第十二章微生物的分类与鉴定

1、 Chap.12 微生物的分类和鉴定微生物的分类和鉴定 微生物分类学（微生物分类学（microbial taxonomy） 分类分类:在研究微生物相似性的基础上，把每一微生物编在研究微生物相似性的基础上，把每一微生物编 排在一定的分类单元中，制定出检索表。排在一定的分类单元中，制定出检索表。 鉴定：运用现代分类系统，通过具体菌株描述，给鉴定：运用现代分类系统，通过具体菌株描述，给 未知物一个具体的分类位置。未知物一个具体的分类位置。 命名：按照国际命名法规，给每个新的分类群一个命名：按照国际命名法规，给每个新的分类群一个 新的学名。新的学名。 （一）种的概念（一）种的概念 种种(species

2、)：微生物的基本分类单位，具有许多共：微生物的基本分类单位，具有许多共 同特征的菌株的集合。同特征的菌株的集合。 典型菌株（典型菌株（type strain） 模式种（模式种（type species） 亚种亚种 型、菌株型、菌株 .1 通用分类单元通用分类单元 细菌新种发表的要求细菌新种发表的要求 1）在）在IJSB上发表上发表 2）国内发表应送副本给）国内发表应送副本给IJSB编辑，以获编辑，以获 有效目录公布有效目录公布 3）提供模式种）提供模式种 4）符合命名法规要求）符合命名法规要求 5）符合优先律）符合优先律 菌种保藏中心与菌种目录菌种保藏中心与菌种目录 ATCC：美国典型菌种保藏

3、中心：美国典型菌种保藏中心 CCTCC：中国典型菌种保藏中心：中国典型菌种保藏中心： -下设：下设：CCGMC、ACCC、CICC、 CMCC等等6个中心个中心 -菌种目录及菌种保藏和购买菌种目录及菌种保藏和购买 二、学名的命名及有关法规二、学名的命名及有关法规 双名法：双名法：Bacillus subtilis 三名法：三名法： Acetobacter pasteurianus subsp. pasteurianus 名字的应用：名字的应用： Bacillus subtilis CMCC 63501 Bacillus subtilis Cohn 1874 Bacillus sp. Bacil

4、lus spp. 缩写：缩写：B . subtilis .2 微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位 五界系统：五界系统： 三域学说三域学说 真核生物起源的内共生学说真核生物起源的内共生学说 古细菌生物学特征：古细菌生物学特征： .3 各大类微生物的分类系统纲要各大类微生物的分类系统纲要 一、细菌、古生菌分类系统纲要一、细菌、古生菌分类系统纲要 Bergeys Manual of Systematic Bacterialogy1,2版版 Bergeys Manual of Determinative Bacterialogy 19版版 1.古生菌：古生菌：系统手册系统手册 （二版）（二版）

5、原核生物原核生物 -古生菌界（古生菌界（2门门63属属208种）种） -泉古生菌门泉古生菌门 -广古生菌门广古生菌门 -细菌界细菌界 2.细菌的分类细菌的分类 系统手册系统手册 （一版，（一版，19841989年，共年，共4卷）卷） 卷卷 类型类型 群（群（Section） 主要代表主要代表 Vol. 1 G- 111 section 肠杆菌，假单孢肠杆菌，假单孢菌，菌， Vol. 2 G+ 1217 section 芽孢杆菌，梭菌，芽孢杆菌，梭菌， Vol. 3 古生菌等古生菌等 1825 section 甲烷菌，嗜盐菌，甲烷菌，嗜盐菌， 光合细菌光合细菌 Vol. 4 产孢放线菌产孢放线菌

6、 2633 section 链霉菌链霉菌 3.真菌（真菌（Fungi）的分类系统）的分类系统 Ainsworth系统系统 The fungi , Ainsworth, 1973 Ainsworth and Bisbys Dictionary of the Fungi -7版，版，1983年，年，Hawksworth -8版，版，1995年，年， Hawksworth 书书355 一、经典分类鉴定方法一、经典分类鉴定方法（生理生化为主，形态为辅）（生理生化为主，形态为辅） 通常指长期以来，在常规鉴定中普遍采用的（形态、通常指长期以来，在常规鉴定中普遍采用的（形态、 生理、生化、生态、生活史、血清

