在线blast的用法总结

1、在线blast的用法总结标准化文件发布号：（9556EUATWKMWUBWUNNINNULDDQTYKIIBlast ( Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或 DNA 数据库 中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序 列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列NCBI 的在线 blast： /Blast.cgiBLASTHomeRecentBmjc LocdiScsrch Toci

2、HelpHKBirBLAST HomoBLAST fin為 region of Similarity between b*oio型cal 豹queuesAAgnlng iftuigo roleln Sequences，fry tM C06ALTAlQrenl Toci. GoBLAST Assembled RefSeq GenomesArew wor re 5WkP*f?“EgWVX Z2 *Vr 20W 15 (KCTO C5TChoose a 粘cm gonerrto to sfisrch, or lt all qcrwmtc BLAST databasesTgtheDiy & Mor.B

3、asic BLASTChocM a ELAST 沪0卽的 lo nzinufjcoUda bldttSwich u rwdeolM d3Gt祜 grg a nude*ollde quei) AgRhrz blastn, meqablasl, disconligixus meqabfastpfotein blastSearch protoin database usr a protoin quor/&帥“海 DI旳P, |$i-t)hsi,plHW3$tblastxSearch pvolein database us ng a translated Qucleoide querylhlMfnSo

4、arch Iraaslalod midnolido dalsbaso udng a priMoin quoryibljwtxSearch IramlalDd nudcolido dalaso uung a transidtad nuclcollda quorySpecialized BLASTChog* a typesearch (fir dN伸3钩n 卩科曰如能) Make speccic primers *th Piimci-BLAST Soarch lin: Arch：vi! Find CO取如曲dOJTRi歿 初your花如的8 (ofe)a Find sequences wilh s

5、imiar conseivud domahi aidiilECtiHi! (edart) Saarch soquoncoz th h*o qti.Ppr.ftjpg (GEO)o 创arch(taRLASI) Search fof SUfa (srf) Scferi $equer： for、电(ontdrM“!Qiion icsaeen) Aq two (cr rriore) sequencer uein$ BIZST (U2$C0D Search oiateio or 耐金皿血 Urqrts in PubCbcm BAssayn Search SR A trAnscM|H “nd gunaE

6、c IftnaHc Conslrarrt Bacod Protein Wpla AMqniM Tool NaadlamyVAsch Global Sequence Alicmmant Too!本文详细出处参考:/475/举例一：核酸序列的比对1,进入在线blast界面，可以选择blast特左的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选 择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上而已经有了介绍。这里以常用的 核酸库作为例子。BLAST Assembled Genomes0人姿D Mouse :小鼠 -n Rat大嫁0 gbMopsfs iha帕胸邀南

7、芥Choose a species genome to search, cr list all genomic BLAST daiabasesa P&jn frog/Odyf es 黒猩猩a My撤上物细苗黒腔果蝇 a Apfc密蟀BaSiC RS57以核苜酸庠的Bl的为倪Search a nucleotide database using a nucleotide queiy Mgonlhms blastn, mgablast, dascontiguous megablastChoose a BLAST prbgram to toin blastSeaKfi proieinri

8、sing a 卩 rotein queryAigobthms bla&tp. psi-bla&l. phi-blastblastxSearch protein dalabas-e using a translated nucleotide query*IhlvsOiSealed translated nucleotide dstsbase using s 卩rotein querySearch translated nucleotide database using a translated nudleotide query（补充介绍下:1、BLASTN nucleotide blast是核酸

9、序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。2、BLASTP protein blast是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每 条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。3、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白）.再对每一条作一对一的蛋白序 列比对。4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库 中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的

10、核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列）.这样每次比对会产生36种比对阵列。|）2,粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。Enter Query SequeitceEnter accwdon number, gl. oi PASTA sequence u:xn_】ss兀scctt us etc as art ccoccc as ato aojeoaowc eg旳 coir cocojacccccctCQacgccccoccaaazcdgcaqcgTCCCoacgcaccg&ccjazu

11、jacdgrt IdttcatoottOPtogBparoatpaEtpcogccotogacQcogBctcBCBgogBOgtcttttcgffagtqgcdG1MTOueiytwbfdmgeFromToKt ASTHnucawrtxkjix*iq e nucieaiiiie Query, w化一13Or, upload fileJob Title Align two or more sequences 、，6a(abaeOHutrian genornic 4 naiscTipi 0Mouse genomic * ttanecnp S)Others (nr eic )Plucteotde

12、colleclion (nrnt)7 qOrganismOniony三01够。学川的 “me or泌como阪ion$ wi bmeug养Choo$e Search SeiEntrez Query逹里很据需更一个正确的數据库. 如果不明白上匕对一诙轉比較一个结亲 就色明白的了Optimise for、这里的一股葫眾认Program Sanction Highly similar seqiAacea (m眄处 13呦O More dissiniihr ssQwncss (dscorrtiQuous megablasl)Q SomQv4iat simlsr soquoncos (blastn)gh

13、8Q n PLASr nlgorrttm 营Search daulidse n( using Megablast (Optimise lot h* Show refcutt* in new windownuencee?3, blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准口最后会说明一下。BLASTSearch database nr using Meqablast (Optimize for highly similar sequences)P Show rcsuKd in q new window Aloftrithnu)arameiejsNote: Par

