新版PubMed文献检索【专业教育】

1、第一节 PubMed,2,4.1.1 PubMed概述,3,PubMed概述,什么是PubMed？ PubMed的发展过程 PubMed的收录范围 PubMed的记录来源 PubMed的常用字段,4,什么是PubMed,生物医学研究领域应用最广泛也最重要的数据库，由美国国立卫生研究院（NIH）下属的美国国立医学图书馆（NLM）的国家生物技术信息中心（NCBI）开发、维护 面向全世界免费提供最新的生物医学信息 每周5天更新数据，检索功能完善，使用方便 整合在NCBI的统一检索平台Entrez上，与该平台其他数据库建立无缝链接，可实现跨库检索 /

2、PubMed,5,6,PubMed发展过程,1997,1983,1971,1879,6,PubMed的收录范围,收录全世界80多个国家5200多种生物医学期刊的文摘及题录数据 绝大部分可回溯至1948年，最早回溯至1865年 累积了1900多万条文献记录 部分文献可直接获取全文，包括： PubMed Central (PMC，收录期刊780余种)：NLM开发的免费生物医学数字化期刊全文数据库 开放获取（Open Access，OA）期刊 部分出版商提供的免费文献 与出版商的电子期刊文献同步发布，标注为Epub ahead of print（先于印刷版期刊发表的电子文献）或Epub,7,PubM

3、ed的记录来源,Medline：PubMed主体部分 PubMed-indexed for MEDLINE In-process citations： 尚未进行MeSH主题词标引的最新文献 PubMed-in Process Publisher supplied citations：出版商提供，但不被Medline收录的文献 PubMed - as supplied by publisher OLDMEDLINE：部分1966年以前出版且未被MEDLINE收录的文献 PubMed-OLDMEDLINE,8,PubMed记录的主要字段,字段标识：字段名称 AB：Abstract AD：Affil

4、iation ALL：All Field AU：Authors 1AU：First Author FAU：Full Author Name LASTAU：Last Author PMID：PubMed Unique Identifier CY：Country DP：Publication Date EDAT：Entrez Date GS：Gene Symbol GN：Grant Number,字段标识：字段名称 IS：ISSN LA：Language MH：MeSH Terms MAJR：MeSH Major Topic SH：MeSH Subheadings PT：Publication T

5、ype SO：Source TA：Journal Title TI：Title TW：Text Words UID：Unique Identifiers NM：Substance Number TIAB：Title/Abstract,9,4.1.2 PubMed的检索方法,10,4.1.2 PubMed的检索方法,基本检索 自动词语匹配检索 著者检索 期刊检索 短语精确检索 截词检索 字段限定检索 布尔逻辑检索,高级检索 检索史 组合检索 检索限定 索引检索 主题词检索 期刊数据库检索 单篇引文匹配器 临床查询 专类查询,11,PubMed主页面,基本检索,高级检索,登录 My NCBI,12

6、,自动词语匹配检索(Automatic Terms Mapping,输入有实际意义的检索词，点击“Search”，系统按照自动词语匹配的原理进行检索 PubMed最具特色的检索功能之一 智能化的检索过程 基本原理：对输入的检索词，首先在多个索引词表进行搜索、比对，并自动转换为相应的MeSH主题词、著者或刊名，再将检索词在all fields（所有字段）中检索，并执行“OR”逻辑运算。如有多个检索词或短语词组，则继续将其拆分为单词后分别在all fields（所有字段）中检索，单词之间的逻辑关系为“AND” Search Details框详细显示自动词语匹配的实际检索式 有较好的查全率，同时保证

7、一定的查准率,13,例如，查找阿司匹林防治心肌梗死的文献，最简单的方法是在检索框中直接输入heart attack aspirin三个词，系统即进行自动词语匹配检索，Detail栏目显示PubMed实际执行的检索式为 (myocardial infarctionMeSH Terms OR (myocardialAll Fields AND infarctionAll Fields) OR myocardial infarctionAll Fields OR (heartAll Fields AND attackAll Fields) OR heart attackAll Fields) AND

