SSR分子标记PPT课件

1、SSR标记的简介及原理SSR标记的步骤及分析SSR标记引物设计SSR分子标记123第1页/共19页SSR （simple sequence repeat）SSR标记简单重复序列（Simple Sequence Repeat ，SSR），指的是基因组中由1-6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA，广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在200bp以下。 SSR标记是一种通过直接分析遗传物质的多态性来鉴别生物内在的核苷酸排布及其外在状态表现规律的技术。SSR标记的简介第2页/共19页SSR分子标记的分子学基础微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富，而且常常是随机分布于核DNA中。微卫星中

2、重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多个位点的多态性。如果能够将这些变异揭示出来，就能发现不同的SSR在不同的种甚至不同个体间的多态性，基于这一想法，人们发展了SSR标记。第3页/共19页SSR分子标记原理l根据两端序列的保守性，设计引物；进行PCR，电泳分离，染色显带以检测、分析微卫星序列多态性；并确定基因排布序列及表型，最终达到成功鉴定的目的。l简而言之，就是通过对样本就是通过对样本DNA多态性的分析，多态性的分析，从而来得到样本从而来得到样本DNA序列以及在遗传性状上的序列以及在遗传性状上的调控和差异。调控和差异

3、。第4页/共19页 SSR标记原理示意图第5页/共19页SSRSSR分子标记的优势SSRSSR在真核生物基因组中分布广在真核生物基因组中分布广多态性丰富多态性丰富其产物进行测序胶电泳分离时单碱基分辨其产物进行测序胶电泳分离时单碱基分辨率高、遗传信息量大率高、遗传信息量大SSRSSR通常为共显性标记通常为共显性标记，呈孟德尔式遗传，呈孟德尔式遗传具有很好的稳定性和多态性具有很好的稳定性和多态性DNADNA用量少用量少PCRPCR扩增的可重复性高扩增的可重复性高 第6页/共19页SSRSSR分子标记的劣势 开发和合成新的开发和合成新的SSRSSR引物投入高、难度大引物投入高、难度大 现有的现有的S

4、SRSSR标记数量有限，不能标记所有的功能标记数量有限，不能标记所有的功能基因基因 SSRSSR多态性的检测和应用很大程度上依赖多态性的检测和应用很大程度上依赖PCRPCR扩增扩增的效果的效果 SSRSSR座位突变率高，对变异反应非常敏感座位突变率高，对变异反应非常敏感 相对比较费时等等。相对比较费时等等。第7页/共19页SSR分子标记的步骤第一步：DNA 提取：提取DNA并用0.8%琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量。第二步：PCR : PCR体系： 模板DNA引物 氯化镁 4种dNTP混合物 PCR缓冲液 TaqDNA 聚合酶PCR反应程序 ： 变性94 复性（或退火）50-62 延伸72 ，一

5、般30-35个循环第8页/共19页SSR分子标记的步骤第三步：琼脂糖电泳检测扩增质量（1%-2%琼脂糖凝胶）；扩增产物电泳分离：一般用8%变性聚丙烯凝胶电泳检测扩增产物 第四步：染色（多采用银染法）：A.银染液的配制：固定液(100mL冰乙酸加水稀释至1000mL)；染色液(1.3gAgNO3、15mL37甲醛，加水稀释至1000mL)；显色液(30gNa2CO3、15mL37甲醛02mL 20mg/mlNa2S203，加水稀释至1000mL)；终止液(10冰乙酸)。第9页/共19页SSR分子标记的步骤B.银染法操作： 固定30min去离子水洗涤30s，2次染色30min去离子水洗涤2次(每次

6、不超过30S) 显色至所要程度去离子水洗30s终止显影。第10页/共19页SSR分子标记的步骤第五步：结果分析图1为一对引物对多对玉米亲本SSR电泳图第11页/共19页第12页/共19页引物设计二三一从有关数据库（GenBank, EMBL DDBJ等）或文章中查询使用近缘种的引物构建基因组文库,筛选SSR位点SSRSSR分子标记分子标记引物设计引物设计第13页/共19页构建基因组文库构建基因组文库,筛选筛选SSR位点位点第14页/共19页5锚定PCR 分离SSR标记K可以跟任何核苷酸配对，V不能与A配对，R不能与G配对，其他核苷酸均可与 它 们 配 对 。 这 样 ，VRVRV五个碱基一起构成了一个封闭碱基群。在P C R 过 程 中 ， 由 于VRVRV不能与GA配对，该引物与模板DNA结合的时候，就不会在(GA)n重复区滑动，只会结合在如图1所示的位置上，以保证SSR位点的长度多态性不会丢失。第15页/共19页Thank you !第16页/共19页共显性：说白了就是可以分辨出纯合的和杂合的。（如图示） 对于RAPD是随机引物，(可以理解只有正向引物，没有反向引物。)因此，它扩增出来的为引物结合位点到终点的长度。当然一条链上会有很多该引物结合位点，也就出现了很多片段。对于一个特定位点，我们可以理解只有一条正链可被扩增。因此，在