医学文献检索与论文写作：第四章 文摘型数据库检索

1、医学文献检索医学文献检索 第四章 文摘型数据库检索 内容提要 1.中国生物医学文献服务系统（SinoMed） 数据库概述 数据库检索方法 检索结果的处理 2.PubMed 数据库概述 检索途径与方法 检索结果的处理 3.BioSIS preview 数据库概述 检索途径与方法 检索结果的处理 内容提要 4.SciFinder Web 数据库概述 数据库检索方法 检索结果的处理 5.Embase 数据库概述 数据库检索方法 检索结果的处理 内容提要 6.其他医学检索工具 Scopus数据库 Engineering Village 2 (EV2) 日本医学中央杂志 俄罗斯医学文摘杂志 教学基本要求

2、教学基本要求 掌握各医学文摘型据库的基本检索功能及检索结果 的处理方法。 熟悉各医学文摘型数据库所提供的各种检索功能及 使用方法。 了解各医学文摘型数据库的收录范围及学科特点。 第一节 中国生物医学文献服务系统 一、数据库简介 中国生物医学文献服务系统（SinoMed）由中国医学科学院医学信息 研究所研发，是检索国内生物医学文献的重要文摘型数据库，具有检索 、获取部分免费全文、个性化定题服务、全文传递服务等功能。 SinoMed收录内容较为丰富，由8个子库构成，分别是中国生物医学 文献数据库（CBM）、中国医学科普文献数据库、北京协和医学院博硕 学位论文库、西文生物医学文献数据库（WBM）、日

3、文生物医学文献数 据库、俄文生物医学文献数据库、英文会议文摘数据库、英文文集汇编 文摘数据库。 二、登录数据库 通过网址http:/登录SinoMed网站。 可通过网上包库、镜像站点或网上检索卡等方式使用该 数据库。 第一节第一节 中国生物医学文献服务系统中国生物医学文献服务系统 三、数据库检索方法 跨库检索：可根据需要及已购买资源选择多个数据库同 时进行检索。跨库检索包括快速检索 （默认方式）、高级检 索、主题检索、分类检索。 单库检索：点击SinoMed主页任意一个子库即进行单库 检索。各子库提供的检索途径稍有不同，中文资源3个子库 都提供快速检索、高级检索、主题检索、分类检索、作者检 索

4、（导师检索）等检索途径。 以下CBM为例介绍单库检索方法及结果处理 第一节第一节 中国生物医学文献服务系统中国生物医学文献服务系统 中国生物医学文献数据库（CBM）简介 收录1978以来1600余种中国生物医学期刊 ，以及汇编、会议论文的文献题录700余万 篇。 全部题录均进行主题标引和分类标引等规 范化加工处理。 年增文献40余万篇，每月更新。 CBM检索途径 快速检索 高级检索 主题检索 分类检索 期刊检索 作者检索 限定检索 检索历史 快速检索 默认在全部字段进行检索，支持通配符和布尔逻辑运算符。 对于单个检索词，快速检索自动启动“智能检索”功能，对 于多个检索词，则不支持“智能检索”。

5、 高级检索 先选择字段名，输入检索词，构建检索表达式来完成较为复杂的 检索。还可通过限定检索对检索结果进行一系列的限定，提高查 准率。 主题检索 主题检索指基于主题概念采用规范化的主题词进行检索，是CBM的特色 检索功能。CBM采用美国国立图书馆的医学主题词表（MeSH）中 译本和中国中医科学院中医药信息研究所的中国中医学主题词表进 行主题标引。 检索步骤 输入单个检索词，确定主题词。 选择副主题词、是否加权及是否扩展。 若有多个主题词需要检索，则每次检索一个主题词并重复以上步骤对多 个主题词进行逻辑组配，直到全部主题词发送到检索框完毕，点击“主 题检索”即可。 主题检索界面 练习 请用主题词

6、法查找有关低血压有关药物疗 法方面的文章 分类检索 中国图书馆分类法医学专业分类表是 CBM分类标引和检索的依据。 可通过分类号和分类名进行检索。 分类检索可单独使用或与其它检索方式组 合使用。 分类检索界面 练习 用分类检索的方式查找有关神经性皮炎的 食疗方法 期刊检索 从检索入口处选择刊名、出版地、出版单位、期刊主 题词或者ISSN直接查找期刊。 可通过“分类导航”逐级查找浏览期刊。 可通过“首字母导航”逐级查找浏览期刊。 期刊检索界面 练习 请找出中华医学杂志的主办编辑单位 、编辑部地址和电话 作者检索 练习： 请查找作者为李军的文章 其他辅助检索 限定检索 二次检索 检索历史 四四检索

