物共有的 一定的信息量（1542个核苷酸） 一定的保守性 便于比较研究,4）16s rRNA核苷酸序列分析,DNA-PCR法 提取DNA PCR扩增16SrRNA PCR产物纯化分析 1

7、6SrRNA序列测定 递交Genbank检索,相似性结果的一般判断,1. SAB95 % 同种 2. SAB为8595% 同属 3. SAB85 % 不同属,2细胞化学组分的鉴定（放线菌,细胞结构 成分 壁 肽聚糖、化学组分 膜 枝菌酸（棒杆菌酸；分枝菌酸） 甲基萘醌 全细胞 水解糖类,1.细胞壁化学类型（分为9种类型,氨基酸：DAP（二氨基庚二酸） 、Gly、Lys、Asp、Orn -糖类：阿拉伯糖、半乳糖,2）全细胞水解液的糖型,糖类型 特征糖类 A 半乳糖、阿拉伯糖、 B 马杜拉糖 C 无特征糖类 D 木糖、阿拉伯糖 E 半乳糖,3数值分类法（统计分类法,相似系数的计算,1）菌株选择（OUT操作分类单位） （2）选择实验项目 （3）数字