DNA电泳常见问题分析

1、DNA电泳常见问题分析DNA电泳常见问题凝胶电泳操作注意事项1、琼脂糖：不同厂家、不同批号的琼脂糖，其杂 质含量不同，影响DNA的迁移及荧光背景的强度，应有 选择地使用。2、 凝胶的制备：凝胶中所加缓冲液应与电泳槽中的相 一致，溶化的凝胶应及时倒入板中，避免倒入前凝固结 块。倒入板中的凝胶应避免出现气泡，以免影响电泳结 果。3、 电泳缓冲液：为保持电泳所需的离子强度和 pH,应 经常更新电泳缓冲液。4、 样品加入量：一般情况下，0.5cm宽的梳子可加 0.5 yg的DNAS，加样量的多少依据加样孔的大小及 DNA 中片段的数量和大小而定.当加样孔大时，样品上样量应 相应加大，否则会造成条带浅甚

2、至辨认不清；反之则应适 当减少加样量，但是上样量过多会造成加样孔超载，从 而导致拖尾或弥散，对于较大的 DNAt匕现象更明显。5、 DNA羊品中盐浓度会影响DNA勺迁移率，平行对照 样品应使用同样的缓冲条件以消除这种影响。6、 DNA迁移率取决于琼脂糖凝胶的浓度，迁移分子的 形状及大小。采用不同浓度的凝胶有可能分辩范围广泛的DNA分子，制备琼脂糖凝胶可根据 DNA分子的范围来 决定凝胶的浓度。小片段DNA的检测应采用聚丙烯酰胺 凝胶电泳，以提高分辨率。7. 选择的实验材料要新鲜，处理时间不易过长。8. 在加入细胞裂解缓冲液前，细胞必须均匀分散，以减 少DNA团块形成。9. 提取的DNA不易溶解

3、：不纯，含杂质较多；加溶解液 太少使浓度过大。沉淀物太干燥，也将使溶解变得很困 难。10. 电泳检测时DNA成涂布状：操作不慎；污染核酸酶 等。11. 分光光度分析 DNA勺A280/A260小于1.8 ;不纯，含 有蛋白质等杂质。在这种情况下，应加入 SDS至终浓度 为0.5%，并重复步骤28。12. 酚/氯仿/异戊醇抽提后，其上清液太黏不易吸取：含 高浓度的DNA可加大抽提前缓冲液的量或减少所取组织 的量DNA电泳常见问题分析之一1请问配制聚丙烯酰胺凝胶电泳胶时，促凝的是 TEMED还是过硫酸铵？胶聚时间很长如何解决？过硫酸铵提供驱动丙烯酰胺和双丙烯酰胺聚合所需的自由基，而TEMED通过催

4、化过硫酸铵形成自由基而 加速它俩的聚合。胶聚合时间长可能是TEMED失效了， 过硫酸铵固体时间过久也会失效的。一个让PAGE胶很快聚合的方法：不要先配AP （过硫酸铵）溶液，因为 AP很容易变质。 在保证TEMED和AP质量的情况下，每次配胶时，直 接称一定量的AP粉剂溶入液体状态的PAGE中，这样 可以保证AP的催化能力，而且可以多加一点。配 25ml 的PAGE胶，加0.03克AP粉剂，最后加入25ulTEMED， 20分钟左右就可以凝固（当然这个时候拔梳子，会有少 量未凝固的PAGE在孔里形成丝状干扰，使加的样品看 起来不太漂亮，但一般不影响跑胶效果和条带的形状和 位置）。2 DNA电泳

5、的MARKER 怎么是扭曲的？1、配制胶时的缓冲液需要和电泳缓冲液不是同时配制的最好是同时配制电泳时缓冲液高过液面1 2mm即 可。2、电泳时电压过高，可以在电泳前15分钟用较低电压 （3V/cm）,等条带出孔后比较漂亮了 然后再调电压。3、上样时尽量慢慢加样，等样品自然沉降后再加电压。3跑出的DNA带模糊？1、DNA降解：避免核酸酶污染。2、电泳缓冲液陈旧：电泳缓冲液多次使用后，离子强度 降低，pH值上升，缓冲能力减弱，从而影响电泳效果。 建议经常更换电泳缓冲液。3、所用电泳条件不合适：电泳时电压不应超过20V/cm , 温度V 30C；巨大DNA链电泳，温度应V 15 C；核查 所用电泳缓