8、 (aspirinMeSH Terms OR aspirinAll Fields,14,著者检索,在检索框中输入著者姓名，PubMed自动执行著者检索 一般姓在前名在后，姓用全称，名用首字母 例如，输入Smith SR可检索出姓为Smith，名的首字母为SR的所有著者的文献 为提高查准率，可将著者与著者单位、主题等信息结合起来检索 2002年以后的文献，PubMed可实现对姓名全称的检索，而且姓名排列顺序不限 例如，输入Smith SR的姓名全称Steven R Smith，可检索出2002年以来该著者被PubMed收录的文献。 通过字段限定检索及组合检索可实现更精确的著者检索 例如，输入Sm

9、ith SR 1AU可检索出第一著者为Smith SR的所有文献,15,期刊检索,在检索框中输入期刊信息，PubMed自动检索出该期刊的文献： 刊名全称：如the American Journal of Pathology 标准的Medline刊名缩写：如Am J Pathol 期刊的ISSN号：如0002-9440， Am J Pathol ISSN号 当刊名与MeSH词相同时，PubMed默认将其作为MeSH词检索。为避免误检，可采用刊名字段限定检索 例如，Cell TA可检索出在期刊Cell被PubMed收录的所有文献 利用PubMed的Journals Database可查找期刊的详细

10、信息,16,短语精确检索,短语精确检索是将检索词加上双引号进行强制检索 短语精确检索时，PubMed关闭自动词语匹配功能，直接将该短语作为一个检索词进行检索，避免了自动词语匹配时将短语拆分可能造成的误检，可提高查准率 例如，输入“metabolic syndrome”, PubMed在所有可检索字段中查找含有短语词组metabolic syndrome的文献,17,截词检索,在检索词后加“*”可实现截词检索，以提高查全率 截词检索时，PubMed关闭自动词语匹配功能 例如，输入immun*可检索出immun开头的所有词语，如immunity, immunology, immune, immun

11、ological等,18,字段限定检索,字段限定检索的形式：检索词 字段标识 例如，leukemia TI可检索出篇名中含有leukemia的文献 myocarditis MAJR可检索出MeSH Major Topic为myocarditis的文献 字段限定检索可提高查准率,19,布尔逻辑检索,支持AND，OR，NOT布尔逻辑运算 逻辑运算符要大写 直接输入几个检索词，系统默认词之间是AND的逻辑组配关系 可以输入检索式的序号进行布尔逻辑运算，如#1 AND #3,20,PubMed高级检索页面,检索史,组合检索,检索限定,索引检索,临床咨询、专题咨询、主题词检索、期刊检索、单篇引文匹配器,

12、21,检索史（Search History,点击Search History，显示检索史，包括检索式序号、检索提问式、检索时间及检索结果数 单击检索式序号，显示Options选项，可执行AND, OR, NOT、Delete（删除检索式）、Go（直接检索）、Details（显示检索式详情）、Save in My NCBI（把检索式保存在My NCBI）等不同操作 检索史最多保留8小时,22,PubMed高级检索的检索史,点击检索式序号，显示Options选项,23,组合检索（Search by Author，Journal，Publication Date，and more,组合检索可以实现多

13、个字段的逻辑组配检索 默认在最近一次检索式的基础上进行字段限定检索，以提高查准率 检索时，先选择检索字段，输入检索词（点击Index显示该检索词的索引，帮助选词），再确定检索词的逻辑关系，默认为All of these（AND），也可以选Any of these （OR），点击Search，完成检索,24,举例：通过组合检索查找2000年以来美国路易斯安州Pennington Biomedical Research Center的Smith SR在Diabetes上发表的文献,多个字段的组合检索，提高查准率,点击Index可帮助选词,25,检索限定（Limit by Topics，Langua

14、ges, and Journal Groups,检索限定可以对检索结果进行精确的限定，包括： Full Text, Free Full Text, and Abstracts（限定检索结果含全文链接、免费全文或摘要） Human or Animals（研究对象） Gender（性别） Language（语种） Type of Article（文献类型） Ages（年龄） Subsets（子集，可以按Journal Groups、Topics等划分） 注意：检索限定一经选定，会保持激活状态而在此后的检索中持续起作用,26,举例：检索“罗格列酮治疗老年人糖尿病的随机对照临床试验的英文文献”，可输入