14、ameter values that differ froMax target、sequences显示的最穴结杲数SB二SGlGctthemaximurri numberof aligned soquoncosto displa/ Short quprips(3 Automatically adjust parameters for shoil input sequences 妙 已道Scoring ParametersMatch/Mismatch ScoresGap CostsL1-2 v -I LinearFilters and Masking Filter0 Low complGxity

15、 regions & Species-specific repeats for: HumanMask回 Mask for lookup table only 妙 Mask lower case letters 点BLAST运行BLASTSearch database nr using Megablast (Optimize for highly similar sequences) ESIlesults in a new winduw4,注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。ii*对的握*的说明NM_001076791 Mus musculus RiKEN cDNA 96300

16、25121-Query 10 OejcripKonIC1IL2795HM-001076?91 Mus muscubs RIKEN cO泌 9630025121 ge-? W30D2t21Rill mWifiMole f K-jngm财沁 or 2 HTGS 汗UkOther repeats*兄jnrwr“妁0七】（6少尹更 处公r H Grmhic Swinmy5, blast结果的图形显示。没啥好说的。Distribution of 160 Blast Hits on the Query Sequence Mouse-over to show defline and scores, clic

17、k to show alignmentsColor key* for alignment scores=200Q uerjf250500750100012506, blast结果的描述区域。注意分值与E值分值越大越靠前了，E值越小也是这样。 DescnptlonsLegend fcr 佃 ether ctwupe E liGene Q GEO O G*c EJ Slructire O Mjp VoAiclnq&CMt .11:c lo srL oolwQ匹盼罗(8.,102血、簸挨男英它數冼库 的说明咖gw00iQ?h7l 28K001633dW 1TXT12 3乂加0仪4丄1XER0JSrn

18、thetr wnstrkrt Nus mujcylw do” !KO3t 1000(24. MGC:H Nua muiojlua R1KEN cDXA 0630025! qn(963DQ25UlPik mRI TPA： I PA so： Hj musevkje raaubtof &t cjc-limuoori cardd/&: Nus mujojlvj o0jhm5V?5ne cOU*. Ft】咲N2Mer”e255. MGC；U Hama BpMn* krwpal-ooXadbox protein mOLL. osmpteta cd* Nuc muccjluc RlKhcXAC33O011K

19、17 gra C33O0UKifcl. m NU5 mujojlvi bljjtocm bhocr(OU? ES od5 cDU.沽”疋Md Ibf .MiTPA: TPA exp: Wj muscuhja rqulator M aex-limflbon cnddata : Mu$ mu5Ojlt MC ck*ie RPZ5-210I20 from chrctname U. wmp Nou EA quanca frc-?Btl6 an dircmoacfna 13. c PReDICTTD： Retiu, nozjacw jimior tp rwulstor of 5*5 c-Imtabon

20、Hua muiojlui RIKEN cDKA GJ30011K17 . ftXA cC*IA dona r NiM muiojlirt 16 6ft neor ctrebdlim eDMA. F：KEt fdl lerrttfi24&31000.0100%24W100%.0.0100*233100%-00100%.24”100%0.0100%242吨0.0100%2E100%-00K%2150】叽0.095%21SO100佻0.095%21500.0214SlWfe0.0S6%4060吨0.0100%557099%00100%.211199%0.092%2,旳9咫0.0*105274%00E

21、 v?leI Que coverafcMom YgGL 期QE07, blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个bias（结果的 标准主要有三项，E值（Expect）,致性（Identities）,缺失或插入（Gaps）。加 上长度的话，就有四个标准了。如图中显示，比对到的序列长度为1405,看 Identities这一值，才匹配到1344bp.而输入的序列长度也是为1344bp （看上面 的图），就说明比对到的序列要长一点。由Qurey （起始1）和Sbjct（起始35） 的起始位置可知，5,端是是多了一段的。有时也要注意3,端的。v Alignments | Select

22、 AllJn*|EC：17Z7L6.：l| 3Synthetic construct Nus iriusculus clone ua&GE: 1000 69524, MGC: 19Q42 6RIKEW cDnA 9630025T21 gene (9630025T2 lRlk) mKNA, encoders.coupletw proteinLength=1405 一比对到的序列长僅也泉需耍注意的黠的gggg A： 0：30们 刖30左5l2lRik I FrKEN cDWA 9630025121 gene Mus musculus(1U or fewer Publled links iScore

23、 = 2483 bits (1344) f Expect = 0.0 : V_电尊=至霑三4岌identities = 13躬门沏4仕6叱，心ph - U71342齿$)亠_艮兀方匸一 1且 Serar.d=Plus/PlusQuery 1里孔;n 库对序 在比的t y t5 153 6 Q-I I II II II I II II II I II II II I II II II I II II II I II II I II II II I II II II I II II ATGGAGGAAATOCIGTCCTTCCGGGATGTGGCCAITiJArTriTCTCCAGAAGAGAGGSACTAC CTSGTC CTGCTCAGTG；GATCTGIACAGAGAC OTGATGC ISGAAPTATAGC CAC I I II II II I II II II I II II II I II II II I II II II I II II I II II II I II II II I II II TAC CTSGTC CTGCTCAGTGGATCTGIACAGAGAC OTGATCC TGGAGAATTAMGC CAC609412 0154Uuery121Sbjct155