Gauss计算步骤

1、1）Chemdraw画出相应结构式，注意芳香性分子得结构应用“” 表示，分子结构完成之后与正常情况下画出分子相比较，瞧瞧有没有 缺少C或者II原子. 2）确认结构无误后,将芳香性分子粘贴到Chem 3DUlt r a 8、 0中（Chem B i o3D Ultra 12.0中无MOP AC且粘贴后分子容易出 错） 3 )点击 MOP ACmin i mize energ y Jot Type Theory Properti es I General Method： |FM3 Wave Job Type | Theory Properties | General | PcP*七讥Qf Form

2、ation1 Graii ent Norm Char ges Dipole Cosmo Solvation in Wate = Electrostatic Potential Molecular Surfaces Spin. Density Hyperfine Coupling Corns Char ges MtiLl iken | 4）点击run之后，得到半经验计算构象 5) 点击 Ga u ss i a n -creat e inp u t fi 1 e General | Minimize Energy | Job Type | Theory | Properties | Job 0 D

3、i splay Every Iteratio 厂 Record Every Iteration 0 Copy Measurements to Messages C* Do Hot Calculate Force Constan 厂 Calculate Initial Force Consta Calculate Force Constants A.t Each I V Use Tight Convergence Crite Job Type Theory | Properti es | Method： B3LYF General | 3 Wave I Open. Shdl (UiuysUri

4、cted | 1 ， u nrestric 此处计算得就是自由基负离子所以只能选择op e n s h el ted op e n l,spin 为 2, shel 1表示分别计算Q与B电子，自由基阴离子n e t= 自旋多重度=2S+1,即单电子数目加1 Job Type | The ory Properties I General | Propertiw SCF Eaergy RMS Foree Charges Electron Densi ty Molecular Surfaces Spin Densi ty Hyperfine Coupling Cons Folari zabiliti

5、 es Populat i on MullLken ZJ 6）点击c reate之后弹岀保存按钮对话框，保存成、g j f文件 7）启动Gauss View 5 0,打开刚才保存得、gjf文件 8) calculatef Gaussia n cal c u 1 ation setup Title.AQImiie-radical anion Keywords:# opt=ti ght nl31yp/6-31 (d, p) xiosynm nixdi sklOCBi vi ty Charga/Flult :-1 2 Joi Type Mc thed Title Linh 0 I Guess Opt

6、imizati g Optini zo to aHinimwn Calculate Force Constants Hever H Vse tight convergence criteria RFO stop ! U“ QiadrAti c Macros tap 此处选择 o p timizatio n ,收敛标准选择 use tigh t c o n v ergenc e c riteria Title：AQInide-radical anion Eeyw Kcjnftords: AQInideradical anion # ojt=tieKt ul31yp/631+g (d, p)mox

7、di slt=10GB Chrga/Riilt -1 2 Job Type MetLodfiticLink 0 General Guess HDD ?D2 Solvation Add. Ixip. 此处m e mor y 1 imit用于指定计算所占内存大小，高斯使用默认得 内存48M,1MW=8 MB;shared p r o c ess o rs用于指定多核处理器, 木实验室计算工作站可以选择4,高斯默认为1、 -般进行结构优化以及频率计算得时候不保存Chkp o i nt file文 件，等单点能以及激发态计算得时候才保存chkpoin t f ile文 WBO PBC Solvatio

8、n Add. Inp. 件. ?Use Quadratic ally Convergen t SCF 7 Use Modified Re dun dan t Coordinates V Ignore Symmetry Use Counterpoise H7 Wri te Gaussian Fragnent Data Additional Fzrint I Write Coitnectivi ty Compute polarizabilities (7 Write FDD Data Title： Keywords： AQImi der adi c al ani on # opt=tight ul

9、31yp/6-31 +g (d, p) nosymm maxdi sk=10GB Charge/Nult.: 1 2 Jol)Type Method Title Link 0 General Guess 叼 Use MaxDisk=血| 电 一般ign o r e symmetry,即忽略分子对称性，因为有时计算结果分子 对称性会发生变化；Use Maxdisk用于指定计算所用硬盘大小，默认 2G, 一般都设置得比较大一点，要不然计算可能出错，我一般用10G 或者2 0G、再后面得Gues s （初始猜测）、NBO（成键轨道分析）与Solv a t i on （溶剂化）不用管。 9）参数设置完

10、成，在检查一遍无错误后，点击edi t rave即保存Gau s s i an optimizati o n 得 inp u t 文件，文件类型 Gau s s i a n i n put f ile。 1 0 ）点击save会弹出一个写字板文件信息，上面分别记载了计算得一 些设置以及原子坐标信息 11）关闭写字板文件，会弹出一个提交Gauss i an计算得对话框，点 击 c a n ce 1。 1 2 ）启动 G a u ss i an 0 9，打开刚才保存得 Gaussian input f i 1 e文件，再次确认计算指令信息无误后点击软件右上角得run按钮， 即可进入计算程序进行构象

11、优化。 13）计算结束，得到高斯计算结果Ga u ssian Outp u t File,构象优化就 是计算最耗时部分，一般大于1 0个小时. 14) 打开Gaussview,打开构象优化得到得G a us s ian Output F i le 文件,ca 1 culate-Ga u ssian c a 1 cul a t io n set u p 进行下一步 Compute Raman Compute ROA Default 0 Select Norms! Modes Anharmoni c Corrections Compute VCDSave Normal Modes Read Inc

12、i dent Light Freqs Default 口 Skip diag. of full matrix Modes | I_j Specify Ant；armonic Modes： Atoms： Title： KayuordK : Charge/Mult.: AQIni de-radi cal ani on*frequency #nl31yp/631 + gp)k1c=10GB gaon=conna?t i vi tjr -1 2 频率计算得参数设置。 Job Type Metkod Title LirJc 0 General Guess NBO FBC Solvation Add. I

13、np. Frequency Compute projected frequencies Jo b t y pe选择f r equenc y ,其她选择默认不进行改动，注意频率计算必须与构象优化使用同一基组，要不然频率计算将失去意义. 15) 同构象优化一样,参数设置完毕，点击edi t ,保存文件为Gaus s ia n in p u t fi 1 e,按照构象优化相同程序进入频率计算. 16) 频率计算结束后，输出文件就是Gaussian 0 u tp u t File,打开 Ga u ss v i ew，打开频率计算得到得 Gau s s i an Out p u t File JC 件，

14、点击Resu 1 t s-*vi b ratio n ,弹出如下对话框，检查有无虚频: Mode # Freq Infrared 1 36.91 2.4T92 2 56.41 0.0&27 3 60.49 0.0984 4 87.17 0.7523 5 127.49 0.1730 6 131.32 0.0001 7 146.01 17.9436 8 173.40 0.0035 9 203.33 0.0341 10 214.67 0.0002 Aniiriate v lbration.* Start Aitimation Save Movie. fejgGl:M2:Vl - Display Vibrations Animation Frequency： D i splacement Amp!i tude : Show Displacement Vectors e al sc Show