从基因组学系统生物学到转化医学高血压发病机制研究趋向PPT学习教案

1、会计学1从基因组学系统生物学到转化医学高血从基因组学系统生物学到转化医学高血压发病机制研究趋向压发病机制研究趋向第1页/共45页第2页/共45页第3页/共45页- ODonnell C J , Nabel E G. Circ Cardiovasc Genet 2008;1:51第4页/共45页GWAS samplesMeta analysis with othersphenotypesSNPsCHARGE29136BPgen (34433)Hyertension, SBP, DBP2.5 millionsGlobal BPgen34433113250SBP, DBP2.5 millions2

2、successful GWAS studies on BP （P 1% ; 基因型检出率 = 97% (MAF= 99% ) 对照组的Hardy-Weinberg 平衡检验 p 1e5 符合质量控制标准的SNP共有590,761个。 人群结构评估：主成分分析显示研究所用高血压患者及对照来自同一人群。 第34页/共45页SNP IDChrPositionNearest GenePMAFBetas.e.SBPrs13298109983099052TLE12.60E-060.02021.264.49rs17356973983117979TLE13.33E-060.01921.654.63rs7869

3、544983118656TLE13.33E-060.01921.654.63rs26227901839314266SYT45.78E-060.3756.061.33rs19918671681076729CDH137.01E-060.3026.391.41rs1120367983145600TLE17.58E-060.02219.554.34rs6141008209618903PAK78.65E-060.194-7.441.66rs22566631839359461SYT49.30E-060.3775.931.33DBPrs20876251063787762ZNF3651.48E-060.143

4、5.551.14rs70926641063775327ZNF3652.50E-060.1445.421.14rs172466692105449596LOC7289663.08E-060.0627.811.66rs38648111063768882ZNF3653.12E-060.1445.381.15rs25722721839294951SYT43.59E-060.4333.760.81rs70865451063756530ZNF3653.63E-060.1445.331.14rs26227901839314266SYT44.16E-060.3753.840.83rs12121045116812

5、8695SCYL34.33E-060.02112.392.68rs176036661168122652SCYL34.33E-060.02112.392.68rs22566631839359461SYT45.38E-060.3773.800.83rs6827904425703853LOC6454816.94E-060.01514.903.29rs6839155425717843LOC6454816.94E-060.01514.903.29rs11579641839317376STY48.12E-060.3623.730.83HTrs27126724163569034FSTL52.26E-060.

6、3340.540.11rs10617691949044506ZNF4042.78E-060.2140.620.13rs28839461949044528ZNF4042.78E-060.2140.620.13rs105140901869645111FBXO154.43E-060.131-0.730.16rs23564011949013689LYPD57.35E-060.2150.590.13u第一阶段结果（与高血压，血压升高相关的位点） 共发现26个与高血压发生或血压升高相关的P值在10-5以下的基因内SNP 系统生物学研究方法系统生物学研究方法第35页/共45页u第二阶段（验证） 方法The

7、96.96 Dynamic Array FLUIDIGM EP1 Software 第36页/共45页u第二阶段（验证） 样 本7039例样本（高血压患者3680例，对照3259例）第37页/共45页2q1423KYNU2001-2004年已经完成的研究内容 中国人群高血压定位区域2q14-q23内26个候选基因SNP检测和小样本关联分析提示，KYNU基因2个cSNP与高血压有关 家系基因型不一致同胞对研究发现，Arg188Gln与血压水平相关 病例对照关联研究发现，Lys412Glu与高血压发生相关KYNU 从基因到整体研究从基因到整体研究: TRP-KYNU Pathway第38页/共45

8、页汉族高血压家系全基因组扫描，将EH易感基因定位在2q14一q23区域内对该区域内的犬尿氨酸酶基因（KYNU, 2q22.2)内49个常见SNP(MAF5%)进行筛查，未发现与高血压相关的位点。第39页/共45页对犬尿氨酸酶基因进行全基因测序，发现一个低频非同义变异(Arg188Gln)第40页/共45页高血压(1124)对照(1084)PArg188Gln(G/A)0.0150.0060.0075Arg188Gln 与中国汉族高血压相关Arg188Gln (G/A) 不同基因型表型比较GG (n=2161)GA (n=47)P性别1091/107019/280.17年龄5185290.31收

9、缩027舒张压871692160.036肌酐771583180.007病例对照研究基因型不一致同胞对研究Arg/Arg(GG)Arg/Gln+Gln/Gln(GA+AA)PN2424-M/F12/127/17-Age, year51.605.4052.408.000.57BMI, kg/m224.42.6725.92.990.075SBP,mmHg139.012.82168.324.670.001DBP,mmHg90.811.67105.514.080.001Arg188Gln (G/A) 不同基因型表型比较第41页/共45页GG（11）GA+AA（24）PKm0.1

10、00.010.060.010.001收缩压143616150.04舒张压91312130.03 Arg188Gln基因型与KYNU酶活性相关 Arg188Gln对KYNU酶活性影响的体外研究 Km (M )Vmax(nmol/min/mg)Vmax/ Km野生型36.54.93.90.70.110.016突变型30.84.71.70.60.050.012体内功能试验体外功能试验高效液相色谱法测定基因型不一致同胞对外周血淋巴细胞KYNU酶活性HEK293 细胞稳定表达野生型及突变型KYNU，比较酶活性及催化效率KYNU基因Arg188Gln变异参与酶活性改变第42页/共45页KYNU转基因小鼠脑组织KYNU酶活性与血压的关系转基因阳性小鼠脑皮质KYNU酶活性为阴性小鼠的7.73倍（0.0380.023 vs 0.005 0.001 nmol/min/mg)；转基因阳性小鼠延髓KYNU酶活性为阴性小鼠的5.05倍（0.0320.020 vs 0.006 0.001 nmol/min/mg)。转基因阳性小鼠延髓KYNU酶活性