15、 diabetes mellitus rosiglitazone，再进行检索限定,文献类型选“随机对照试验（RCT,语种选“英语,年龄选“老年人,27,索引检索（Index of Fields and Field Values,索引检索主要用于正确选择检索词 先选择检索字段，输入检索词后点击Index，可显示该词的相关索引词，选定检索词后点击AND、OR或NOT，可以与最近一次的检索式进行布尔逻辑运算,28,PubMed的索引检索,Myocardial Infarction的所有索引词,选定检索词后进行布尔逻辑运算,29,MeSH主题词检索（MeSH,MeSH主题词检索是PubMed最具特色的

16、检索功能之一，能保证较好的查全率和查准率 主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范 主题词可以组配相应的副主题词，使检索结果更加专指 主题词的树状结构表：系统默认对含有下位概念的主题词进行扩展检索（点选Do Not Explode this term则不进行扩检） 应用Major Topic（主要主题词）检索，可以使检索结果更加准确 注意：用MeSH词检索时，只检索来源于MEDLILNE的文献，不检索PubMed其他来源的文献（包括in-process， supplied by publisher, OLDMEDLINE等,30,举例：用MeSH主题词检索有关艾滋病流行病学的文献,检索步骤 进

17、入MeSH Database主页面，在检索框中输入AIDS，点击Go，系统提供与AIDS相关的所有主题词及其含义 浏览选词，确定AIDS的规范化MeSH主题词为Acquired Immunodeficiency Syndrome，点击进入主题词细览页面，包括主题词定义，副主题词(Subheadings)，入口词或款目词(Entry Terms)，相关参照(See Also)，树形结构(MeSH Tree) 在Subheadings中点选epidemiology（流行病学） 点选Restrictions Search to Major Topic headings only（检索结果限定为主要主

18、题词） 在Sent to下拉菜单中点选Search Box With AND，检索框中出现检索式Acquired Immunodeficiency Syndrome /epidemiologyMajr，点击Search PubMed，可得检索结果,31,MeSH主题词检索主页面,输入入口词AIDS,AIDS的规范化主题词及含义,AIDS的相关主题词,32,MeSH主题词细览页面,选择副主题词“流行病学,限定检索结果为主要主题词（Major Topic,确定主题词及副主题词后，点选Search Box with AND,点击Search PubMed完成检索,33,MeSH主题词的其他信息,Me

19、SH主题词的入口词或款目词,MeSH主题词的相关参照,MeSH主题词的树形结构,34,期刊数据库检索（Journals,期刊数据库检索可查询PubMed及Entrez平台其他数据库所收录的期刊信息 提供Topic、刊名全称、Medline刊名缩写、ISSN等检索途径，也可以按学科（Subject Terms）进行浏览 在Journal Database主页面 点击Limits可以按语种、不同子集及其他字段进行期刊检索 点击Lists of all Entrez Journals，链接到Entrez平台所收录期刊一览表（包括PubMed收录的所有期刊） 点击Links to full-text

20、web sites，可链接到LinkOut Journal Lists页面，了解能提供期刊全文的Web站点,35,举例：查询PubMed收录了哪些生理学方面的期刊,输入刊名关键词”生理学,某种期刊的详细信息,期刊的基本信息,36,单篇引文匹配器（Single Citation Matcher,单篇引文匹配器主要用于查找某一篇文献的准确信息 点击Journal Citation Matcher，在系统给出的选项中输入已知信息，点击Go，返回符合要求的文献信息 Journal：输入刊名的任何有效信息，系统会主动给出提示，帮助选择正确的刊名 Date：输入期刊的出版日期 Volume、Issue、F

21、irst Page：输入期刊的卷、期、起始页码 Author name：输入著者 Title Works中：输入文献篇名中的任意词,37,举例：已知2008年Circulation上有关于心源性休克的综述文献，查询该篇文献的准确信息,输入刊名、年份、题名中的词等已知信息,38,临床查询（Clinical Queries,临床查询是专门为临床医生设计的检索服务，包括 Search by Clinical Study Category 查找疾病的etiology、diagnosis、therapy、prognosis及clinical predictions guides文献，综合考虑检索结果的敏