6、冲液是否有足够的缓冲能力。4、DNA上样量过多：减少凝胶中 DNA上样量。5、DNA样含盐过高：电泳前通过乙醇沉淀去除过多的 盐。6、有蛋白污染：电泳前酚抽提去除蛋白。7、DNA变性：电泳前勿加热，用 20mM NaCI缓冲液 稀释DNA。4有不规则DNA带迁移?1、对于入/Hind III片段cos位点复性：电泳前于 65 C 加热DNA 5分钟，然后在冰上冷却5分钟。2、 电泳条件不合适：电泳电压不超过20V/cm ;温度 V 30 C；经常更换电泳缓冲液。3、DNA 变性：以 20mM NaCl Buffer 稀释 DNA，电 泳前勿加热。5跑出的DNA条带带弱或无DNA带？1、DNA的

7、上样量不够：增加 DNA的上样量；聚丙烯 酰胺凝胶电泳比琼脂糖电泳灵敏度稍高，上样量可适当 降低。2、DNA降解：避免DNA的核酸酶污染。3、DNA走出凝胶：缩短电泳时间，降低电压，增强凝 胶浓度。4、对于EB染色的DNA，所用光源不合适 ?应用短波 长（254nm ）的紫外光源。6跑出的DNA带缺失不完整是怎么回事？1、如果是小DNA带走出凝胶，可以缩短电泳时间或降 低电压或增强凝胶浓度。2、分子大小相近的DNA带不易分辨？增加电泳时间， 核准正确的凝胶浓度。3、DNA 变性：电泳前请勿高温加热 DNA链，以20mM NaCI Buffer 稀释 DNA。DNA链巨大，常规凝胶电泳不合适?在

8、脉冲凝胶电 泳上分析。7做PCR电泳后跑电泳，目的基因是 489BP的， 结果每次切胶回收后再跑电泳就变成 500多了，快到600 了？为什么？有时只靠电泳结果判断是不准确的，同样的片段每 次跑的远近会有不同。有经验显示目的片段是1300多,结果就跑到1000的marker下面去了，后来证实片段没 有问题。也有做的一个片段也是这样， 是490BP.理论上 两个条带一样，可是PCR结果显示就是大小不一致。然 后回收以后的检测结果又全部都一样了，后来又拿去做 了下一个测序，才知道根本没有问题。8为什么marker条带非常模糊，无法辨别具体条 -H-P带？A :出现上述情况，可能有以下几个原因：1.

9、 marker条带出现了降解。请确保在使用过程中避 免核酸酶污染；2.电泳缓冲液陈旧。电泳缓冲液多次使 用后，离子浓度降低，pH值上升，缓冲能力减弱，从而 影响电泳效果，建议经常更换电泳缓冲液；3.电泳条件 不合适。电泳时电压应不超过20V/cm,温度应低于30C；4. marker上样量过多。请根据说明书选用合适上样量；5. 凝胶质量不好。建议使用质量较好的琼脂糖；此外,凝胶凝固不均匀也会导致条带模糊。9:为什么marker条带出现不规则的条带（如哑铃 状等）？A :出现上述情况，多与以下几个原因有关：1.电泳缓 冲液陈旧。老化的电泳缓冲液离子浓度降低，pH值上升, 缓冲能力减弱，从而影响电

10、泳效果，建议经常更换电泳 缓冲液；2.电泳条件不合适。电泳时电压应不超过 20V/cm,电压太高可能也会导致marker条带出现不规则 现象。此外，凝胶质量差以及凝胶冷却时凝固不均匀也 会导致该现象出现。10为什么marker条带非常弱或者根本没有条带？ A :出现上述情况可能是：1. marker上样量较低，可适 当增加上样量；2.凝胶质量较差或凝胶凝固不均匀也会 导致电泳条带弱或根本没有条带；3.电泳时间过长导致 marker条带跑出凝胶，可缩短电泳时间，降低电压，增 加凝胶浓度。11:为什么 marker缺带？A :对于含有较小片段的 marker，如果出现缺带现象， 可能是因为：1.小

