高性能计算中心-高效能软件和科学工程计算研究室3页

1、欢迎希望成为我的学生们阅读，包括本科生、推免硕士研究生、硕士研究生和直博研究生。下面先介绍我们的情况，然后提出对新学生的要求。共三页，成稿于2013年7月8日。一、我们的实验室和研究国家高性能计算中心（合肥）本实验室是安徽省重点实验室，从事高性能计算与应用方向，是计算机学院的重点方向。实验室由陈国良院士创建并领衔负责，现有100名左右的博士后、博士生和硕士生。上图为实验室位于东区科研楼五楼一角。我指导的学生组成1. 博士生：2名2. 硕士生：9名研究方向：大数据挖掘的高性能计算及生物信息学应用1. 面向大数据的高性能计算1) 主要研究内容：a) 多核并行编程模型研究和多核DSP编译器研制设计和

2、提出了一种渐进、非颠覆式的并行编程模型，并在华为项目中得到应用。研制多核DSP编译器，进行了软件流水等关键技术的研究，并在中电集团三十八研究所项目中得到实施。b) 基于虚拟化技术的多核平台和系统的并行化Improvement of software durability and portability，二进制执行流翻译，并行性能监控和分析等，参与了中科院计算所的“核高基”项目。c) 新一代并行机及其体系结构上的并行算法设计在新一代CMP和GPU上的设计和开发重要并行算法和工具环境，一类动态规划矩阵的并行化和LCS与MLCS算法的高效实现，以及生物信息学重要算法的并行化。2) 合作研究a) 研究

3、者：尚奕教授（University of Missouri, Columbia），周丰丰研究员（中科院深圳先进技术研究院）等b) 单位：中科院计算所，中电集团三十八研究所，深圳先进技术研究院3) 毕业学生：张坤鹏硕士（美国西北大学读博），余林彬硕士（美国读博），胡自林硕士（上海HP）、邱鹏飞硕士（百度搜索研发部）等。4) 重要项目：a) 并行计算模型和性能优化，国家863重大项目子课题，2010.1-2010.12 b) BWDSP100 C编译器实现，“核高基”科技重大专项，2009-2010c) 基于龙芯3号的通信与数学库的研制，“核高基”科技重大专项，2009-20115) 重要论文：国

4、内科学通报、软件学报、计算机学报、计算机研究与发展论文多篇，并行计算领域顶级期刊IEEE Trans. on Parallel and Distributed Systems上1篇。D2. 生物信息学应用1) 主要研究内容：a) 面向大数据的生物序列分析计算和算法BLAST软件优化和并行化，MLCS和多序列比对，单体型推导，moti发现、质谱数据处理等b) 大规模的生物文献挖掘研究实体命名识别，蛋白质相互作用关系提取等c) 典型应用研究蛋白质功能位点预测，基于质谱数据的蛋白质和肽段鉴定等2) 合作研究a) 国外：尚奕教授（University of Missouri, Columbia），姜涛

5、教授（University of California, Riverside Riverside），张强峰博士（Columbia University）。b) 国内：刘海燕教授、吴清发教授（中科大生命学院），薛宇教授（华中科大生命学院）。3) 毕业的学生：张强峰博士（美国哥伦比亚大学博士），宋彬硕士（美国Oracle），张弘硕士（美国弗吉尼亚大学读博），朱琳竑学士（新加坡读博）等。4) 重要项目：1项国家自然基金面上项目和1项国家863项目。5) 重要论文：1篇Bioinformation（影响因子5.0），2篇BMC Bioinformation（影响因子3.49）。二、对未来学生的要求个人

6、兴趣要求随着并行计算机的普及，特别是多核处理器的大众化，并行计算理论和技术再次成为一项热门研究和技术。而生物信息学集海量数据和问题的高复杂性，已然成为大数据（big data）研究的试金石。具有高性能计算和大数据处理能力的专才，深受IT公司和研究机构的青睐。要求新同学对此有兴趣，并有志投入到高性能计算的研究和应用中。专业基础要求尽管并行计算方面的知识，许多院校的本科专业未开设，然而中国科大计算机学院在硕士生阶段有着丰富强大的此方面课程设置，开设了并行程序设计、并行机体系结构和并行算法三门课程，足以弥补这些缺陷。但要求新同学具有较好的数据结构、离散数学、计算机组成和体系结构方面的专业基础。简略地，还应具备：1) 良好的英语基础；2) 进取的研究精神；3) 高尚的人生态度。期望，从