22、感性（broad，sensitive search，查全率较高）与特异性（narrow，specific search，查准率较高） Finding Systematic Reviews 提供systematic reviews、meta analysis、reviews of clinical trials、guidelines等循证医学文献 Medical Genetics Searches 查询疾病的遗传学文献，有ALL 、Diagnosis、Differential Diagnosis、Clinical Description、Management、Genetics Counselin

23、g、Molecular Genetics、Genetics Testing等选项,39,PubMed的临床查询（Clinical Queries）页面,检索系统评价等循证医学文献,检索疾病的遗传学文献,查找疾病的病因、诊断、治疗、预后等信息,40,专题查询（Special Queries,专题查询汇总整合了PubMed提供的其他专题检索功能（Directory of Topic-Specific PubMed Queries），并提供相应的链接，包括： 不同的学科专题（Subjects）设立的子集（Subsets）：如AIDS，Toxicology、Cancer、History of Medi

24、cine等 不同的期刊专辑（Journal Collections）,41,4.1.3 PubMed检索结果的处理,42,检索结果显示,PubMed检索结果显示默认为Summary格式，包括： 篇名 著者 刊名 出版年月及卷期页码 PMID号 记录状态（Indexed for MEDLINE; in Process；) 相关文献（Related Articles）链接 如有免费全文，则有Free Article链接,43,Summary显示格式的页面右侧有多个栏目，主要包括： Limits Activated：处于激活状态的检索限定点击，Remove去除限定，Change更改限定 Filter

25、 your results：结果过滤，包括综述、免费全文等 Titles with your search terms：提供20条篇名中包含了检索词的文献记录（密切相关文献） Free full-text articles in PubMed Central：在PubMed Central中能直接获取全文的文献 Find related data：链接到NCBI其他数据库中检索 Search details：详细显示PubMed实际完成的检索式 Recent Activity：显示最近8小时内在NCBI的操作记录,44,PubMed检索结果的Summary显示格式,处于激活状态的检索限定,检索

26、结果滤过（综述、免费全文,篇名中包含了检索词的密切相关文献,PubMed Central中的免费全文,点击Display Setting可更改显示格式、每页显示条数及排序方式,相关文献及免费全文链接,45,PubMed检索结果的Abstract显示格式,出版类型、MeSH主题词,出版商的全文链接,保存及输出格式,PMID号及记录状态,最近的操作记录,46,检索结果保存及输出,点击检索结果显示页面的Send to下拉菜单，PubMed提供了以下保存及输出方式，包括： File：选中文献记录以文件的形式保存（ 用MEDLINE格式保存文件可以将结果直接转入EndNote等文件管理软件） Clipb

27、oard（剪贴板）：浏览、选择选所需文献，在Send to中选择Clipboard，点选Add to Clipboard，选中文献用绿色提示“item in Clipboard” 。剪贴板中最多可保存500条记录，保存时间为8小时。点击Clipboard链接，显示所有暂存文献，再集中进行处理,47,Collections：注册了My NCBI的用户可以选择Collections将检索结果保存在My NCBI中，特别是对那些尚不确定是否相关的检索结果，可以先保存在Collections中，以后再登录My NCBI对这些文献记录进行浏览、删除、排序 Email：将选中的检索结果直接发送到指定的电子

28、邮箱中。一次最多发送200条文献记录,48,Order：如果用户无法获取选中文献的全文，可用Order选项通过LoansomeDoc文献传递系统向NLM订购全文，这项服务需支持一定的费用 RSS Feed：点击RSS图标，再点击Create RSS即可订阅，随时浏览追踪这一检索策略的最新检索结果,49,4.1.4 PubMed的其他工具与链接,50,My NCBI（我的NCBI,My NCBI：提供个性化服务，非常实用的文献管理工具 PubMed主页的右上方有登录My NCBI 按钮 用户注册并建立My NCBI账号后，可以管理在NCBI所有数据库的检索过程及检索结果，追踪了解所在研究领域的最