11、条带跑出凝胶或分子量大小非常相近的条带 不易辨认所致，可适当缩短电泳时间，降低电压，同时 增加凝胶浓度；2.凝胶中EB含量过低，导致大片段结 合EB量太少或没有，在紫外光下亮度太低，可适当增加EB用量。题问原因解决办法NA模糊D-H-P带DNA降解避免核酸酶污染电泳缓冲液陈旧电泳缓冲液多次使用后， 子强度降低，pH值上升，缓 能力减弱，从而影响电泳效果离 爰冲一。建议经常更换电泳缓冲液所用电 泳条件不合 适电泳时电压不应超过20V/cm ,温度 v 30 C；巨大 DNA链电泳，温度应v 15 C；核查所用电 泳缓冲液是否有足够的缓冲能 力DNA上样量过多减少凝胶中DNA上样量DNA样含盐过高

12、电泳前通过乙醇沉淀去除 过多的盐有蛋白污染电泳前酚抽提去除蛋白DNA变 性电泳前勿加热，用20mMNaCI缓冲液稀释DNA规DNA迁移不则-H-P带对于入 /Hind III 片 段cos 位点 复性电泳前于65 C加热DNA 5 分钟，然后在冰上冷却5分钟电泳条件不合适电泳电压不超过20V/cm ; 温度v 30 C；经常更换电泳缓冲 液DNA变 性以 20mM NaCI BufferDNA，电泳前勿加热稀释增加DNA的上样量；聚丙-H-P 带弱或无DNA带DNA的上样量不够烯酰胺凝胶电泳比琼脂糖电泳 灵敏度稍高，上样量可适当 降低DNA降解避免DNA的核酸酶污染DNA走出凝胶缩短电泳时间，

13、降低电压 增强凝胶浓度匚,对于EB 染色的DNA， 所用光源不 合适应用短波长（254nm ） 外光源的紫NA缺失D-H-P带小DNA带走出凝胶缩短电泳时间，降低电压 增强凝胶浓度匚,分子大 小相近的DNA带不易分辨增加电泳时间，核准正确的 凝胶浓度DNA变 性电泳前请勿高温加热 DNA 链，以 20mM NaCI Buffer 稀释DNADNA链巨大常规凝胶电泳不合适在脉冲凝胶电泳上分析题问可能原因解决方法DNAMarker降解核酸酶污染每次吸取时更换 灭菌枪头，勿将电泳缓 冲液带入管中；用后密 闭4C保存电保存不当4C 或-20 C 保存，避免多次反复冻 融；不可加热DNAMarker无法

14、正 确分离琼脂糖质量差使用质量可靠的 琼脂糖制胶1电泳缓冲液 多次使用后失效更换缓冲液条 带黯淡核酸浓度过低增加上样量核酸降解使用不含核酸酶 的试剂和耗材制备样品DNA条带被示踪染料掩盖提高上样量；避免 使用与目的片段迁移率相同的示踪染料条带模糊 或弥散电泳缓冲液 多次使用后失效更换缓冲液核酸部分降 解使用不含核酸酶 的试剂和耗材制备样 品核酸样品纯 度差，含有 DNA 结合蛋白或高浓 度的盐份酚/仿抽提或乙醇 沉淀去除蛋白、盐份等 杂质电压过低，电 泳时间过长根据凝胶大小和 电泳缓冲液类型，使用 适当的电压进行电泳1染色时间过 长或拍照前放置 过久，DNA条带弥 散电泳结束后及时 观察、拍照

15、I-条 带缺失DNA条带分子量过大使用脉冲凝胶电 泳分子量接近 的DNA条带没有 分开选择适当的凝胶 浓度进行电泳电泳缓冲液 使用不当SD和TBE缓冲液适于分析较小分子量 的DNA片段，大片段 分子不能完全分离； TAE缓冲液不适于分 离很小的DNA片段电泳时间过 长或电压过高， DNA走出凝胶缩短电泳时间，调 整电压电极插反，DNA走出凝胶正确连接电极方 向条 带大小 不正确核酸降解或形成聚合物加热处理或重新 制备样品入DNA酶切Marker 的 cos 位点复性电泳前65 C加热 5分钟，冰上冷却5 分 钟以后再上样卜相同分子量 的DNA片段由于 结构或序列的差判断DNA分子是 否有特殊结构，如缺 口、超螺旋、二聚体等;异而有不同的迁 移率富含at碱基的DNA迁移率比同分子量富含GC碱基的DNA片段慢梳子变形，点 样孔不在同一水 平线上使用完好的梳子 制胶-H-P带 型异常不同样本的 上样条件不同选用相同的上样 缓冲液，上样量尽可能 接近A上样量过大或过小选择合适大小的