PDB数据库简介（完整版）

1、生物数据库的种类生物数据库的种类生物数据库的种类生物数据库的种类序列数据库序列数据库 核酸序列数据库核酸序列数据库 ( (EMBLEMBL、GenBankGenBank、DDBJDDBJ) ) 常用蛋白质序列数据库常用蛋白质序列数据库( (SwissprotSwissprot, ,PIRPIR) )结构数据库结构数据库 蛋白质结构数据库蛋白质结构数据库( PDB )( PDB ) 蛋白质分类数据库蛋白质分类数据库( (SCOPSCOP、CATHCATH ) )其它数据库其它数据库 Protein Data Bank 蛋白质结构数据库 /pdb/home/ho

2、me.do 一、基本概况一、基本概况 美国美国BrookhavenBrookhaven实验室实验室19711971年建立的年建立的大分子结构大分子结构数据库数据库, ,PDBPDB蛋白质晶体结构资料数据库蛋白质晶体结构资料数据库 (Protein (Protein Date Bank)Date Bank)。PDBPDB数据库的维护由数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织结构生物信息学研究合作组织 (Research Collaboration for Structural (Research Collaboration for Structural Bioinformatics,RCSB)

3、Bioinformatics,RCSB) 负责。负责。1、数据u 来源来源 主要通过实验（主要通过实验（X X射线晶体衍射，核磁共振，电射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。）测定的生物大分子的三维结构。 主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。与核酸复合物的三维结构。u信息信息 原子的原子的空间坐标空间坐标、引用文、引用文献献、形成、形成-helix和和-sheet的的氨氨基酸序列、基酸序列、双硫键连结模式双硫键连结模式、与蛋白质结合与蛋白质结合的的ligand、参与

4、参与生化功能的生化功能的residue等。等。 2、数据结构结构记录结构记录名称、参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐标等信息。显式序列显式序列 信息信息隐式序列隐式序列 信息信息以关键字SEQRES作为显式序列标记，以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息。即为立体化学数据，包括每个原子的名称和原子的三维坐标。3、数据查询 PDB PDB中的记录有唯一的中的记录有唯一的PDB-IDPDB-ID，包括，包括4 4个字符个字符串，可由大写字母串，可由大写字母AZAZ和数字和数字0909组合而成，如组合而成，如1LDM1LDM。 PDB PDB和它的镜像站点提供每个和它的镜像站点提供每个PD

5、BPDB记录的查询，记录的查询，可按一些专门的查询项目（如可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓提交数据、作者姓名、结构表达名、结构表达）进行检索。）进行检索。 是pdb文件在数据库中的编号,从PDB数据库下载结构常会得到一个以这个编号命名的pdb文件，如1LDM.pdb二、简单使用搜索栏搜索栏高级搜索高级搜索搜索到搜索到408条结果条结果精化搜索结果精化搜索结果检索检索CDK2相关介绍相关介绍下载氨基酸序列及下载氨基酸序列及二级结构的信息二级结构的信息分辨率不同分辨率不同配体不同配体不同PDB数据库文件包括分子类别、发布日期，PDB-ID关键字列表测定结构所用的试验方法以关键字以关键字S

6、EQRES打头打头306个氨基酸的显式序列信息个氨基酸的显式序列信息X轴坐标轴坐标Y轴坐标轴坐标Z轴坐标轴坐标原子原子氨基酸氨基酸PDBPDB数据库的详细字段说明数据库的详细字段说明HEADER分子类，公布日期，分子类，公布日期，ID号号OBSLTE注明该注明该ID号已改为新号号已改为新号TITLE说明试验方法类型说明试验方法类型CAVEAT可能的错误提示可能的错误提示COMPND化合物分子组成化合物分子组成SOURCE化合物来源化合物来源KEYWDS关键词关键词EXPDTA测定结构所用的实验方法测定结构所用的实验方法PDBPDB数据库的详细字段说明数据库的详细字段说明AUTHOR结构测定者结

7、构测定者REVDAT修订日期及相关内容修订日期及相关内容SPRSDE已撤销或更改的相关记录已撤销或更改的相关记录JRNL发表坐标集的文献发表坐标集的文献REMARK 1有关文献有关文献REMARK 2最大分辨率最大分辨率REMARK 3用到的程序和统计方法用到的程序和统计方法REMARK 4其他注解其他注解DBREF其他序列库的有关记录其他序列库的有关记录SEQADVPDB与其它记录的出入与其它记录的出入PDBPDB数据库的详细字段说明数据库的详细字段说明MODEL多亚基时显示亚基号多亚基时显示亚基号ATOM标准基团的原子坐标标准基团的原子坐标SIGATM标准差标准差ANISOU温度因子温度因子SIGUIJ各种温度因素导致的标准差各种温度因素导致的标准差TER链末端链末端HETATM非标准基团原子坐标非标准基团原子坐标ENDMDL亚基结束亚基结束CONECT原子间的连通性有关记录原子间的连通性有关记录MASTER版权拥有者版权拥有者END文件结束文件结束详细信息详细信息三维结构三维结构-螺旋螺旋-折叠折叠配体小分子配体小分子三、结构模型显示三、结构模型显示u生物大分子三维立体结构显示