29、新进展,51,My NCBI的主要功能： 保存检索策略及Email定期自动更新检索结果 完成检索后，点击Save Search，进入My NCBI的My Saved Data页面，在Name of search栏中输入检索策略的名称，点击Save，系统自动提示是否需要通过Email定期自动发送新的检索结果，以及发送的频率、格式 保存检索策略后，登录My NCBI主页面，点击Saved Searches子栏目下已保存的各个检索策略，即可完成检索 点击Saved Searches子栏目下的Manage按钮，可以对保存的多个检索策略进行排序、删除、更改,52,保存检索结果 浏览并选定检索结果后，在s

30、end to菜单中选择collections，即进入My NCBI中的Collections子页面 默认为建立一个新文件保存选定的检索结果，输入文件名，系统自动提示保存了多少条记录；也可以将检索结果添加到已有的文件记录中 保存检索结果后，只要登录My NCBI主页面， 点击Collections子栏目下的文件名，即可显示已保存的检索结果 点击Collections子栏目下的Manage按钮，可以对保存的检索结果进行删除、排序、重命名、合并、共享等操作,53,过滤检索结果 My NCBI的过滤器（Filter）提供了个性化的检索结果过滤功能 在My NCBI主页面，点击左栏的Search Fil

31、ters，点选PubMed，进入PubMed Filters，点击Frequently Requested Filters可对检索结果进行过滤，有综述、临床试验、免费全文、全文、最近5年的文献、英文、人类、有摘要等多个选项，勾选所需的项目，即可完成检索结果过滤的设置。以后只要登录My NCBI后检索PubMed，检索结果显示页面右侧会显示已设定的过滤结果，方便用户浏览选择 建立个人书目记录（My Bibliography）以及其他感兴趣著者的文献记录（Other Citations） My NCBI页面的Recent Activity可以显示最近6个月用户的检索记录，包括检索时间、检索的数据库

32、、检索结果、浏览的文献等,54,PubMed中My NCBI主页面,My NCBI中保存的数据（检索策略、检索结果、个人书目及操作记录,设置检索结果过滤,55,在My NCBI中保存及管理检索结果及检索策略,点击Manage进入检索结果管理页面,点击Edit对检索结果进行编辑（删除、排序、共享、重命名等,点击Setting可设置Email定期发送检索结果,点击Manage进入检索策略管理页面,56,外部链接（LinkOut,PubMed主页More Resources栏目下有LinkOut外部链接 PubMed及NCBI的其他数据库通过LinkOut与其他外部资源与服务建立链接，包括在线全文数

33、据库、生物学数据库、图书馆馆藏信息、消费者健康信息、研究工具等,57,批量引文匹配器（Batch Citation Matcher,点击PubMed主页的PubMed Tools栏目下的Batch Citation Matcher，进入批量引文匹配器，主要用于批量核对文献信息 检索时输入的格式为： 刊名年卷起始页码著者核对文献的标识 返回的结果含有文献记录的唯一识别码PMID 用Batch Citation Matcher一次可核对不超过100条文献，检索结果可通过Email发送或直接存入文件中,58,临床试验数据库（Clinical Trials,点击PubMed主页More Resourc

34、es栏目下的Clinical Trials，进入美国国立医学图书馆研制开发的临床试验数据库 / Clinical Trials收录了美国及全世界170多个国家经注册登记的8万多个临床试验的详细信息，目前包含有8万多条，是十分重要的循证医学信息资源,59,4.1.4 PubMed小结,60,PubMed的自动词语匹配检索一般适合检索经验有限的初级用户，也适合对课题做初步检索。检索经验丰富的用户，或者对查全率查准率有较高要求的检索课题，需要仔细分析课题，编制比较完备的检索策略，综合运用PubMed提供的各种高级检索功能 主题词检索是PubMed最具特