7、结果的处理检索结果的处理 检索结果显示 保存检索结果 检索结果分析 检索结果显示 保存检索结果 检索结果分析 检索结果分析 第二节 PubMed 一、数据库概述 vPubMed是国际上最重要、最权威的生物医学文献数据库之 一，由美国国家医学图书馆（National Library of Medicine， NLM）下属的国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）研制开发。 v其网址是/pubmed/ 或 /。 1.PubM

8、ed的收录范围 PubMed收录了全世界80多个国家5200多种生物医学期刊的 题录、文摘以及部分全文，绝大部分可回溯至1948年，部分 早期文献可回溯至1865年。 PubMed已累积了2200多万条文献记录。 内容涵盖了基础医学、临床医学、药学、预防医学、护理学 、口腔医学、兽医学、生物学、环境卫生、卫生管理以及信 息科学等。 2.PubMed的主要来源 （1）Medline：是PubMed的主体，这些记录标注为PubMed-indexed for MEDLINE。 （2）In-process citations：为加快报道速度，PubMed将尚未标引MeSH主 题词、文献类型的最新文献记

9、录先存入临时库，完成加工处理后再转入 MEDLINE。这些记录标注为PubMed-in Process。 （3）Publisher supplied citation：PubMed接受出版商提供的电子期刊文献 数据，但一些综合性期刊中的非生物医学文献，MEDLINE并不收录，这 些记录标注为 PubMed - as supplied by publisher。 （4）OLDMEDLINE：收录1966年以前出版且未被MEDLINE收录的文献 记录，并标注为PubMed - OLDMEDLINE。 3PubMed的主要字段 PubMed的记录字段有60多个，可检索的字段 有49个。 二、检索途径

10、与方法 PubMed主页由上、中、下三个部分组成。 l 页面上部为检索区，包括基本检索、高级检索（Advanced Search）及帮助（Help）。 l 页面中部为PubMed的3个专栏，分别是Using PubMed， PubMed Tools，More Resources。 l 页面下部是NCBI使用入门（Getting Started）、资源（ RESOURCES）、热门资源（POPULAR）、特色资源（ Featured）和NCBI概览（NCBI INFORMATION）等。 PubMed主页 （一）基本检索 包括自动词语匹配检索、著者检索、期刊检索、 短语精确检索、截词检索、字段限

11、定检索、布尔 逻辑检索等。 默认为检索PubMed（Search PubMed），点击 “Search”右侧的下拉式菜单，可选择“All Databases”（所有数据库）或NCBI其他数据库。 练习一： 请检索有关中医研究的文献。请检索有关中医研究的文献。 中医中医(traditional Chinese medicine) （二）高级检索（Advanced Search） 练习二： 请检索日本方面有关中医研究的文献。请检索日本方面有关中医研究的文献。 练习三： 请检索请检索2010年以来日本方面有关中医研年以来日本方面有关中医研 究的文献。究的文献。 （三 ）MeSH主题词检索 步骤一 步

12、骤二 （四）期刊数据库检索 （五）单篇引文匹配器 （六）临床查询（Clinical Queries） （七）专题查询（Topic-Special Queries） （八）其他工具与资源 PubMed Mobile（移动PubMed） Batch Citation Matcher（批量引文匹配器） Clinical Trials（临床试验） LinkOut（外部链接） 练习四： 已知：第一作者是Challis DE,出处是 Pediatric Research,2000,47(3):30915。要 求写出其他合著者 三、检索结果的处理 PubMed的检索结果页面由左、中、右 三个不同的功能分区组

13、成，实现对检索结 果的显示和排序、筛选与提炼、保存和输 出等功能 （一）检索结果的显示与排序 （二）检索结果的筛选与提炼 （三）检索结果保存及输出 第三节 BIOSIS Previews 一、数据库概述 u BIOSIS Previews（BP）是世界著名的有关生命科学研究的文摘数据库， 由美国生物科学信息服务社（BIOSIS）编辑出版，来源于BA（生物学文 摘）、BA/RRM(生物学文摘/技术报告、综述和会议文献）。 u 收录了来自90个国家和地区的5000多种生物学和生命科学的期刊，以及 相关的国际会议、综述、专著和美国的专利信息。 u 内容覆盖生命科学的所有相关领域，包括生物学、生物化学