7、学反应等指标）生理、生化、生态、生活史、血清学反应等指标） 传统分类的细菌鉴定程序传统分类的细菌鉴定程序 细菌自动鉴定系统细菌自动鉴定系统 API数值鉴定系统数值鉴定系统 BBL鉴定系统鉴定系统 Biolog鉴定系统鉴定系统 程序：程序： 1、辅助特征、辅助特征 2、培养、培养菌悬液菌悬液加入生化反应板加入生化反应板培养培养自动扫描自动扫描 自动鉴定自动鉴定打印结果打印结果 二、现代分类鉴定方法二、现代分类鉴定方法 细菌化石细菌化石 二、现代分类鉴定方法二、现代分类鉴定方法 1微生物遗传型的鉴定微生物遗传型的鉴定 （1）DNA碱基比例的测定碱基比例的测定 （G+C）mol%： (G+C)mol

8、%值只能做否定判断；值只能做否定判断； （G+C）mol%值差别值差别5，属不同的种；，属不同的种； 差别差别10，属不同的属。，属不同的属。 （2） 核酸分子杂交法核酸分子杂交法 DNA-DNA分子杂交原理：分子杂交原理：DNA分子解链的分子解链的 可逆性和碱基配对的专一性。可逆性和碱基配对的专一性。 DNA-DNA杂交（固相杂交法）杂交（固相杂交法） 单链单链DNA（待测菌株）（待测菌株） 转硝酸纤维素膜转硝酸纤维素膜 加入放射性标志参照菌加入放射性标志参照菌DNA（单链）（单链） 洗去未杂交洗去未杂交DNA 闪烁计数器计数测定放射强度闪烁计数器计数测定放射强度 结论：结论： 1. DNA

9、同源性同源性 60% （同种）（同种） 2. DNA同源性同源性 70% （同亚种）（同亚种） 3. DNA同源性同源性60 70% （不同亚种）（不同亚种） 4. DNA同源性同源性20 60% （同属）（同属） 16s rRNA分析作为细菌进化的分析作为细菌进化的 计时器计时器 生物共有的生物共有的 一定的信息量（一定的信息量（1542个核苷酸）个核苷酸） 一定的保守性一定的保守性 便于比较研究便于比较研究 （4）16s rRNA核苷酸序列分析核苷酸序列分析 DNA-PCR法法 提取提取DNA PCR扩增扩增16SrRNA PCR产物纯化分析产物纯化分析 16SrRNA序列测定序列测定 递

10、交递交Genbank检索检索 相似性结果的相似性结果的一般一般判断：判断： 1. SAB95 % 同种同种 2. SAB为为8595% 同属同属 3. SAB85 % 不同属不同属 2细胞化学组分的鉴定细胞化学组分的鉴定（放线菌）（放线菌） 细胞结构细胞结构 成分成分 壁壁 肽聚糖、化学组分肽聚糖、化学组分 膜膜 枝菌酸（棒杆菌酸；分枝菌酸）枝菌酸（棒杆菌酸；分枝菌酸） 甲基萘醌甲基萘醌 全细胞全细胞 水解糖类水解糖类 1.细胞壁化学类型（分为细胞壁化学类型（分为9种类型）种类型） - 氨基酸：氨基酸：DAP（二氨基庚二酸）（二氨基庚二酸） 、Gly、Lys、Asp、Orn -糖类：阿拉伯糖、半乳糖糖类：阿拉伯糖、半乳糖 （2）全细胞水解液的糖型）全细胞水解液的糖型 糖类型糖类型 特征糖类特征糖类 A 半乳糖、阿拉伯糖、半乳糖、阿拉伯糖、 B 马杜拉糖马杜拉糖 C 无特征糖类无特征糖类 D 木糖、阿拉伯糖木糖、阿拉伯糖 E 半乳糖半乳糖 3数值分类法（统计分类法）数值分类法（统计分类法） - 相似系数的计算；相似系数的计算； （1）菌株选择（）菌株选择（OUT操作分类单位）操作分类