35、色的功能之一，能保证较好的查准率及查准率。主题词组配副主题词使检索结果更为专指，限定在主要主题词检索能使结果更准确。但是主题词检索也有一些固有的缺陷，比如很多专指的概念没有相应的主题词，一些新出现的概念要几年后才收录为主题词。这种情况下，采用字段限定检索等方法也能得到较好的查准率。此外，主题词检索还可能会漏掉一些最新的文献（in process citations） 熟练运用PubMed 的检索限定、临床查询、引文匹配等工具，能大大提高检索效率。此外，个性化服务工具My NCBI功能强大，能保存、管理在PubMed中的所有检索过程及检索结果,61,第二节 Embase,62,一、概 况,荷兰E

36、lsevier（爱思唯尔）出版公司出版。 生命科学领域最重要的四种文献检索工具之一。 收录来自70多个国家的7200多种同行评审期刊，数据每日更新，每年新增大约60多万篇文献。 学科覆盖范围涉及广泛。 提供Emtree主题词表辅助检索，词表整合了NLM的MeSH词表，共计包括5.5万多个药物、生物医学和生物学术语，22万多个同义词，大约2万个CAS化学物质登记号,63,二、检索运算符与运算规则,布尔逻辑运算符：AND、OR和NOT 邻近度算符：NEAR/n和NEXT/n 截词符：*号和?号 短语检索：词组或短语必须加上引号 字段限定符：主要包括“：”号和“/”号 多种运算符的联用：(sympt

37、om* NEAR/5 (headache* OR head ache):TI,AB,64,三、检索方法与技巧,快速检索 高级检索 药物检索 疾病检索 文章检索 Emtree主题词表辅助检索 期刊浏览 著者检索,65,一）快速检索（Quick Search,对输入的检索式进行全文检索，即在全字段范围内的检索。 可输入任意的单词、词组或检索表达式，可进行布尔逻辑检索、邻近度检索、截词检索和字段限定检索。 autocomplete功能利用后台词表为用户指引推荐合适的主题词，供用户选择。 勾选输入框下的Extensive search选项，系统将对检索式进行扩词检索,66,一）快速检索（Quick S

38、earch,快速检索界面,67,二）高级检索（Advanced Search,检索表达式的编制方法与规则与快速检索相同。 提供多种对检索式进行修饰和限定的方法。 提供五种检索式的修饰方法。 Map to preferred terminology（匹配主题词检索） Also Search as free text（还作自由词检索） Include sub-terms/derivatives（扩展下位词和派生词检索） Search terms must be of major focus in articles found（主题词加权检索） Search also for synonyms, e

39、xplosion on preferred terminology（还检索同义词及主题词扩展检索） 提供多种检索式的限定检索方法,68,一）快速检索（Quick Search,快速检索界面,高级检索界面,69,三）药物检索（Drug Search,专为检索药物信息而设计的检索途径，检索界面、检索式修饰和限定方法与高级检索基本相同。 针对药物检索增设17种药物副主题词和47种给药途径的限定选择。 可输入药物属名、专利商品名，实验室代码和化学名来检索药物信息，如claritin、loratadine、sch 29851等。 输入的检索词会强制转换匹配Emtree药物主题词进行检索,70,药物检索界

40、面,71,四）疾病检索（Disease Search,专为检索疾病信息而设计的检索途径，检索界面、检索式修饰和限定方法与高级检索基本相同。 针对疾病检索的需要增设14种疾病副主题词的限定选择，如complication、congenital disorder、diagnosis、disease management等，这样可以增强疾病检索深度，提高查准率。 输入的疾病名称检索词会强制转换匹配Emtree疾病主题词进行检索,72,疾病检索界面,73,五）文章检索（Article Search,利用某些已知信息检索某篇或某类文献的检索途径。 文章检索提供作者、期刊名称、刊名缩写、期刊分类编号、ISSN号码、期刊卷、期号及文章起始页等多个字段检索，并可进行出版日期范围限制，对刊名和刊名缩写字段还能进行精确查找,74,文章检索界面,75,六）Emtree主题词表辅助检索,Emtree是Embase数据库提供用户对生物医学文献进行主题分析、标引和检索时使用的权威性主题词表。 利用系统内嵌的Emtree主题词表，提供用户浏览探索该词表、选择最合适的主题词、查核主题词的用词范围、浏览主题词树结构并最终构建一个有效的主题词检索策略的过程。 提供两种查询浏览主题词