14、、临床和实 验医学、药理学、生物工程学、植物学、动物学、农学和兽医学等。 u BP的数据每周更新，现已累积1800多万条文献记录，每年新增数据约56 万条。 二、检索途径与方法 在BIOSIS Citation Index（BCI）主页，提供了一般检 索（search）（默认）、引文检索（cited reference search）、高级检索（advanced search）、检索史（ search history）等栏目。引文检索和检索史与Web of Sciences检索相同，详见第六章第二节。下面主要介 绍一般检索和高级检索。 （一）一般检索（Search） （二）高级检索（Advan

15、ced Search） 三、检索结果的处理 （一）检索结果的显示 （二）检索结果的分析与提炼 （三）检索结果的输出 （一）检索结果的显示 Summary方式 Full Record方式 （二）检索结果的分析与提炼 （三）检索结果的输出 第四节 SciFinder Web 一、数据库概述一、数据库概述 美国化学文摘（Chemical Abstracts，CA）1907年创刊，由 美国化学文摘社（Chemical Abstracts Service，CAS）编辑出版。 SciFinder是CA的网络版，收录全球200多个国家和地区的60多种语言 的1万多期刊、63家专利机构的专利、评论、会议录、论

16、文、技术报 告和图书中的各种化学及相关学科研究成果。内容涵盖了CA从1907 至今的所有内容，还整合包括Medline生物医学、物质、反应数据库 的相关信息，可通过主题、分子式、结构式和反应式等多种方式进 行检索，是目前世界上检索化学化工及其相关信息的最权威的文摘 型数据库，也是生命科学尤其是药学领域重要的检索工具之一。 二、登录数据库主页 http:/S登录访问SciFinder 授权机构用户使用前需注册，用账号及密码登 录。 三、数据库检索方法 Explore Reference（检索文献） Explore Substances（检索物质） Explore

17、Reactions（检索反应） Explore Reference（检索文献） 是SciFinder Web的默认检索方式，可从以下七种途径进行检索 研究主题（research topic） 作者名检索（author name） 机构名称检索（company name） 文献标识符（document identifier） 期刊（journal） 专利检索（patent） 字段 Explore Reference（检索文献） Explore Substances（检索物质） 物质检索页面提供五种检索途径 结构检索（chemical structure） Markush检索（markush） 分

18、子式检索（molecular formula） 物性检索（property） 物质标识符检索（substance identifier） Explore Substances（检索物质） Explore Reactions（检索反应） 检索化学反应可用化学结构或官能团来查找化学反 应信息，并设定物质在反应式中的角色（反应物、 试剂、产物或任何角色）； 也可以用反应位置工具和原子绘图工具作精确的反 应检索。 另外，在检索反应界面上，可通过过滤选项，限制 检索范围 Explore Reactions（检索反应） 三、检索结果的处理 后处理功能 包括分析（Analysis）和精炼（Refine）功能

19、、分类功能（ Categorize）、去重（Remove Duplicates）和组合（Combine Answer Sets）功能和扩展功能（Get Related）。 显示 保存 打印 输出 第五节 Embase 一、数据库概述 荷兰Elsevier（爱思唯尔）出版公司出版； 数据库类型：世界上重要的医药学文摘索引数据库; 收录来自90多个国家40多种语言的7600多种同行评审期 刊，数据每日更新，每年新增大约100万篇文献；2009年 起收录会议文献； 当前记录数：2400多万条EMBASE和MEDLINE记录（无 重复）； 收录年限：1947年起，其中1947-1973为Embase

20、Classic EMBASE主界面http:/ 二 数据库检索方法 关键词检索 快速检索 高级检索 药物检索 疾病检索 文章检索 Emtree主题检索 期刊浏览 作者查询 Quick Search快速检索 全字段检索。可以输入任意的单词、词组或检索表达式，支持截词和布尔 逻辑运算； Extensive search选项： 选中，即自动执行“术语对照检索”、“扩展检索”和“关键词检索”； 不选中，只当作关键词进行检索。 Advanced Search高级检索 按检索规则编制检索式； 字段限制； 五种检索式的修饰方法 Map to preferred terminology（匹配主题词检索） Al

21、so Search as free text（还作自由词检索） Include sub-terms/derivatives（扩展下位词和派生词检索） Search terms must be of major focus in articles found（主题词加 权检索） Search also for synonyms, explosion on preferred terminology （还检索同义词及主题词扩展检索） 多种检索式的限定检索方法 ，如： 循证医学、文献类型 学科、语言、性别、年龄组、动物实验研究类型等 高级检索界面 Drug Search药物检索 检索药物信息的专用途

22、径； 可输入药物通过名、商品名，实验室代码和化学名来 检索药物信息； 输入的检索词会自动转换匹配Emtree药物主题词进 行检索，并可进一步修饰及限定； 针对药物检索增设17种药物副主题词和47种给药途 径的限定选择，提高查准率。 Drug Search药物检索界面 Disease Search疾病检索 检索疾病信息的专用途径； 可通过输入疾病名称或疾病相关症状的检索词进行检索； 设置了14种疾病副主题词供选择，如：complication、 congenital disorder、disease management等，增强疾病检索 深度，提高查准率 输入的疾病名称检索词会自动转换匹配Emt

23、ree疾病主题词 进行检索。 Disease Search疾病检索界面 Article Search文章检索 通过作者姓名或发表期刊的某些已知信息检索某篇或某类文献； 文章检索提供作者、期刊名称、刊名缩写、期刊分类编号、ISSN号 码、期刊卷、期号及文章起始页等多个字段检索，并可进行出版日 期范围限制，对刊名和刊名缩写字段还能进行精确查找。 作者检索时，姓在前用全称，名在后用首字母。输入时姓与名之间 空一格，名与名之间用“.”或空格分隔。如检索作者韩冬季（Han Dongji），可输入“Han D.J.”、 “Han D J”、“Han D.”或Han。 期刊检索时，可输入刊名全称、缩写、IS

24、SN或分类编号。 Article Search文章检索界面 Emtree主题词检索 Emtree主题词检索方法 提供两种查询浏览术语（主题词）的方法 Find Term查找术语 Browse by Facet按类浏览术语 确定检索术语： 查找术语：输入检索词，系统按字顺显示其款目词及术语（主题 词），通过use: 指引到首选术语 浏览术语：分15大类，层层展开，浏览选取所需主题词 获取结果（记录）： 点击主题词后面记录超链接，直接获取结果； 可将术语放在检索提问框中构建检索式，并可加入到药物检索或 疾病检索或高级检索中，可选取副主题词或进一步限制，再显示 结果。 Journals 期刊检索 提

25、供期刊浏览和检索，不包括MEDLINE独有期刊 按期刊名称浏览期刊 ： 按字顺找到期刊-卷-期-文章； 浏览某本期刊时，系统提供刊内检索（Search within this Journal）和卷内检索（Search within this Volume）的链接； 点选刊名后的“about”链接提供期刊出版商信息（ Journals/Publisher Information）。 Journals 期刊检索 Authors检索 在著者索引表中根据作者的名字找到相应的记录； 检索时，姓在前,名的缩写在后 如: El-badry K Smith J.A 当作者名称较长或不确定时, 可输入作者姓名的

26、一 部分，系统将显示所有前方一致的姓名，再选中所 需作者进行检索； 多个作者之间为OR逻辑关系。 Authors检索 三检索结果处理 显示检索结果Display 保存检索结果Export 过滤检索结果Filters 四个性化服务 saved searches：保存检索式 email alerts：电邮提示，定期更新 RSS Feed：通过RSS阅读器即时更新结果 saved clipboards：在剪贴板中保存记录 第六节 其他医学检索工具 Scopus数据库 Engineering Village 2 (EV2) 日本医学中央杂志 俄罗斯医学文摘杂志 一、Scopus数据库 Scopus是由Elsevier公司研发的大型文摘索引数据库。收录来自 全球5000个出版商19500种科学、技术、医学以及社会科学领域的 学术文献信息。大部分是经同行评议的出版物，主要为期刊，也 包括会议录、丛书、专利。其中包括部分中国期刊。该数据库目 前共有4.6 千万条文摘（最早回溯至1823年）以及自1996年以后的 所有文后参考文献信息、5 亿条科技信息网页和5大专利机构